$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
معالجة وخطية ودقة الكشف عن النسيلية
اعتمدت فحوصات نسيلية BCR/TCR على جولتين من تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) متبوعتين بتسلسل الجيل القادم NGS (الشكل 1). استطاعت فحوصات نسيلية BCR تحديد إعادة ترتيب IGH (VH-DH-JH أو DH-JH)، وIGK (Vκ-Jκ، وVκ-Kde، وintronRSS-Kde)، وIGL (Vλ-Jλ)، بالإضافة إلى انتقالات BCL1-IGH وBCL2-IGH باستخدام تفاعلات منفصلة أو تفاعل مختلط واحد معدل. بينما استطاعت فحوصات نسيلية TCR الكشف عن إعادة ترتيب TCRB (Vβ-Dβ-Jβ) وTCRG (Vγ –Jγ). أظهرت نسيلية BCR للأورام اللمفاوية الخبيثة من الخلايا B معدل كشف بلغ 93.94%، وأظهرت نسيلية TCR للأورام اللمفاوية الخبيثة من الخلايا T معدل كشف بلغ 90.91% (الجدول 1).
تم إثبات الخطية عبر نطاق واسع من مدخلات العينات (0.2 µg و 2 µg و 20 µg) بناءً على نتائج اختبارات الخطوط الخلوية، والتي شملت عدة رتب مقدارية. ولتحديد الخطية، تم دمج خلايا خبيثة في DNA جينومي طبيعي باستخدام تخفيفات تسلسلية بمقدار 10 أضعاف (10 و 100 و 1,000 و 10,000 خلية). وقد لوحظت الخطية مع ميول تقديرية تتراوح بين 0.93 و 1.06 عبر ترددات نسيلية من 1 إلى 10-6 (الشكل 2A). وقُدِّر حد الكشف (LOD) بأن يكون بين خلية خبيثة واحدة و خليتين في كل من مقايسات NS1 و TCR (الشكل 2B). علاوة على ذلك، تمكنت مقايسات BCR/TCR للنسيلية من الكشف عن النسيلية في الورم اللمفاوي باستخدام عينات الأنسجة (BMA) والدم المحيطي المطابق (الجدول التكميلي 1).
المرضى والعينات المستخدمة للتحقق من صحة الكشف عن MRD
شمل التحقق من صحة الكشف عن MRD إجمالي 29 مريضاً مصاباً بـ MM، مع استبعاد مريض واحد بسبب تلف العينة. تكون مجتمع الدراسة من 65.52% (19/29) ذكور و34.48% (10/29) إناث، بمتوسط عمر قدره 65 عاماً (تراوح بين 33–82) (الجدول 2). ومن بين هذه المجموعة، تم تصنيف 31.03% (9/29) من المرضى على أنهم معرضون لخطر عالٍ، و24.14% (7/29) لخطر قياسي، و37.93% (11/29) لخطر منخفض وفقاً لمعايير IMWG18. ومثلت مراحل النظام الدولي المعدل لتحديد مراحل المايلوما المتعددة (R-ISS) الأولى والثانية والثالثة نسبة 10.34% (3/29)، و48.28% (14/29)، و20.69% (6/29) من المرضى، على التوالي19.
مقارنة بين مقايسات NGS وMFC
أُجريت مقارنة ثنائية مباشرة لتقييم الدقة الكمية لمقايسات OriMIRACLE LTM وMFC. وأظهرت النتائج دقة كمية مماثلة عبر النطاق المختبر، لا سيما عند ترددات MRD الأعلى من 10−4، مع قيمة Pearson R بلغت 0.73 (الشكل 3). تم اكتشاف الخلايا الورمية بواسطة كل من مقايسات MFC وNGS في 59 عينة من 29 مريضاً بـ MM، ووصل الاتساق إلى 81.36% (48/59). ويعكس هذا الاتساق وجود خلايا ورمية قابلة للكشف عبر نقاط زمنية مختلفة، وليس تطابقاً حقيقياً بين الطرق. ومن بين العينات، كانت 62.07% (18/29) موجبة لـ MRD+ بواسطة كل من مقايسات NGS وMFC، وظهر مريض واحد سالباً لـ MRD− بكلتا الطريقتين، بينما ظهر 11 مريضاً موجباً لـ MRD+ بواسطة NGS ولكن سالباً لـ MRD− بواسطة MFC. ومن بين المرضى الذين كانت نتائج الكشف لديهم غير متسقة، كان لدى ثلاثة منهم تردد كشف أقل من 10-4، بينما كان لدى ثمانية تردد كشف ضمن النطاق من 10-2–10-4 (الشكل 3). يتم استخلاص DNA من عينات لطاخات نخاع العظم المتبقية للحصول على أكبر قدر ممكن من DNA. وللكشف عن النسيلية قبل العلاج، تم اختبار متوسط مدخلات DNA قدره 91.95 ng (حتى 100.0 ng). وقد استُخلص متوسط 1623.39 ng (تتراوح من 50.1–17400.0 ng) من DNA لاختبارات MRD اللاحقة (الجدول التكميلي 2). وكشف ذلك أن NGS يمكنه اكتشاف MRD حتى عندما تكون العينة المتبقية غير كافية، بينما فشل MFC في اكتشاف MRD في بعض الحالات.
الصلاحية السريرية للكشف عن الحد الأدنى من المرض المتبقي (MRD) بواسطة مقايسة NGS للفترة الرائدة
تم الكشف عن التسلسلات النسلية عند خط الأساس في جميع مرضى الورم النخاعي المتعدد (MM)، تلا ذلك تقييم الحد الأدنى من المرض المتبقي (MRD) (الشكل 4). تم التأكد من أن 18 مريضًا كانوا MRD+ من خلال الكشف بواسطة NGS وMFC. ومن بين المرضى الذين كانوا MRD+ بواسطة كل من MFC وNGS، عانى 61.11% (11/18) لاحقًا من تقدم المرض (PD) أو الانتكاس. بينما حقق 38.89% (7/18) من المرضى استقرارًا في المرض (SD) أو استجابة جزئية (PR) خلال الدراسة. ومن بين المرضى الذين تأكد أنهم MRD+ بواسطة NGS ولكنهم MRD− بواسطة MFC، لم يتمكن 36.36% (4/11) من تحقيق استجابة سريرية كاملة (CR) في أحدث تقييم سريري (الجدول التكميلي 2). بالإضافة إلى ذلك، ومن بين جميع المرضى الذين كانت استجابتهم السريرية CR، عانى 37.50% (3/8) من المرضى من الانتكاس بعد التوقف عن العلاج. كما بحثنا في الخصائص السريرية الأولية ونتائج MFC فيما يتعلق بنتيجة البقاء على قيد الحياة دون تقدم المرض (PFS) (الشكل التكميلي 1). وأظهرت التحاليل أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات لـ PFS أنها لم تكن مرتبطة بشكل ملحوظ. في هذه الدراسة، لم يُلاحظ وجود فرق جوهري في PFS عند تحليل نتائج MRD التي تم الحصول عليها من MFC فقط.
توافر البيانات
نظراً لقيود خصوصية المريض والسياسات المؤسسية، فإن البيانات الخام غير متاحة للعامة. تتوفر خلاصة للبيانات التي تم جمعها في الملف التكميلي 1.

الشكل ١تضمنت مقايسة النسيلة لـ BCR/TCR تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) متبوعاً بتسلسل الجيل القادم (NGS). قامت دورة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الأولى بتضخيم منطقة CDR3 من جينات المستقبلات المناعية المعاد ترتيبها باستخدام بادئات خاصة بالموقع ومؤشرات خاصة بالعينة، ثم أضيفت مهيئات تسلسل الجيل التالي (NGS) خلال دورة تفاعل البوليميراز المتسلسل الثانية. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 2: تم تقييم خطية الكشف عن النسيلية عن طريق إضافة gDNA لخط خلوي إلى gDNA طبيعي عبر نطاق من الترددات النسيلية. (أ) خطية فحوصات نسيلية BCR و TCR. (ب) حد الكشف (LOD) المقدر باستخدام عينات سريرية وخطوط خلوية مضافة إلى gDNA من دم محيطي لمتبرع سليم. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 3: مقارنة ثنائية لقياسات تردد MRD بين MFC ومقايسة NGS MRD. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 4: ديناميكيات الحد الأدنى للمرض المتبقي (MRD) لمرضى الورم النخاعي المتعدد (MM) والحالات السريرية المختلفة للمرضى. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.
| أنواع العينات | الرقم | نوع المرض | النمط النسيل السائد |
| خطوط خلوية | REH | 1 | B-ALL | IGH, IGK |
| NALM6 | 2 | B-ALL | IGH, IGK |
| Jurkat | 3 | T-ALL | TCRB, TCRG |
| H9 | 4 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| أورام ليمفاوية سريرية من الخلايا البائية | 5 | B-ALL | IGH |
| 6 | B-ALL | IGL |
| 7 | B-ALL | IGH |
| 8 | B-ALL | لم يتم اكتشافه |
| 9 | CLL | IGH, IGK |
| 10 | CLL | IGH, IGK |
| 11 | CP-CML | IGH |
| 12 | BP-CML | IGH |
| 13 | MM | IGK |
| 14 | MM | IGH, IGK |
| 15 | MM | IGK |
| 16 | MM | IGH |
| 17 | MM | IGH |
| 18 | MM | IGK |
| 19 | MM | IGH |
| 20 | MM | IGH, IGK |
| 21 | MM | IGH, IGK |
| 22 | MM | IGH |
| 23 | ليمفوما | IGH, IGK |
| 24 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 25 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 26 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 27 | ليمفوما | IGH |
| 28 | ليمفوما | IGH |
| 29 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 30 | ليمفوما | IGH, IGK |
| 31 | ليمفوما | IGH, IGK |
| 32 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 33 | ليمفوما | IGK |
| 34 | ليمفوما | IGH |
| 35 | ليمفوما | لم يتم اكتشافه |
| أورام ليمفاوية سريرية من الخلايا التائية | 36 | ليمفوما | TCGR |
| 37 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 38 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 39 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 40 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 41 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 42 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 43 | ليمفوما | TCRB, TCRG |
| 44 | ليمفوما | لم يتم اكتشافه |
الجدول 1: الكشف عن النسيلة باستخدام مقايسات نسيلة BCR/TCR في 4 خطوط خلوية و40 عينة سريرية. B-ALL: ابيضاض الدم اللمفاوي الحاد للخلايا البائية؛ T-ALL: ابيضاض الدم اللمفاوي الحاد للخلايا التائية؛ CP-CML: ابيضاض الدم النقوي المزمن في المرحلة المزمنة؛ BP-CML: ابيضاض الدم النقوي المزمن في مرحلة الانفجار؛ CLL: ابيضاض الدم اللمفاوي المزمن؛ MM: الورم النخاعي المتعدد.
| الخاصية | الإجمالي (N = 29) |
| متوسط العمر، سنة (النطاق) | 65 (33-82) |
| الجنس، n (%) | |
| ذكر | 19 (65.52) |
| أنثى | 10 (34.48) |
| نوع السلسلة الثقيلة، n (%) | |
| IgG | 14 (48.28) |
| IgA | 7 (24.14) |
| IgE | 1 (3.45) |
| نوع السلسلة الخفيفة، n (%) | |
| k | 19 (65.52) |
| λ | 8 (27.59) |
| تشوه خلوي وراثي، n (%) | |
| del17p | 2 (6.90) |
| del13q14 | 9 (31.03) |
| 1q21 gain/amp | 12 (41.38) |
| t (4;14) | 2 (6.90) |
| لا توجد تشوهات | 9 (31.03) |
| مرحلة ISS، n (%) | |
| I | 4 (13.79) |
| II | 13 (44.83) |
| III | 12 (41.38) |
| مرحلة R-ISS، n (%) | |
| I | 3 (10.34) |
| II | 14 (48.28) |
| III | 6 (20.69) |
| مفقود | 6 (20.69) |
| IMWG، n (%) | |
| عالي الخطورة | 9 (31.03) |
| خطر قياسي | 7 (24.14) |
| منخفض الخطورة | 11 (37.93) |
| مفقود | 2 (6.90) |
الجدول 2: الخصائص الأساسية لـ 29 مريضاً مصاباً بالورم النخاعي المتعدد (MM) المشاركين في هذه الدراسة. k: كابا؛ λ: لامبدا؛ DS: تصنيف دوري-سالمون؛ ISS: نظام التصنيف الدولي؛ R-ISS: نظام التصنيف الدولي المراجع؛ IMWG: المجموعة الدولية العاملة في أبحاث الورم النخاعي
الشكل التكميلي 1: تحليل البقاء على قيد الحياة بناءً على الخصائص السريرية ونتائج MFC. (A) تحليلات أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات لـ PFS. (B) منحنى Kaplan-Meier مع نتيجة MFC. (C) منحنى Kaplan-Meier مع نتيجة NGS. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
الجدول التكميلي 1: الكشف عن النسلية في الليمفوما باستخدام مقايسات نسلية BCR/TCR في عينات الأنسجة والدم المحيطي المطابق.NHL: ليمفوما غير هوجكين؛ HGBL: ليمفوما الخلايا البائية عالية الدرجة؛ FL: ليمفوما جريبية؛ DLBCL: ليمفوما الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة؛ ITLPD-GI: الاضطرابات التكاثرية الليمفاوية تائية الخاملة في الجهاز الهضمي. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
الجدول التكميلي 2: نتائج الكشف عن المرض المتبقي الأدنى (MRD) بناءً على اختبارات MFC وNGS. ND: غير مكتشف؛ الاستجابة الجزئية: PR؛ الاستجابة الكاملة: CR؛ المرض المستقر: SD؛ الاستجابة الجزئية الجيدة جداً: VGPR. يرجى النقر هنا لتحميل هذا الملف.
الملف التكميلي 1: ملخص للبيانات الخام التي تم جمعها في هذه الدراسة. يرجى النقر هنا لتحميل هذا الملف.