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Quantitative Analysis of Chromatin Proteomes in Disease

In the nucleus reside the proteomes whose functions are most intimately linked with gene regulation. Adult mammalian cardiomyocyte nuclei are unique due ...

Biofuels are currently produced from carbohydrates and lipids in feedstock. Proteins, in contrast, have not been used to synthesize fuels because of the difficulties of deaminating protein hydrolysates. Here we apply metabolic engineering to generate Escherichia coli that can deaminate protein hydrolysates, enabling the cells to convert proteins to C4 and C5 alcohols at 56% of the theoretical yield. We accomplish this by introducing three exogenous transamination and deamination cycles, which provide an irreversible metabolic force that drives deamination reactions to completion. We show that Saccharomyces cerevisiae, E. coli, Bacillus subtilis and microalgae can be used as protein sources, producing up to 4,035 mg/l of alcohols from biomass containing âˆ¼22 g/l of amino acids. These results show the feasibility of using proteins for biorefineries, for which high-protein microalgae could be used as a feedstock with a possibility of maximizing algal growth and total CO(2) fixation.

Conversion of proteins into biofuels by engineering nitrogen flux.

Biokraftstoffe sind derzeit aus Kohlenhydraten und Lipiden in Ausgangsstoffen hergestellt. Proteine, wurden dagegen nicht synthetisieren Kraftstoffe aufgrund der Schwierigkeiten bei der deaminating von Proteinhydrolysaten verwendet. Hier wenden wir metabolic Engineering um Escherichia coli zu generieren, die Proteinhydrolysate, deaminate k&ouml;nnen, aktivieren die Zellen, Proteine, C4 und C5 Alkohole bei 56 % der theoretischen Ausbeute zu konvertieren. Wir erreichen dies durch die Einf&uuml;hrung von drei exogene Transaminierung und Deamination Zyklen, die eine irreversible metabolische Kraft zu erm&ouml;glichen, die Deamination Reaktionen auf Vollendung treibt. Wir zeigen, dass Saccharomyces Cerevisiae, E. Coli, Bacillus Subtilis und Mikroalgen als Protein-Quellen verwendet werden k&ouml;nnen produzieren bis 4.035 mg/l von Alkoholen aus Biomasse mit &sim;22 g/l der Aminos&auml;uren. Diese Ergebnisse zeigen die Machbarkeit der Verwendung von Proteinen f&uuml;r Bioraffinerien, f&uuml;r die proteinreiche Mikroalgen k&ouml;nnte als ein Rohstoff mit einer M&ouml;glichkeit der Maximierung Algenwachstum und total CO(2) Fixierung verwendet werden.

Umwandlung von Proteinen in Biokraftstoffe von technischen Stickstoff-Flussmittel.

Lacking from the rapidly evolving field of chromatin regulation is a discrete model of chromatin states. We propose that each state in such a model should meet two conditions: a structural component and a quantifiable effect on transcription. The practical benefits to the field of a model with greater than two states (including one with six states, as described herein) would be to improve interpretation of data from disparate organ systems, to reflect temporal and developmental dynamics and to integrate the, at present, conceptually and experimentally disparate analyses of individual genetic loci (in vitro or using single gene approaches) and genome-wide features (including ChlP-seq, chromosomal capture and mRNA expression via microarrays/sequencing).

Structural considerations for chromatin state models with transcription as a functional readout.

Aus dem sich rasch entwickelnden Gebiet der Chromatin-Verordnung fehlt, ist eine diskrete Modell Chromatin-Staaten. Schlagen wir vor, dass jeder Staat in ein solches Modell zwei Bedingungen erf&uuml;llen sollte: eine strukturelle Komponente und eine messbare Wirkung auf die Transkription. Die praktischen Vorteile im Bereich der ein Modell mit mehr als zwei Staaten (davon 1 mit sechs Staaten, wie hierin beschrieben), zur Verbesserung der Interpretation der Daten aus unterschiedlichen Organsysteme w&auml;re, zeitliche und Entwicklungs Dynamik zu reflektieren und zu integrieren, um vorhanden, begrifflich und experimentell unterschiedliche Analysen der individuellen genetischen Loci (in-vitro- oder mit einzelnen Gens Ans&auml;tze) und genomweiten Features (einschlie&szlig;lich ChlP-Seqchromosomalen Capture und mRNA Ausdruck per Microarrays/Sequenzierung).

Article	Year
Conversion of proteins into biofuels by engineering nitrogen flux. Nature biotechnology\| PubMed ID: 21378968	2011
Structural considerations for chromatin state models with transcription as a functional readout. FEBS letters\| PubMed ID: 22940112	2012

Emma Monte

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