2009年6月17日
本视频记录了采集近海海水样品并对其进行处理的方法,以用于多种后续应用,包括生物量浓缩、核酸纯化、细胞丰度、营养盐和痕量气体分析。
大家好,我是来自不列颠哥伦比亚大学微生物学与免疫学系Stephen Hallam实验室的Elena Kova。今天我们将向您展示一种用于采集海水以进行物理、化学和生物分析的实验方法。我们实验室使用该方法来研究海洋水体的海洋学参数。
下面我们开始。首先,确定每个剖面的采样次数及每次采样的深度,然后选定需要采集的深度,并确定当前剖面需收集的总采样体积。确保“go flow”和“kin water”采样装置处于开启状态,且所有阀门和旋塞均处于关闭状态。
将CTD连接到绳索末端,并将其下放至剖面的最深水深处。在CTD之后立即将采样装置连接到绳索上。确保绳索已正确安装在装置支架内,并拧紧固定螺丝。
在将采样设备下放至水中之前,除最深采样深度外,每个设备上均需连接一个配重 messenger。下放绳索,到达第一个指定深度后,继续下放至下一个深度间隔,然后安装另一个采样装置。请注意,在需要采集大体积水样的深度区间,连续装载两个12升的采样瓶,两者间距约为0.75米。
所有设备入水后,将绳索下放至最深深度,静置两分钟。随后投放 messenger(触发器),依次触发各设备进入关闭状态。等待数分钟后,开始回收绳索。
为确保所有设备均已关闭,将缆线收回,并在每个设备出水后将其卸至甲板上。对于需要大量样品以进行蛋白质、DNA 或 RNA 纯化的深度采样,可串联使用两个采样装置。从其中一个瓶子中立即收集 RNA,并在船上进行过滤。
在对另一瓶中的化学物质和营养物取样后,将剩余的水排入车辆中,最终体积为20升。对于低体积样品,需预留1升水用于在无菌Nalgene瓶中进行过滤。通常,从16个深度间隔采集的低体积样品为16个1升样品,而6个20升样品则作为高体积样品采集。
采集气体样品时,务必同时采集氧气和痕量气体样品。首先,将一段细软管连接到采水装置的旋塞上,然后将软管的另一端插入密封的血清瓶中。
用待测水样冲洗血清瓶三次,然后装满水样至溢出,确保无气泡存在。向血清瓶中加入50 µL氯化汞。注意避免将气泡引入样品中。
用橡胶塞密封血清瓶,再用铝帽压紧,随后置于冰上保存,用于收集样品以测定硝酸盐、磷酸盐和硅酸盐等营养盐。首先用样品水冲洗一支60 cc的注射器,然后在线连接一个0.2微米的Acro Disc滤器。
推动约两毫升水通过注射器,以冲洗滤膜。用约10毫升滤过水将聚乙烯瓶冲洗三次。
冲洗时摇动瓶子,然后将过滤后的样品水加入瓶中,至约四分之三满。将样品置于冰上保存。排空远端水的收集管,用于收集氨测定所需的样品。
首先用样品水彻底冲洗收集管,然后将样品水完全排空。取一个10 ml量筒,用样品水冲洗后,加入5 ml样品水,倒出量筒中多余的样品水,仅保留5 ml,再将这5 ml样品水重新加入已倒空的量筒中。
采集所有深度的样品后,向每个试管中加入 7.5 ml 铵工作试剂。为进行细胞计数而采集样品时,将预标记的 50 ml Falcon 管加样至 50 ml 刻度线,该管中已含有 5.4 ml 37% 甲醛,最终甲醛浓度为 4%。注意不要使试管溢出。将样品置于冰上保存以完成样品采集。
用于硫化氢测量。将预标记的 50 mL Falcon 管加满,管内含有 3 mL 20% 乙酸锌。注意不要溢出管外。
将样品置于冰上以收集小体积样品,用于生物量浓度测定。对于大量样品的生物量浓度测定,使用一升的Nalgene瓶装满至瓶口以收集大体积样品。
将20升的容器装满至顶部。海水采样的最终结果约为32至48个气体样品,32个铵盐样品。
16 个硫化氢样品。16 个用于细胞计数的样品。六个 20 升汽车,16 个一升瓶和四个 Sterex。
含有微生物生物量的 2.2 微米滤膜被保存以备后续 RNA 提取。我们刚刚演示了如何采集不同类型的水样用于生化分析。
这需要大量的准备工作和周密的计划。因此,请在出发前预留两天时间整理物品,返回后预留一天时间进行清理。切勿让盐水接触佩拉尔特泵或用于运输野外设备的铝制扎戈箱。妥善维护设备,它将在未来很长一段时间内良好运行。
以上就是全部内容。感谢观看,祝您的实验顺利成功。
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本视频记录了采集近海海水样品并对其进行处理的方法,以用于多种后续应用,包括生物量浓缩、核酸纯化、细胞丰度、营养物质和痕量气体分析。
可靠的海水采样与收集方案是海洋生物制药发现中生成高质量数据集的基础,可实现对环境变量和生物材料的准确评估。这些方法支持下游分析,如核酸纯化、细胞丰度定量和营养成分分析,对于海洋来源药物发现中的靶点验证和机制性风险排除至关重要。标准化的采集流程确保了不同发现项目之间的可重复性和可比性,有助于整个研发管线的决策制定。
海水采样与收集方法位于海洋生物制药发现流程的前端,为涵盖靶点验证、筛选及转化研究的工作流程提供基础材料。