17 juin 2009
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.
Bonjour, je suis Elena Kova du laboratoire de Stephen Hallam, département de Microbiologie et d'Immunologie à l'Université de la Colombie-Britannique. Aujourd'hui, nous allons vous montrer une procédure pour prélever de l'eau de mer destinée à des analyses physiques, chimiques et biologiques. Nous utilisons cette procédure dans notre laboratoire afin d'étudier les paramètres océanographiques des eaux marines.
Commençons. Tout d'abord, on attribue le nombre de prélèvements et les profondeurs de chaque prélèvement, puis on détermine les profondeurs à échantillonner et le volume total à recueillir pour le prélèvement en cours. Veillez à ce que les dispositifs d'échantillonnage en flux et en eau profonde soient en position ouverte et à ce que toutes les vannes et robinets soient fermés.
Fixez le CTD à la base du câble et descendez-le dans l'eau jusqu'à la profondeur maximale du profil. Placez immédiatement après le CTD un dispositif d'échantillonnage sur le câble. Assurez-vous que le câble est correctement inséré dans le support du dispositif et que les vis sont bien serrées.
Attachez un messager lesté à chaque appareil, sauf pour la profondeur d'échantillonnage la plus profonde, avant de l'abaisser dans l'eau. Abaissez la ligne et la distance entre la première profondeur spécifiée et la suivante, puis fixez un autre dispositif d'échantillonnage. Notez que pour les intervalles de profondeur où des échantillons d'eau de grand volume sont prélevés, un total de deux bouteilles de 12 litres sont chargées consécutivement à environ 0,75 mètre d'intervalle.
Une fois que tous les dispositifs sont en place sur la ligne, descendre la ligne à la profondeur maximale et attendre deux minutes. Envoyer un messenger vers le bas pour actionner chaque dispositif et les placer en position fermée. Attendre quelques minutes avant de remonter la ligne.
Pour s'assurer que tous les dispositifs sont fermés, remontez le câble et déchargez chaque dispositif sur le pont dès qu'il émerge de l'eau. Pour les profondeurs nécessitant de grands volumes d'échantillons pour la purification de protéines, d'ADN ou d'ARN, utilisez deux dispositifs d'échantillonnage en tandem. Prélève immédiatement l'ARN à partir d'une bouteille et filtre-le à bord du navire.
Après avoir prélevé les produits chimiques et les nutriments dans l'autre bouteille, versez l'eau restante dans la voiture afin d'obtenir un volume final de 20 litres. Pour les échantillons de faible volume, mettez de côté un litre d'eau à filtrer dans des bouteilles Nalgene stériles. Généralement, les échantillons de faible volume provenant de 16 intervalles de profondeur sont collectés sous forme de 16 échantillons d'un litre chacun, et six échantillons de 20 litres sont collectés comme échantillons à haut volume.
Lors de la collecte d'échantillons de gaz, prélevez toujours des échantillons d'oxygène et de gaz traces. Fixez d'abord un morceau de tube fin au robinet du dispositif d'échantillonnage d'eau. Placez l'autre extrémité du tube dans les flacons sérum glos.
Rincez la bouteille à sérum trois fois, puis prélève de l'eau et remplis-la jusqu'au débordement de manière à ce qu'il n'y ait aucune bulle d'air. Ajoute 50 microlitres de chlorure mercureux à la bouteille à sérum. Prends garde de ne pas introduire de bulles d'air dans l'échantillon.
Fermer la bouteille de sérum avec un bouchon en caoutchouc C et sertir un capuchon en aluminium, puis la conserver sur de la glace afin de recueillir des échantillons destinés à la mesure des nutriments, notamment le nitrate, le phosphate et le silicate. Rincer d'abord une seringue de 60 cc avec l'eau de l'échantillon. Puis fixer en ligne un filtre acro disque de 0,2 micromètre.
Poussez environ deux ml d'eau à travers la seringue. Pour purger le filtre. Rincez un flacon en polyéthylène avec environ 10 ml d'eau filtrée, trois fois.
Agiter la bouteille lors du rinçage, puis ajouter de l’eau d’échantillon filtrée dans les bouteilles jusqu’à environ trois quarts pleines. Conserver l’échantillon sur de la glace. Vider les tubes de collecte d’eau distale pour prélever des échantillons destinés aux mesures d’ammoniac.
Commencez par rincer les tubes de collecte, mais éliminez complètement l'échantillon d'eau. Remplissez un cylindre gradué de 10 ml avec l'eau prélevée, versez cinq ml d'échantillon d'eau hors du cylindre gradué et videz le reste du cylindre. Ajoutez ensuite les cinq ml dans le cylindre vide.
Une fois que les échantillons de toutes les profondeurs ont été prélevés, ajouter 7,5 ml de réactif ammonium dilué à chaque tube. Pour prélever les échantillons destinés au dénombrement cellulaire, remplir un tube Falcon de 50 ml préalablement étiqueté contenant 5,4 ml de formol à 37 % jusqu’au trait de 50 ml, afin d’obtenir une concentration finale de 4 %. Veiller à ne pas déborder le tube. Conserver l’échantillon sur glace pour prélever les échantillons.
Pour les mesures de sulfure d'hydrogène. Remplir jusqu'au bord un tube Falcon de 50 ml préalablement étiqueté contenant trois ml d'acétate de zinc à 20 %. Veiller à ne pas faire déborder le tube.
Conservez l'échantillon sur de la glace pour recueillir de petits volumes. Pour la concentration de la biomasse. Remplissez complètement des bouteilles Nalgene d'un litre pour recueillir de grands volumes destinés à la concentration de la biomasse.
Remplir des bidons de 20 litres jusqu'au sommet. Le résultat final du prélèvement d'eau de mer donne environ 32 à 48 échantillons de gaz et 32 échantillons d'ammonium.
16 échantillons d'hydrogène sulfuré. 16 échantillons pour le dénombrement cellulaire. Six voitures de 20 litres, 16 bouteilles d'un litre et quatre Sterex.
Les filtres de 2,2 µm contenant la biomasse microbienne sont conservés pour une isolation ultérieure de l'ARN. Nous venons de démontrer comment prélever différents types d'échantillons d'eau destinés à une analyse biochimique.
Cela nécessite une grande préparation et une planification minutieuse. Prévoyez donc deux jours avant le voyage pour tout organiser et un jour après pour le rangement. Veillez à ce que l'eau salée n'entre pas en contact avec la pompe peralt ni avec la boîte en aluminium zago utilisée pour transporter le matériel de terrain. Manipulez le matériel avec soin et il vous sera utile pendant de nombreuses années.
Voilà, c'est tout. Merci d'avoir regardé et bonne chance avec vos expériences.
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Ce vidéo présente les méthodes de prélèvement d'échantillons d'eau marine côtière et de leur traitement pour diverses applications ultérieures, notamment la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, la mesure de l'abondance cellulaire, ainsi que les analyses de nutriments et de gaz traces.
Des protocoles solides d’échantillonnage et de collecte d’eau de mer constituent la base de la génération de jeux de données de haute qualité dans la découverte de biopharmaceutiques marins, permettant une évaluation précise des variables environnementales et des matériaux biologiques. Ces méthodes soutiennent les analyses en aval, telles que la purification des acides nucléiques, la quantification de l’abondance cellulaire et l’analyse des profils nutritionnels, essentielles à la validation des cibles et à la réduction des risques mécanistiques dans la découverte de médicaments d’origine marine. Une collecte standardisée assure la reproductibilité et la comparabilité entre les programmes de découverte, soutenant ainsi la prise de décision à l’échelle du portefeuille.
Les méthodes d'échantillonnage et de collecte d'eau de mer se situent en amont du continuum de découverte en biopharmacie marine, fournissant le matériel fondamental pour des flux de travail couvrant la validation de cibles, le criblage et la recherche translationnelle.