Bacterial Pathogenesis and Host Interactions

מקור: יונג, א. ל. ואחרים. וזיקולות ממברנה חיצונית של Legionella pneumophila: בידוד וניתוח הפוטנציאל הפרו-דלקתי שלהן על מקרופאגים. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את הבידוד של וזיקולות ממברנה חיצונית (OMVs) מ-Legionella pneumophila באמצעות צנטריפוגציה סדרתית, סינון סטרילי ואולטרה-צנטריפוגה. ה-OMVs המטוהרים, המועשרים בחלבוני ממברנה וליפופוליסכרידים, מתאימים למחקרי אינטראקציה בין מארח לפתוגן.

התחילו עם צינורות המכילים את שלב ה-NRP של Mycobacterium tuberculosis שאינו משכפל, שבו שכבה חיצונית מעובה.הוסף חרוזי זכוכית לצינור אחד ונער אותו כדי לשבש מכנית את השכבה החיצונית של המיקובקטריה, מה שמשפר את החדירה.לאחר מכן, העבירו את השעיין המיקובקטריאלי המוכה בחרוזים לצינור טרי.הוסיפו את ריפמפיצין עם סימון פלואורסצנטי, אנטיביוטיקה נגד שחפת, להן לתלושיות התאים הלא מטופלות וגם לתלושיות החרוזים.דגרו עם ניעור כדי לאפשר לריפמפיצין מסומן בפלואורסצנטיות להיכנס למיקובקטריה.עם הזמן, יותר ריפמפיצין נכנס...

התחילו עם השעיה של E פתוגני לעופות. קולי או APEC במדיה של גידול.APEC הוא חיידק גרם-שלילי שמדביק עופות דרך דרכי הנשימה.לאחר חדירה לשכבת הרירית, APEC נדבקים לתאי האפיתל, מתרבים מקומית ומפריעים למחסום האפיתל כדי להיכנס למחזור הדם. החיידקים מתפשטים למספר איברים, וגורמים לזיהום מערכתית.הוסף נפח שווה של השעון החיידקי לכל באר של לוח רב-בארות המכיל ריכוזים הולכים וגדלים של האנטיביוטיקה אנרופלוקסצין.אטום את הצלחת ודגר בתנאי גדילה מיטביים של חיידקים.במהלך הדגירה, אנרופלוקסצין נכנס לתאי החיידקים ונקשר...

מקור: Spiesz, E. M. ואחרים, דפוסים תלת-ממדיים של ביופילמים מהונדסים עם מדפסת ביולוגית עשה-זאת-בעצמך. J. Vis. Exp. (2019)הסרטון הזה מדגים שיטה להשוואת דפוסי אלגינט מודפסים בתלת-ממד המכילים זני חיידקים מהונדסים גנטית או מבוקרים. הזן המבחן מייצר סיבי קרלי בעת ההשראה, שמחזקים את מבנה ההידרוג'ל האלגינט. לאחר טיפול בתמיסת סידן מכיל, רק דפוס הבדיקה נשאר שלם, מה שמדגיש את האפקט המייצב של ייצור סיבי הקרלי.

מקור: טיי, ס. ב. ואחרים. הפרעה אנטי-וירולנטית של ביופילמים פתוגניים באמצעות לקטונאזות מהונדסות לכיבוי קוורום. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון מדגים שיטה לכימות ביומסה ביופילמית בחיידק פתוגני, תוך השוואת מערכות ביקורת לא מטופלות לדגימות שטופלו באנזים שמדביר קווארום. האנזים משבש את איתות החיידקים במהלך הדגירה המוקדמת, ומפחית את ההיצמדות של התא. לאחר שטיפה והמשך דגירות, בארות הבקרה יוצרות ביופילמים צפופים, בעוד שבארות מטופלות מראות היווצרות מופחתת. צבע קטיוני משמש לצביעת הביופילם, ונמדד ספיגה להערכת...

מקור: Schlafer, S, ו-Frost Kristensen, M. ניטור pH חוץ-תאי בביופילמים חוצי-ממלכה באמצעות מיקרוסקופיה קונפוקלית. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את גידול הביופילמים החוצי-ממלכותיים של Streptococcus mutans ו-Candida albicans בתנאים דמויי פה כדי למודל אינטראקציות חיידקיות–פטריות, ומאפשר חקר סינרגיה מיקרוביאלית, הידבקות מתווכת גלוקן ואלימות חומצית בפתוגנזה הפה.

מקור: קורץ, ד. ל. ואחרים. פלטפורמה מיקרופלואידית לחקר סגימה ביולוגית במדיה נקבובית. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון מדגים את השימוש במכשיר מיקרופלואידי לחקר יצירת ביופילם. השעיה חיידקית מוכנסת לתעלה המיקרו, ואחריה אינקובציה לאפשר התפתחות ביופילם. לאחר מכן מתחדשת הזרימה, וניטור לחץ יחד עם הדמיה משמש לזיהוי היווצרות ביופילם וחסימת נקבוביות לאורך זמן.

מקור: פרינבם, ק., וסיריאפורן, א. בדיקת אלימות חיידקית מהירה מבוססת תמונה באמצעות אמבה. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים שיטה מהירה מבוססת תמונה להערכת אלימות חיידקים על ידי דגירה של אמבות עם חיידקים מחוברים למשטחים או פלנקטוניים, יישום פד אגרוז קלציין-אצטוקסיתיל (calcein-AM), ודימות פלואורסצנציה לזיהוי נזק לתאי המארח.

מקור: בוכר, ט. ואחרים. שיטות לחקר ביופילמים של B. subtilis כמודל לאפיון מעכבי ביופילם של מולקולות קטנות. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים בדיקת יצירת פליקלים באמצעות Bacillus subtilis להערכת מעכבי מולקולות קטנות שמפריעים לסינתזת מטריצה ולהתפתחות ביופילם, ומספק מודל לסינון תרכובות שמעכבות באופן סלקטיבי צמיחה קשורה למשטח מבלי להשפיע על תאים צפים חופשיים.

מקור: בוכר, ט. ואחרים. שיטות לחקר ביופילמים של B. subtilis כמודל לאפיון מעכבי ביופילם של מולקולות קטנות. J. Vis. Exp. (2016).הסרטון הזה מדגים כיצד שלמות מטריצת הביופילם משפיעה על עמידות חיידקים לאתנול על ידי השוואת יחידות יוצרות מושבות בביופילמים לא מטופלים ומופרעים על ידי מעכבים. הפחתת CFU בדגימות שטופלו במעכבים מראה כי מטריצת החוץ-תאית חיונית להגנה על תאים מוטמעים בביופילם מפני לחץ אנטימיקרוביאלי.

מקור: בודואן, ט. ואחרים. המחשת השפעות הליחה על התפתחות ביופילם באמצעות מודל זכוכית כיסוי עם תאים. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את השימוש בזכוכית כיסוי תאית לחקר השפעת גורמי מארח ליחה שמקורם בחולה בפיברוזיס ציסטיק על התפתחות ביופילם חיידקיים.

התחל עם תחום חיידקי במדיה של חומרים מזינים.הוסיפו את המתלים לפלטת רב-בארות ודגמו.החומרים המזינים במדיה מסייעים לצמיחת חיידקים ולהיצמדות.החיידקים הדבוקים מפרישים חומרים פולימריים חוץ-תאיים הכוללים פוליסכרידים, חלבונים ו-DNA ליצירת שכבת ביופילם.שטוף מספר פעמים עם בופר כדי להסיר חיידקים לא קשורים.הפוך את הפלטה כדי להבטיח הסרת נוזל שנותר מהבאר ולאפשר לביופילם להתייבש.לטפל במקבע לשימור רכיבי התאים של הביופילם.הוסיפו צבע קטיוני שנקשר לרכיבים פולימריים חוץ-תאיים טעונים שלילית של הביופילם.שטוף עם בופר...

מקור: הו, י. ואחרים. ניתוח אינטראקציות בין אנדוביוטיקה למיקרוביום המעי האנושי באמצעות מערכות תסיסה במבחנה. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את השימוש בכרומטוגרפיה בשכבה דקה (TLC) להערכת פירוק אקסופוליסכרידים (EPS) על ידי מיקרוביום צואה אנושי. קטעי EPS בסופרנטנטים של תסיסה מופרדים לפי גודל וקוטביות באמצעות TLC, ואז מוצגים כרצועות צבעוניות לאחר צביעה ספציפית לפחמימות.

מקור: שומאכר, ד., וסוגארד-אנדרסן, ל. הדמיית תאים חיים פלואורסצנטיים של מחזור התאים הצמחיים המלא של החיידק החברתי המתפתח באיטיות Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את השימוש בהדמיית תאים חיים למעקב אחר מקורות כרומוזומים מסומנים פלואורסצנטית במהלך חלוקת תא חיידקים. הוא לוכד את דינמיקת הפרדת הכרומוזומים באמצעות מיקרוסקופיה של ניגודיות פאזה ופלואורסצנציה.

מקור: Tokunou, Y. ואחרים, זיהוי אלקטרוכימי של השפעת איזוטופ קינטי של דויטריום על הובלת אלקטרונים חוץ-תאית ב-Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את ההרכבה וההפעלה של מודל כור אלקטרוכימי שנועד לדמות יצירת ביופילם על פני אלקטרודות. גירוי אלקטרוכימי מבוקר מקדם הידבקות מיקרואורגנית, מה שמוביל להתפתחות הדרגתית של ביופילם מונו-שכבה חיידקית.

מקור: נג'י, א. ואחרים. חקר לחץ חמצוני הנגרם על ידי קבוצת המיטיס סטרפטוקוקי ב-Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את השימוש בחלבון ירוק פלואורסצנטי מתויג SKN-1 ב-C. elegans לניטור לחץ חמצוני על ידי מעקב אחר פלואורסצנציה ירוקה. תולעים שנחשפו ל-S. gordonii מראות פלואורסצנציה גרעינית חזקה, המאשרת לחץ שנגרם על ידי פתוגנים, בעוד שתולעים שניזונו ב-E. coli מציגות פלואורסצנציה ירוקה מפוזרת בציטופלזמה, מה שמעיד על הפעלה מינימלית של SKN-1.

מקור: Nielsen, T. B. ואחרים, מודל שאיפת אורופרינגיאלית של דלקת ריאות חיידקית הקשורה למכונת הנשמה ודלקת ריאות חיידקית נרכשת בבית חולים. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים את התהליך של העברת חיידקים דרך האורופרינקס לריאות של עכבר מורדם, כדי לגרום לזיהום ריאתי ולעורר תגובה חיסונית.

מקור: ז'או, ק. ואחרים. מודל Invitro לחקר השפעת טיפול פוטודינמי בתיווך חומצה 5-אמינולוולינית על ביופילם סטפילוקוקוס אוראוס . J. Vis. Exp. (2018)הסרטון מדגים פרוטוקול טיפול פוטודינמי להערכת השפעות אנטיבקטריאליות על ביופילמים חיידקיים גרם-חיוביים. ביופילמים מחולקים לארבע קבוצות: שתיים מקבלות חומר קדם-רגיש לאור, ושתיים מקבלות בופר. כולם מודגרים בחושך, ואחריהם חשיפה לאור אדום לקבוצה אחת שטופלה בקדימות וקבוצה אחת בלבד עם בופר. מיני חמצן תגובתיים נוצרים רק בקבוצה המקבלת גם קדם וגם אור, מה שמוביל למוות...

Source: Escudero, J. A., et.al. Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates how escalating cefazidime exposure is used to compare the survival of three E. coli strains with different copies of the ampicillin resistance gene. It shows that only the strain with a multicopy plasmid survives at higher drug levels, highlighting how increased gene copy number accelerates resistance evolution.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the phage-mediated transfer of donor DNA carrying an excisable antibiotic resistance cassette into Escherichia coli. The integrated cassette replaces the target gene via homologous recombination, resulting in a stable gene deletion.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method for studying host-pathogen interactions using a micro-parallel plate flow chamber seeded with human primary endothelial cells. Following endothelial cell activation by an ionophore and perfusion with fluorescently labeled bacteria, the cells release von Willebrand factor (VWF), which binds bacterial adhesins under shear...

Source: Holt-Torres, P. S. et al. Evaluation of Antimicrobial Activities of Nanoparticles and Nanostructured Surfaces In Vitro. J. Vis. Exp. (2023)This video demonstrates the use of the focused-contact exposure method to evaluate the antibacterial activity of nanostructured surfaces. It outlines the steps involved in establishing direct contact between bacteria and the nanostructured surface, incubation, bacterial collection, and colony counting to assess viability.

Source: Dubois, V., et al. Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the procedure of co-culturing amoebae with mutant bacterial strains to evaluate their intracellular survival and identify virulence markers through differences in colony counts.

מקור: נגרה, נ., ואחרים. פגוציטוזה של מקרופאגים אלוואולריים ופינוי חיידקים בעכברים. J. Vis. Exp. (2019).הסרטון הזה מדגים את ההערכה של פגוציטוזיס המתווך על ידי קולטני המשלים באמצעות תאי דם אדומים של כבשים שזוהרו ב-IgM ומשלים, ולאחר מכן את קליטם על ידי מקרופאגים של עכברים. היקף הפגוציטוזה נמדד על ידי מדידת תוצר כרומוגני כחול שנוצר מחמצון דיאמינופלואורן שנוצר על ידי המוגלובין.

מקור: ז'אנג, ס. ואחרים. מסלול זיהום תוך-גולגולתי סוברכנואידלי לחקירת תפקידי ביופילמים של סטרפטוקוקוס סואיס בדלקת קרום המוח במודל זיהום עכבר. J. Vis. Exp. (2018).הסרטון הזה מדגים את גילוי ביטוי גן המטרה במוח עכבר נגוע בחיידקים. ה-RNA מופק, מטופל באנזים מפרק DNA, ומועתק לאחור ל-cDNA. ה-cDNA מוגבר באמצעות מחזור תרמי עם פריימרים ייחודיים לגנים, בעוד שצבע קושר DNA נקשר ל-DNA המוגבר ופולט פלואורסצנציה. אותות הפלואורסצנציה מנותחים כדי לאשר את נוכחות הגן היעד.

מקור: רדולוביץ', ק., ואחרים. הזרקות של ליפופוליסכריד לעכברים כדי לחקות כניסת מוצרים שמקורם במיקרוביאליזם לאחר פריצת מחסום מעיים. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים הליך שלב אחר שלב להזרקת ליפופוליסכריד (LPS) לעכברים תוך-פריטונית כדי לגרום לדלקת מערכתית.

קחו תרביות תאי כליה של חזיר, כאשר תרבית אחת מטופלת מראש במעכב שמעלה את ה-pH הליזוזומי, מה שמפחית את התדרדרות האוטופגיה-ליזוזומלית.הוסיפו חיידקים פתוגניים וצנטריפוגה כדי לשפר את המגע בין המארח לפתוגנים.דגירה כדי לאפשר פלישה ופנימיזציה של חיידקים לווסיקולות אנדוציטיות.החיידקים הפנימיים צורכים את החומרים המזינים של המארח כדי לשכפל, מה שגורם ללחץ מטבולי.מאמץ זה מפעיל את האוטופגיה, שבה ממברנה אוטופגית מתרחבת סביב הווסיקולה, ויוצרת אוטופגוזום.בתאים שלא טופלו, האוטופגוזום מכוון לחיידקים לפירוק...

קחו תרבית דבק של מקרופאגים של עכברים.לטפל היטב במבחן עם בופר שמכיל Wnt5A, מולקולת איתות, והבקרה עם בופר בלבד.להדביק בפתוגן חיידקי ולדגור.בתאי הבדיקה, Wnt5A מפעיל מפל איתות שמגביר את ארגון מחדש של שלד הציטוסקלט כדי להגביר את קליטת החיידקים לפגוזומים, בעוד שתאי הבקרה שחסרים איתות זה מפנים פחות חיידקים.שטפו להסרת חיידקים לא מופנמים, ואז דגרו עם מדיום המכיל אנטיביוטיקה כדי לסלק חיידקים חוץ-תאיים שנותרו.איתות Wnt5A מכין את הפגוזומים המכילים חיידקים למיזוג עם ליזוזומים, מה שמאפשר פירוק חיידקים.חלק...

מקור: In, J. G. ואחרים. מונולאידים של קולונואידים אנושיים לחקר אינטראקציות בין פתוגנים, קומנסלים ואפיתליום מעי של המארח. J. Vis. Exp. (2019).הסרטון הזה מדגים את התהליך לגידול תאי אפיתל שמקורם במעי הגס על מערכת טרנסוול מצופה קולגן, ליצירת שכבה מונולקולית שמייצרת ריר שמדמות את מחסום המעי ומאפשרת מחקרי אינטראקציה בין מארח לפתוגן.

מקור: Luukinen, H. ואחרים. מידול שחפת בדג זברה בוגר נגוע במיקובקטריום מרינום . J. Vis. Exp. (2018).

מקור: סיגל, נ., ואחרים. טיהור RNA מ-Listeria monocytogenes תוך-תאית בתאי מקרופאג'. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים חילוץ RNA מליסטריה מונוציטוגנס שבודדה ממאקרופאגים נגועים בעכברים. הפרוטוקול שומר על RNA, מפרק תאים באמצעות פנול-כלורופורם וחום, ומפריד RNA באמצעות צנטריפוגה. מלח ואתנול, בשילוב עם דגירה קרה, מקדמים את השקיעת RNA. ה-RNA המתקבל לוכד ביטוי גנים המושר על ידי המארח, וחושף אלימות חיידקית ואסטרטגיות הסתגלות.

מקור: וונאש, פ. ואח', ניתוח אימונופלואורסצנציה של יצירת גרנולות לחץ לאחר אתגר חיידקי של תאי יונקים. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את זיהום תאי האפיתל בחיידק הפתוגני Shigella flexneri ואת תגובת התאים המארחת שנוצרת. חלבוני אפקטור חיידקיים משבשים את תרגום המארח, וגורמים להיווצרות אברונים חסרי ממברנה הנקראים גרגירי מאמצים, המשקפים את תגובת התא האדפטיבית לזיהום.

התחל עם תרבית תאי חיסון שנדבקה בחיידקים פתוגניים היוצרים גופים תוך-תאיים.הזיהום החיידקי פוגע במסלול הצגת האנטיגן בתאי החיסון.קחו תרבית לא נגועה כאמצעי בקרה.לאחר מכן, הוסף אנטיגן חלבון מודל ודגם.תאי מערכת החיסון מפנמים, מעבדים ומציגים את הפפטידים המובנים מאנטיגן על מולקולות MHC-I.לאחר הדגירה, שטפו את התאים כדי להסיר אנטיגן לא מעובד.תקבע את התאים, ואז מוסף חומר קירור כדי לנטרל את הקיבוע.הכנס את תאי ה-CD8+ T המהונדסים ודגם.תאים אלו מזהים את קטע האנטיגן המוצג על מולקולת MHC-I, מופעלים ומפרישים...

מקור: צ'טריט, ד. ואחרים. יישום הדמיית תאים חיים וטומוגרפיית קריואלקטרונים לפתרון תכונות מרחב-זמן של מערכת ההפרשה Legionella pneumophila dot/ICM. J. Vis. Exp. (2020).הווידאו הזה מדגים את ההכנה וההדמיה של חיידקים פתוגניים מסומנים בפלואורסצנטית. כריות אגרוז מוכנות וממוקמות תחילה בתוך מסגרת דבק. תלייה של חיידקים מהונדסים גנטית המבטאים חלבון פלואורסצנטי מוחל על הפד כדי לייצב את התאים. המסגרת נאטמת באמצעות כיסוי ונצפית תחת מיקרוסקופ כדי ללכוד תמונות פלואורסצנציה של חיידקים.

מקור: וינסטון, ג'. א. ואחרים. מודל עכבר מטופל בספפרזון של זן Clostridium difficile R20291 הרלוונטי קלינית. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את ההליך לחיסון עכברים שטופלו מראש באנטיביוטיקה בנבגי Clostridium difficile כדי לקבוע מודל זיהום עכברי לחקר פתוגנזה ותגובות המארח.

מקור: וינסטון, ג'יי. א. ואחרים. מודל עכבר מטופל בספפרזון של זן Clostridium difficile R20291 הרלוונטי קלינית. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את הכימות של Clostridium difficile בדגימות צואה ממודל עכבר נגוע באמצעות טכניקות תרבית סלקטיביות. הוא מפרט את ההליכים לאיסוף דגימות, עיבוד אנאירובי, דילול סדרתי וספירת מושבות להערכת התיישבות חיידקית ואינטראקציות בין מאכסן-פתוגנים.

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of immunoblotting to assess apoptosis inhibition by the bacterial effector protein CaeB in human cells. It outlines the steps for detecting apoptotic markers following doxycycline-induced expression of pro-apoptotic proteins in host cells expressing the effector.

Source: Yuan, Z., et al. Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates an in vivo mouse model for inducing and analyzing acute lung injury (ALI) using intraperitoneal administration of bacterial lipopolysaccharide. The inflammatory cascade triggered by alveolar macrophages and neutrophils leads to epithelial and endothelial barrier disruption, allowing fluid and immune cells to accumulate in the alveoli. Alveolar...

Source: Li, T., et al. Studying Effects of Cigarette Smoke on Pseudomonas Infection in Lung Epithelial Cells. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates how cigarette smoke extract weakens antimicrobial defense in lung epithelial cells by reducing AMP production, leading to increased bacterial invasion. The procedure measures intracellular bacterial load to assess the impact of smoke exposure on host-pathogen interactions.

Source: Ahn, J. J., et al., Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the preparation of mouse splenocyte cultures from Listeria monocytogenes-infected mice for downstream cytokine analysis. It includes ex vivo bacteria-derived antigen stimulation and sample processing to study T cell responses.

Source: Barbero, A. M., et al. Fluorescence Assays for the Study of Mycobacterium tuberculosis Interaction with the Immune Receptor SLAMF1. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the procedure for labeling host immune receptors that bind bacterial surface antigens, enabling their detection through flow cytometry.

Source: Zhang, C. et al. Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the quantification of intracellular survival of a methicillin-resistant bacterial pathogen in mouse peritoneal macrophages. It outlines the steps involved in infection, extracellular bacterial clearance, host cell lysis, and colony enumeration to assess bacterial survival within host macrophages.

Source: Gutiérrez, S., et al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the magnetic isolation of phagosomes containing biotin–streptavidin bead–coated bacteria from infected macrophages. The protocol includes buffer treatments, cell disruption, magnetic separation, and washing to yield purified phagosomes for analysis.

מקור: מילס, ב., ואחרים, סקר אופטי של גשושים ייחודיים לחיידקים חדשים ברקמת ריאה אנושית מחוץ לחיים באמצעות אנדומיקרוסקופיה בלייזר קונפוקלי. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים הדמיה בזמן אמת של סטפילוקוקוס אוראוס המסומן בפלואורסצנציה ברקמת תלייה וריאה באמצעות מיקרוסקופיה פלואורסצנציה קונפוקלית סיבית.

מקור: נג, ק. מ., טרופיני, ק. הדמיית אינטראקציות בין מיקרוביוטה במעי למארח באמצעות היברידיזציה פלואורסצנטית במקום , צביעת לקטין והדמיה. J. Vis. Exp. (2021).סרטון זה מדגים את תהליך היברידיזציה פלואורסצנטית במקום (FISH) לצביעת מיקרוביום המעי ברקמת מעי העכברים על ידי היברידיזציה של גלאי פלואורסצנטיים ל-rRNA חיידקי (חומצה ריבונוקלאית ריבוזומלית) וצביעה נגד מבני המארח לניתוח מיקרוסקופי.

מקור: Siva-Jothy, J. A., ואחרים, זיהום חיידקי דרך הפה ונשירת שיער ב-Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים את ההליך למעקב אחר נפילת חיידקים בדרוזופילה על ידי העברת זבוב נגוע דרך מספר צינורות מכילות מזון, חילוץ חיידקים שנשרו וכימות מושבות חיוניות באמצעות דילול ושריון סדרתיים.

מקור: דה וריס, ס. ר. ואח', מודל חיסון מאוחר של זיהום פצע כרוני בפסאודומונס אארוגינוסה . J. Vis. Exp. (2020).הסרטון הזה מדגים טכניקת הדמיה ביולומינצנטית למעקב אחר התקדמות זיהום חיידקי במודל עכבר חי. חיידקים פתוגניים שהונדסו באמצעות מערכת הדיווח luxABCDE פולטים אור באתר הזיהום, ומאפשרים ויזואליזציה של חיידקים פעילים מטבולית. על ידי הדמיית העכבר לאורך זמן, החוקרים יכולים לעקוב באופן לא פולשני אחר דינמיקת הזיהומים ולכמת את עוצמת האות הביולומינצנטי.

מקור: שי, ג'. ואחרים. סינון וזיהוי מדכאי השתקת RNA מאפקטורים מופרשים של פתוגנים צמחיים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים מבחן חדירה משותפת לזיהוי חלבוני אפקטור פתוגנים המדכאים השתקת RNA בניקוטיאנה בנתמיאנה 16c. דיווח פלואורסצנטי וגן אפקטור מועמד מועברים לעלי הצמח דרך אגרובקטריום. בדרך כלל, השתקת RNA מפחיתה את תמלולי המדווחים, ומפחית את הפלואורסצנציה. אפקטורים מדכאים חוסמים תגובה זו, ושומרים על פלואורסצנציה. בדיקה זו מציעה שיטה מהירה ויזואלית לסינון אפקטורים מיקרוביאליים שמפריעים להגנת המארח.

מקור: ניו, ל. ואחרים. הדמיה של מוות תאי ליז של מקרופאגים במהלך זיהום מיקובקטריאלי בעוברי דגי זברה באמצעות מיקרוסקופיה תוך-חיונית. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את השימוש במיקרוסקופיה קונפוקלית תוך-חיונית כדי להמחיש מוות תאי ליז של מקרופאגים בעוברי דגי זברה לאחר זיהום Mycobacterium marinum .

מקור: סמאן, ב. ג., et.al. מודל הדמיה של אלח דם חיידקי גראם שלילי. J. Vis. Exp. (2020)הסרטון הזה מדגים את הבידוד של נויטרופילים ומונוציטים דלקתיים מטחול עכבר יילוד ואת יישומם במבחן הרג חיידקים זוהר. הוא עוסק בדיסוציאציה מכנית, פירוק תאי דם אדומים, העשרת תאים מבוססת חרוזים מגנטיים, דגירה חיידקית והגנה אנטיביוטית. קריאות זוהר מתוזמנות מצביעות על הפנמת חיידקים ראשונית ואחריה ניקוי מתווך חיסוני.

מקור: צ'וי, י. ס. ואחרים. זיהוי במקום של חיידקים בתוך רקמות מוטמעות בפרפין באמצעות גלאי DNA מסומן בדיגוקסין המיועד ל-16S rRNA. J. Vis. Exp. (2015).סרטון זה מדגים את זיהוי החיידקים בשטח בחתכי רקמת החניכיים של העכבר באמצעות גלאי DNA מסומנים בדיגוקסין המכוונים ל-DNA חיידקי. הקטע מודגר יחד עם הגשושית. מתווספים נוגדנים מצורפים אלקליין פוספטאז הספציפיים לדיגוקסין. פוספטאזים אנדוגניים מושבתים, ומשקע צבעוני מתקבל על ידי הוספת תת-קרקעית. החתך מוצבע נגד, מיובש, מנוקה בקסילן, ומותקן לפני הדמיה מיקרוסקופית...

מקור: ולנטיין, מ. א. ואחרים, יצירת מוטנטים למחיקת גנים בתוך המסגרת ב-Pseudomonas aeruginosa ובדיקת החלשת אלימות במודל פשוט של זיהום בעכברים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את השימוש בגישה של הדמיה מבוססת ביולומינסצנציה לניטור זיהום חיידקי במודל עכבר חי. הדמיה ביולומינצנטית רציפה וצילום רנטגן מאפשרת הדמיה בזמן אמת ומיקום אנטומי של הזיהומים המתפשטים ברחבי המארח.

מקור: Luyts, N., ואחרים. מעקב אורך של זיהומים בדרכי השתן וטיפול בהם בעכברים באמצעות הדמיית ביולומינצנציה. J. Vis. Exp. (2021).הסרטון הזה מדגים את ההשראה והמעקב אחר זיהום בדרכי השתן במודל עכבר באמצעות E. coli ביולומינסנציוני שהוזרק לשלפוחית השתן, שם מתרחשים הידבקות, פלישה ושכפול תוך-תאי של חיידקים. האור הנפלט מהאופרון הביולומינצנטי משמש כסמן בזמן אמת לעומס חיידקים במהלך התקדמות הזיהום.

מקור: O'Brien, V. P., ואחרים, זיהום שובב בדרכי השתן של Escherichia coli שנגרם מחשיפת שלפוחית השתן בגרדנרלה בנרתיק בעכברים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את השימוש במיקרוסקופ אלקטרוני סורק כדי להמחיש קולוניזציה חיידקית ואינטראקציות בין מאכסן-פתוגן באפיתל השלפוחית של מודל עכבר שנדבק מראש.

מקור: ברנוט, א., ואח', פענוח והדמיה של פתוגנזה ודימות של מיקובקטריום אבססיסוס בעוברי דגי זברה. J. Vis. Exp. (2015).הסרטון הזה מדגים פרוטוקול לבידוד וכימות של Mycobacterium abscessus מעובר דג זברה נגוע. ההליך כולל המתת חסד של עוברים, ניתוק רקמות והומוגניזציה לשחרור החיידקים, ולאחר מכן צנטריפוגה והשעיה מחדש בבופר סורפקטנטים. לבסוף, ההשעיה החיידקית מדוללת באופן סדרתי, מצופה על אגר עם תוספת אנטיביוטיקה, ומודגרת כדי לאפשר יצירת מושבות וכמות.

מקור: ברנוט, א. ואחרים. פענוח והדמיה של פתוגנזה והקורדינג של Mycobacterium abscessus בעוברי דגי זברה. J. Vis. Exp. (2015)הסרטון הזה מדגים פרוטוקול המשתמש בעוברים טרנסגניים של דגי זברה המבטאים מקרופאגים פלואורסצנטיים ונדבקים בזן מחוספס של Mycobacterium abscessus כדי להמחיש אינטראקציות בין מארח לפתוגן. הוא חושף כיצד חבל חוץ-תאי מאפשר התחמקות חיסונית, ומקדם הישרדות חיידקים ונזק לתאי המארח.

התחל עם דגימת מים מזוהמת שכנראה מכילה קוליפורמים צואתיים, כולל E. coli.לבצע דילול סדרתי במים מזוקקים כדי להפחית עכירות ועומס מיקרוביאלי.ערבבו את הדגימה המדוללת הרצויה עם החומר המזין והעמיסו אותו לשבב מיקרופלואידי.השתמש בסינון ואקום כדי ללכוד חיידקים על ממברנה בתוך תעלת הסרפנטין של השבב.הוסיפו מדיום מזין לתא העליון ודגרו אותו כדי לשפר את התאוששות החיידקים.החליפו את המדיום בתמיסה של פאגים ספציפיים ל-E. coli הנושאים את גן הלוציפראז.הדגירה כדי לאפשר זיהום פאג', שבו ה-DNA של הפאג' משכפל, מפרק את DNA...

מקור: Makowski, Ł., ואחרים. הדמיה של תאים חיים של טורף חיידקי Bdellovibrio bacteriovorus באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנציה בזמן-לפס. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים הדמיית פלואורסצנציה בזמן אמת של חיידק בדלוביבריו הטורף E. coli מקובע מתחת לכרית אגרוז, ומאפשר הדמיה בזמן אמת של שכפול תוך-תאי ושחרור צאצאים לצורך חקר טורף חיידקים ואינטראקציות בין מאכסן-פתוגנים.

מקור: טיי, ס. ב., et.al. הפרעה אנטי-וירולנטית של ביופילמים פתוגניים באמצעות לקטונאזות מהונדסות לכיבוי קוורום. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים את תהליך עיכוב היווצרות ביופילם על ידי הכנסת אנזים שמפריע לאיתות תאי חיידקים. האנזים מונע מהחיידקים לייצר חומרים פולימריים חוץ-תאיים, ובכך מפחית את התפתחות הביופילם על מיקרודיסה עם תחתית זכוכית. לבסוף, מבנה הביופילם מוצג באמצעות לקטין פלואורסצנטי ומיקרוסקופ סורקת לייזר קונפוקלי.

מקור: קולינס, א. ג'. ואחרים, הקמת תרביות בינאריות יציבות של סקאריבקטריה סימביוטית מחלל הפה. J. Vis. Exp. (2021)הסרטון הזה מדגים את השימוש בתגובת שרשרת פולימראז (PCR) לזיהוי סכריבקטריה בתרבית בינארית עם Actinomyces. הפרוטוקול מפרט הגברת DNA ואלקטרופורזה ג'ל לאישור אינטראקציה יציבה בין מארח לטפיל.

מקור: Matthysse, A. G. היצמדות חיידקים למשטחי צמחים שנמדדה במעבדה. J. Vis. Exp. (2018).הסרטון הזה מדגים את הערכת ההיצמדות החיידקית לשורשי הצמח באמצעות מיקרוסקופ פאזה-ניגודיות. דגימות שורשים משתילים שדגרו עם חיידקים מורכבות תחילה כדי לבדוק אם יש חיידקים חופשיים. הדגימות נשטפות להסרת חיידקים שמחוברים ברפיון ומותקנות מחדש באמצעות כיסוי מתאים למניעת נזק. לבסוף, מספר החיידקים המחוברים לשערות השורש נספר תחת מיקרוסקופ.

מקור: Matthysse, A. G. היצמדות חיידקים למשטחי צמחים שנמדדה במעבדה. J. Vis. Exp., (2018)סרטון זה מדגים פרוטוקול למדידת התיישבות שורשים של שתילי עגבניות על ידי חיידקים פתוגניים מסוג בר וחסרי תאית. ספירות חיוניות של חיידקים הדביקים היטב מראות הידבקות גבוהה יותר ויצירת מיקרוקולוניות על ידי הזן הפראי, מה שמדגיש את תפקיד התאית ביציבות התיישבות שורשים.

מקור: בראון, א. או., ואוריואלה, ס. ג'. הדגשה של סטרפטוקוקוס ריאות בתוך מיקרו-נגעים לביים ושיפוץ לב לאחר מכן. J. Vis. Exp. (2015)הסרטון מדגים צביעת חיסון של חתכי רקמת הלב של העכברים הקבועים כימית כדי להמחיש חיידקים פתוגניים הממוקמים בתוך מיקרו-נגעים שנגרמו מזיהום. התהליך כולל שטיפת רקמות, חדירות ממברנה, חסימת אתרים לא ספציפיים, סימון נוגדנים, צביעת נגד גרעינית ומיקרוסקופיה קונפוקלית לזיהוי ואיתור אשכולות חיידקים.

מקור: Specker, J. T. ואחרים. חקירת שיתוף פעולה מיקרוביאלי באמצעות ניתוח ספקטרומטריית מסה של מושבות חיידקים שגדלו על אגר וברקמות במהלך זיהום. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים את השימוש בספקטרומטריית מסה בלייזר בסיוע מטריצה (MALDI) כדי להמחיש את התפלגות חומצות האמינו ברקמות המעי של עכברים שנדבקו ב-Clostridioides difficile, לבד או בשילוב עם Enterococcus faecalis. ההליך כולל הכנת רקמות, יישום מטריצה, יינון לייזר וזיהוי יוני חומצות אמינו ליצירת תמונות יונים מרחביות. התוצאות חושפות שיתוף פעולה...

מקור: Bucher, T., ואחרים, מתודולוגיות לחקר Biofilms של B. subtilis כמודל לאפיון מעכבי ביופילם של מולקולות קטנות. J. Vis. Exp.(2016)הסרטון הזה מדגים את הכנת מושבות ביופילם חיידקיות בוגרות להדמיה ברזולוציה גבוהה. הוא עוסק בשלבי קיבוע, ייבוש, התקנה וציפוי מתכת לשימור והדגשת מורפולוגיית ביופילם.

מקור: בודואן, ט. ואחרים. המחשת השפעות הליחה על התפתחות ביופילם באמצעות מודל זכוכית כיסוי עם תאים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים שיטה במבחנה כדי להעריך כיצד ליחת סיסטיק פיברוזיס שמקורה במטופל משפיעה על יצירת ביופילם חיידקים. באמצעות שקופיות תא, צביעה פלואורסצנטית ומיקרוסקופיה קונפוקלית, הוא חושף עובי מוגבר, ארכיטקטורה משתנה וביומסה בוגרת ערך גבוהה יותר בביופילמים שגודלו בליחה, ומדגיש את תפקיד רכיבי המארח בעיצוב התפתחות הביופילם.

קחו צינורות עם מדיום המכיל קומפוזיט ננו-חלקיקים, מהונדס משילוב של מתכות מעבר ופחמן.הכנס חיידקים פתוגניים עמידים לאנטיביוטיקה גרם-חיוביים וגרם-שליליים לצינורות נפרדים כדגימות בדיקה.כלול חיידקים לא מטופלים כאמצעי בקרה שלילי וחיידקים שטופלו באנטיביוטיקה כבקרה חיובית.דגור את הדגימות בניעור.בחיידקים גרם-שליליים, הממברנה החיצונית הנקבובית ושכבת הפפטידוגליקני הדקה מקלות על כניסת ננו-חלקיקים, מה שמוביל להפרעה בממברנה.הננו-חלקיקים מפעילים יצירת מיני חמצן תגובתיים, הפוגעים ב-DNA, חלבונים וממברנות, מה...

מקור: ברטון, ב. פ. ואחרים, הדמיה תלת-ממדית של תאי חיידק לייצוגים תאיים מדויקים ומיקום חלבונים מדויק. J. Vis. Exp. (2019)הסרטון הזה מדגים את השיטה לרכישת וניתוח תמונות פלואורסצנציה תלת-ממדיות של תאי חיידק כדי לחקור ארגון חלבונים ברמת התא היחיד.

מקור: לה, ט. א. נ., ואחרים, מדידת השפעות חיידקים וכימיקלים על חדירות המעיים של Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים בדיקה מבוססת פלואורסצנציה לכמת חדירות המעי ב-C. elegans שנחשפו ל-Pseudomonas aeruginosa. בהשוואה לביקורת שקיבלו Escherichia coli, תולעים שטופלו בפתוגן מראות דליפת פלואורופור מוגברת לחלל הגוף, מה שמעיד על נזק למחסום האפיתליאלי.

מקור: O'Brien, V.P. ואחרים. זיהום בדרכי השתן החוזר של אשריכיה קולי שנגרם מחשיפה לשלפוחית השתן בגרדנרלה וגינליס בעכברים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את הכנת חיסון גרדנרלה וגינליס ליצירת מודל עכבר לזיהום חוזר בדרכי השתן.

מקור: לנהרד, א. ואחרים. מודל עכבר למעבר של Streptococcus pneumoniae ממתיישב לפתוגן בעקבות זיהום נגיפי משחזר מחלה שהוחמרה על ידי הגיל. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים מודל זיהום משותף לעכברים, שבו נגיף השפעת מפעיל את המעבר של Streptococcus pneumoniae ממתיישב לפתוגן. הוא מפרט את השלבים המעורבים בהתיישבות חיידקית, זיהום ויראלי והתקדמות מחלה.

מקור: לנהרד, א., ואחרים. מודל עכבר למעבר של Streptococcus pneumoniae ממתיישב לפתוגן בעקבות זיהום נגיפי משחזר מחלה שהוחמרה על ידי הגיל. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים את עיבוד הריאות של עכבר שנדבק יחד בחיידק פתוגני ובווירוס. טחון, הומוגניזציה וציפוי רקמת הריאה מאפשרים כימות של עומס חיידקים, מה שמעיד על התפשטות חיידקים לריאות וחומרת המחלה.

מקור: Cross, T., ואחרים, טכניקת העשרה אופטימלית לבידוד מיני חיידקי ארתרובקטר מבודדי דגימות קרקע. J. Vis. Exp.(2015)הסרטון הזה מדגים את הכנת תרבית חיידקים לייצור חיידקים. הוא עוסק בשלבים של חיסון חיידק קרקע לתוך בקבוק מכוסה, קידום צמיחה אחידה באמצעות אוורור וניעור, ומעקב אחר צפיפות התאים באמצעות מדידות צפיפות אופטית. כאשר התרבית מגיעה לשלב הצמיחה האופטימלי, היא מוכנה לייצור בקטריופאג' יעיל.

מקור: קונובר, מ. ס. ואח', הקמה ואפיון של דלקות בדרכי השתן ו-CAUTI במודל עכבר. J. Vis. Exp. (2015)סרטון זה מדגים את גילוי קהילות חיידקיות תוך-תאיות (IBCs) ברקמת שלפוחית השתן של העכבר הנגועה ב-Escherichia coli המבטא β-גלקטוזידאז. לאחר קיבוע רקמות, פרמיאביליזציה וצביעה ב-X-gal, תאי IBC מופיעים כפונקטה כחולה תחת מיקרוסקופ ניתוח, מה שמאשר פלישה חיידקית במהלך זיהום בדרכי השתן.

מקור: וואנג, י. ואחרים. In Vivo חקירת טיפול באור כחול אנטימיקרוביאלי לזיהומי כוויות עמידים לרב-תרופות Acinetobacter baumannii באמצעות הדמיית ביולומינצנציה. J. Vis. Exp. (2017)הווידאו הזה מדגים כיצד לבסס זיהום כוויות בדגם עכבר על ידי מריחת בלוק פליז מחומם ואחריו אינקולום חיידקי פתוגני. החיידקים מתיישבים במטריצה החוץ-תאית החשופה ויוצרים ביופילם, המאפשר מחקרים ב-vivo של אינטראקציות בין המארח לפתוגן.

מקור: וואנג, י. ואחרים. In Vivo חקירת טיפול באור כחול אנטימיקרוביאלי לזיהומי כוויות עמידים לרב-תרופות Acinetobacter baumannii באמצעות הדמיית ביולומינצנציה. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את ההליך להדמיית זיהומים מפצעי כוויה בעכברים שחוסנו ב-Acinetobacter baumannii הנושא אופרון ביולומינצנטי. המחקר מדגים כיצד חמצון תת-קרקע מוקץ בלוציפראז מייצר אור פרופורציונלי לעומס חיידקים, ומאפשר ניטור בזמן אמת של התקדמות הזיהום באמצעות מערכת הדמיה ביולומינצנטית.

מקור: ברברו, א. מ., et.al. בדיקות פלואורסצנציה למחקר האינטראקציה בין מיקובקטריום טוברקולוזיס לבין קולטני החיסון SLAMF1. J. Vis. Exp. ( (2025)הסרטון הזה מדגים בדיקה מבוססת פלואורסצנציה לחקר האינטראקציה בין קולטן מקרופאגים לאנטיגנים של מיקובקטריום טוברקולוזיס . אנטיגנים מסומנים פלואורסצנטית על כיסוי נעים עם תמציות חלבון מקרופאג', מקושרים בהצטלבות, מסומנים בנוגדנים, ומוצגים באמצעות אותות פלואורסצנציה חופפים.

מקור: לי, ג'. ואחרים. פיתוח מודל זיהום דג זברה זחל עבור Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020).הסרטון הזה מדגים את הליך המיקרוגבאז', שבו זחל דג זברה מורדם משותק באגרוז ומוזרק דרך הפה לחיידק פתוגני באמצעות מחט מונחית על ידי טרייסר. המשלוח הלא פולשני מדמה זיהום טבעי, ומאפשר ניתוח של שכפול חיידקים, שחרור רעלים ונזק אפיתל במעי.

מקור: רופיאן, י. ס., et.al. ניתוח תא יחיד של ביטוי גני Pseudomonas syringae ברקמת הצמח. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים שיטת חדירה בוואקום להכנסת פתוגן חיידקי לעלי הצמח של ארבידופסיס . הגישה עושה שימוש במתלה חיידקי מוכן ובפולסים של ואקום כדי לאפשר כניסה אחידה דרך סטומטה, מה שמוביל לזיהום עלים מבוקר.

מקור: קזנובה, א., ואחרים. בדיקות מבוססות מיקרוסקופיה לסינון מהיר של גורמי מארח המעורבים בזיהום ברוסלה בתאי הלה. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים הדמיה בתפוקה גבוהה של זיהום Brucella abortus בתאי אפיתל עם הפלת STING מתווכת siRNA, כדי לחקור את תפקיד חישת DNA ציטוזולי בשכפול חיידקים תוך-תאיים ובתגובה החיסונית המולדת של המארח.

מקור: מיקל גואנוק, ס., ואחרים. שיטה חדשה לניתוח איכותי רב-קנה מידה של ביופילמים חיידקיים על מושבות פטריות סיביות באמצעות מיקרוסקופיה קונפוקלית ואלקטרונית. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את הכנת תרבית פטרייה על ממברנות צלופן מטופלות לתמיכה ביצירת מושבות וצמיחה רדיאלית. לאחר מכן הוא מציג את גידול והכנת תאי חיידק בקרקע לצורך בדיקות אינטראקציה. לבסוף, הוא ממחיש כיצד תאי חיידק נדבקים למושבה הפטרייתית ויוצרים ביופילם, מה שמאפשר חקר אינטראקציות בין חיידקים לפטרייה.

מקור: האריס, ס. ל. ואחרים. ניטור קולוניזציה ותחזוקה של חיידקים בשורשי Arabidopsis thaliana במערכת הידרופונית צפה. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים פרוטוקול למעקב אחר התיישבות חיידקים הקשורים לשורשים על שתילי Arabidopsis thaliana שגדלו במערכת ללא קרקע. לאחר הקולוניזציה, החיידקים מופרקים באמצעות סוניקציה, מדוללים, מצופים ומודגרים ליצירת מושבות המשקפות את ההתקשרות והחיוניות של חיידקים.

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Source: Jackson, L., et al. Visualization of Pseudomonas aeruginosa within the Sputum of Cystic Fibrosis Patients. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in situ visualization of Pseudomonas aeruginosa within chemically cleared cystic fibrosis sputum using fluorescent labeling and confocal microscopy to reveal bacterial localization and biofilm structure.

Source: Hunt, A. M. A., et al. Come to the Light Side: In Vivo Monitoring of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Infections in Chronic Wounds in a Diabetic Hairless Murine Model. J. Vis. Exp.(2017).This video demonstrates the procedure for assessing infection clearance and healing progression in a wounded diabetic mouse using bioluminescent and microscopic images.

Source: Liu, X., et al. Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method to assess the bacterial load in Arabidopsis thaliana leaves infected with Pseudomonas syringae. Leaf discs from infected leaves are homogenized, serially diluted, and plated onto nutrient-rich agar to promote bacterial colony formation. Colony counts are then used to...

Source: Ahn, J. J., et al. Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates bacterial load measurement in spleen and liver tissues isolated from mice infected with an intracellular bacterial pathogen. Bacteria, accumulated within tissue-resident phagocytes during systemic infection, are released using detergent-based lysis and mechanical disruption. Serial dilutions of the homogenates are plated on...

מקור: סיווה-ג'ותי, ג'. א. ואחרים. זיהום חיידקי דרך הפה ונשירה ב-Drosophila melanogaster. J. vis. exp. (2018)הסרטון מדגים את ההדבקה בפה של Drosophila melanogaster בחיידקים פתוגניים. הוא כולל הכנת בקבוקי זיהום והעברת זבובים רעבים כדי לאפשר בליעת חיידקים. ההליך מתעד קולוניזציה במעי, ואחריה עיקור פני השטח והומוגניזציה של זבובים. לבסוף, הוא מראה כימות של עומס חיידקים פנימי באמצעות דילול סדרתי וספירת מושבות.

מקור: מולר, א., ואחרים. מודל ניסויי לחקר זיהום משותף בין שחפת למלריה לאחר העברה טבעית של מיקובקטריום טוברקולוזיס ופלסמודיום ברגהי. J. Vis. Exp. (2014)הסרטון הזה מדגים את העברת האירוסולים של מיקובקטריום טוברקולוזיס (Mtb) לעכברים באמצעות מערכת תא מבוססת נבולייזר לגרימת זיהום ריאתי, ומספק מודל מבוקר וניתן לשחזור לחקר העברת שחפת באוויר ואינטראקציות בין מארח-פתוגן בגוף.

מקור: דה פריס, ס. ר., et.al. מודל חיסון מאוחר של זיהום פצע כרוני של פסאודומונס aeruginosa . J. Vis. Exp. (2020)הווידאו הזה מדגים את ההעברה המאוחרת של Pseudomonas aeruginosa זוהרת לעכבר הנושא שני פצעים עוריים בעובי מלא המכוסים בתחבושת שקופה. דבר זה מסייע ביצירת ביופילם ובהקמת זיהום כרוני. ניטור ביולומינסנציה סדיר מאפשר לכמת את נטל החיידקים ומעקב אחר התקדמות הזיהום לאורך זמן.

מקור: ליו, X. ואחרים. בדיקת האכלה חיידקית דרך הפה עם יתושים שטופלו באנטיביוטיקה. J. Vis. Exp. (2020)הסרטון הזה מדגים את הפחתה של מיקרוביום המעי הטבעי ביתושים באמצעות תמיסת סוכרוז המכילה אנטיביוטיקה. לאחר מכן מתבצעת התיישבות מבוקרת עם השעיה חיידקית המועברת דרך מערכת הזנה ממברנלית ליצירת אוכלוסיית חיידקים מוגדרת במעי היתושים.

מקור: Seman, B. G. ואחרים. מודל הדמיה של יילודים של ספסיס חיידקי גראם שלילי. J. Vis. Exp. (2020)הסרטון מדגים מודל עכבר יילוד לחקר זיהום מערכתית באמצעות חיידקים ביולומינצנטיים מקופלים. גורים יילודים מוזרקים בתרופות חיידקיות במינון גבוה או נמוך ומוחזרים לאמם לטיפול לאחר הלידה. החיידקים המכוסים בכיסוי נמנעים מזיהוי חיסוני מוקדם, מתפשטים באופן מערכתית, ומוצגים לאורך זמן באמצעות הדמיית זוהר. מודל זה מאפשר מעקב לא פולשני אחר התקדמות הזיהום בעכברים יילודים.

מקור: שי, ג', ואח', סקר וזיהוי מדכאי השתקת RNA מאפקטורים מופרשים של פתוגנים צמחיים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את ההליך להכנת תרבית Agrobacterium tumefaciens על ידי השראת ביטוי גנים של אלימות באמצעות אצטוסירינגון, ולאחר מכן הסרת אנטיביוטיקה באמצעות שטיפה והשעיה מחדש, ליצירת השעיה מוכנה לשינוי להעברת גנים לרקמות הצמח.

מקור: Behera, R.K. ואחרים, שיטה מבוססת פלואורסצנציה לחקר ויסות גנים חיידקיים ברקמות נגועות. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הכנת תרביות המוליטיות של Staphylococcus aureus כדי לתקן את צמיחת החיידקים ולהשיג סינכרון מטבולי למחקרי אינטראקציה בין מארח לפתוגן.

מקור: שי, ג', ואח', סקר וזיהוי מדכאי השתקת RNA מאפקטורים מופרשים של פתוגנים צמחיים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את ההליך להכנת תרבית Agrobacterium tumefaciens על ידי השראת ביטוי גנים של אלימות באמצעות אצטוסירינגון, ולאחר מכן הסרת אנטיביוטיקה באמצעות שטיפה והשעיה מחדש, ליצירת השעיה מוכנה לשינוי להעברת גנים לרקמות הצמח.

מקור: צ'ן, י. ואחרים. הערכת אלימות ופתוגנזה של זיהום Aeromonas במודל Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים בדיקת הישרדות באמצעות C. elegans למידול פתוגנזה של Aeromonas , שבה בליעת חיידק דרך הפה מובילה לזיהום במעי ולמוות, ומאפשרת הערכה כמותית של אלימות חיידקית במערכת מארחת חיה.

נתחיל עם עכברים חסרי חיסון הנושאים גידולי זנוגרפט תת-עוריים שמקורם בתאי סרטן המעי הגס האנושיים.ניתן דרך הפה פדיוקוקוס פנטוסאוס, חיידק חומצה לקטית בטוח לצריכה ומהונדס להפרשת חלבון אנטיסרטני, לעכבר המטופל.תן מלח לעכבר הבקרה.בהיותם עמידים לחומצה, החיידקים שורדים את הסביבה החומצית של הקיבה ומגיעים למעי.שם, הם מתיישבים את לומן המעי ומפרישים את החלבון האנטי-סרטני.החלבון המופרש נספג על ידי תאי אפיתל במעי דרך אנדוציטוזה ומשתחרר למחזור הדם המערכתי.לאחר שהחלבון נכנס למחזור הדם, מגיע לאתר הגידול, נכנס...

התחל עם עכברים הנושאים גידולים מוצקים שהושתלו תת-עורית בירך.הזריק לעכברים דרך וריד הזנב זן מהונדס לא אלימי של סלמונלה טיפימוריום.החיידקים מסתובבים בזרם הדם ומצטברים באופן סלקטיבי בסביבת גידול היפוקסית ומדוכאת מערכת החיסון.הם נושאים פלסמיד המקודד פפטיד מיזוג טיפולי המורכב מפפטיד חודר תאים ותחום היעד המיטוכונדריאלי של חלבון פרו-אפופטוטי, יחד עם חלבוני ליזה שמקורם בפאג'ים.גנים אלו מווסתים על ידי פרומטורים המושרים על ידי L-ערבינוז.ניתן לתת L-ערבינוז תוך-פריטונית כדי לעודד ביטוי גנים חיידקיים וייצור...

מקור: צ'ן, י. ואחרים. הערכת אלימות ופתוגנזה של זיהום Aeromonas במודל Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2018).הסרטון הזה מדגים את מבחן רעילות נוזלית של C. elegans עם Aeromonas, שיטה המשמשת להערכת אלימות חיידקית על ידי מדידת הישרדות תולעים בסביבה נוזלית מוגבלת חומרים מזינים. הבדיקה חושפת פתוגניות ייחודית לזן בהתבסס על היקף הנזק והתמותה שנגרמו על ידי רעלים ב-C. elegans.

מקור: נג, ד. ואחרים. כימות קולוניזציה ושלשול של ויבריו כולרה במודל דגי זברה בוגרים. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים פרוטוקול לכימות העומס החיידקי במעיים בדגי זברה בוגרים שנדבקו בזן עמיד לאנטיביוטיקה של Vibrio cholerae. לאחר המתת חסד ונתיחה, מערכת העיכול מבודדת, מתאחדת עם חרוזי זכוכית, ומעובדת לשחרור החיידקים. ההומוגנט המתקבל מצופה על מדיום סלקטיבי, ומושבות בצבע כחול המבטאות β-גלקטוזידאז נספרות כדי להעריך את נטל החיידקים.

מקור: נאג, ד., et.al. כימות קולוניזציה ושלשול של ויבריו כולרה במודל דגי זברה בוגרים. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים את החיסון של דגי זברה בוגרים בזן פתוגני Vibrio cholerae כדי לחקור קולוניזציה במעי ותוצאות מחלות. הוא מראה כיצד רעלים חיידקיים מפריעים לשלמות המעי, מה שמוביל לדליפת נוזלים, הפרשת ריר ושלשול מימי לפני שהדגים מוכנים לניתוח נוסף.

מקור: פטרס, ק. א., דוראן, ק. ס. מודל עכבר של קולוניזציה נרתיקית של סטרפטוקוקוס בקבוצה B. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים את ההכנה והחיסון הנרתיק של עכבר נקבה שטופלה הורמונלית עם סטרפטוקוקוס מקבוצה B כדי למודל זיהום. הוא מסביר כיצד לגדל ולהכין את החיידק, להזריק את החיסון ללומן הנרתיק, ולהבטיח זיהום מוצלח.

מקור: פטרס, ק. א. ודוראן, ק. ס. מודל עכבר של קולוניזציה נרתיקית של סטרפטוקוקוס בקבוצה B. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים את הכימות של עומס סטרפטוקוקוס (GBS) בקבוצה B בנרתיק במודל עכבר באמצעות דגימה ותרבות כרומוגנית. הוא מפרט את השלבים באיסוף דגימות, ציפוי וספירת מושבות כדי לכמת את עומס GBS בלומן הנרתיק של העכבר.

מקור: קונובר, מ. ס. ואחרים, ג'. הקמה ואפיון של דלקות בדרכי השתן ו-CAUTI במודל עכבר. J. Vis. Exp. (2015)סרטון זה מדגים את ההליך להרכבה והשתלת קטטר טרנס-שופכה בעכבר, ולאחר מכן חיסון חיידקי כדי לקבוע זיהום בדרכי השתן הקשור לקטטר ולחקור אינטראקציות בין מארח לפתוגן המתווכת על ידי ביופילם.

מקור: פלורס, א. ואחרים. שימוש בפרוטוזואן Paramecium caudatum ככלי לזיהומים המועברים במזון בזחלי דגי זברה. J. Vis. Exp. (2019).הסרטון הזה מדגים את השיטה לקביעת מודל זיהום חיידקי במעי המועבר במזון לזחלי דגי זברה על ידי האכלה בפרמסיה הנגועה ב-E. coli פלואורסצנטי.

מקור: וואנג, י. ואחרים. חקירה חי של טיפול באור כחול אנטימיקרוביאלי לזיהומי כוויות עמידים לרב-תרופות Acinetobacter baumannii באמצעות הדמיית ביולומינסצנציה. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את ההליך לטיפול בזיהומים בפצעי כוויות הנגרמים על ידי חיידקים עמידים לתרופות ביולומינצנטיים בעכברים, באמצעות טיפול באור כחול, ולאחר מכן הדמיית ביולומינסנציה למעקב אחר יעילות הטיפול.

מקור: דיטקובסקי, ב. ואחרים. מודל Invitro של מערכת פרפוזיה מקבילה לחקר היצמדות חיידקית לרקמות השתלות. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את השיטה לשימוש בתא זרימה מקביל לפרפיוז חיידקים מסומנים פלואורסצנטי מעל רקמות השתל הוסקולרי, ומאפשר ניתוח מבוקר של הידבקות חיידקית ופתוגנזה מוקדמת בתנאי זרימה גזירה.

מקור: בירנינק, ב. מ. ואחרים. הזרקה ישירה של שתילי תירס באמצעות הזרקה של וירוס הפסיפס של זנב שועל רקומביננטי ושיבוטים זיהומים של וירוס פסיפס קנה הסוכר. J. Vis. Exp. (2021)הסרטון הזה מדגים את העברת שיבוטים ויראליים רקומביננטיים בתיווך אגרובקטריה לשתילי תירס לצורך השתקת גנים. הוא מתאר את תהליך זיהום האגרובקטרים , התפשטות וירוסית מערכתית ושינויים פנוטיפיים המונעים מהפרעות RNA.

מקור: גופטה, ק. ואחרים. הזרקה תוך-כלייתית של אשריכיה קולי במודל חולדה של דלקת פיאלונפריטיס. J. Vis. Exp. (2017).הסרטון הזה מדגים את ההזרקה התוך-כלייתית של E. coli לאגן הכלייתי של עכברוש מונשם, כדי לגרום לזיהום כליה מקומי, בדומה לפילונפריטיס חריפה. הוא מדגיש שלבים כירורגיים מרכזיים וטכניקות אספטיות הנדרשות להקמת מודל זיהום ב-vivo שניתן לשחזור לניתוח במסגרת הדרך.

מקור: בהרה, ר. ק. ואחרים. שיטה מבוססת פלואורסצנציה לחקר ויסות גנים של חיידקים ברקמות נגועות. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים שיטה להכנת רקמת כליה נגועה בעכברים, צביעת DNA וזיהוי ביטוי גנים של חיידקים באמצעות דיווחים פלואורסצנטיים כפולים. אדום מסמן את כל החיידקים, והירוק מדגיש תאים המגיבים לזיהום.

מקור: ברזוזובסקי, ר. ס. ואחרים. מיקרוסקופיית פלואורסצנציה של תאים חיים לחקר מיקום חלבונים תת-תאיים ושינויים במורפולוגיה של תאים בחיידקים. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים מיקרוסקופיה פלואורסצנציונית של תאים חיים כדי להמחיש שינויים מורפולוגיים בזמן אמת בחיידקים. הוא מפרט את השלבים הכרוכים בהדמיה, רכישת טיימ-לאפס ודקונבולוציה לקבלת תמונות ברזולוציה גבוהה בזמן אמת.

מקור: McMullen, P. D., Freitag, N. E. הערכת פלישה חיידקית לתאי לב בתרבות וקולוניזציה של לב בעכברים נגועים באמצעות Listeria monocytogenes. J. Vis. Exp. (2015)הסרטון הזה מדגים את הזרקת ליסטריה מונוציטוגנס לווריד הזנב של עכבר כדי להוביל זיהום מערכתית. הוא מציג זרימת דם חיידקית, קולוניזציה של איברים, וכימות עומס חיידקים בלב על ידי הומוגניזציה של רקמות, ביצוע דילול סדרתי וציפוי.

מקור: ז'אן, י. ואחרים. הלבנת הפוטוקול מאפשרת הדמיה ברזולוציה על-גבוהה של טבעת ftsZ בציאנובקטריה פרוכלורוקוקוס. J. Vis. Exp. (2018).סרטון זה מדגים את ההליך של הלבנת פיגמנטים בתאי ציאנובקטריאליים באמצעות אור קסנון בתנאים קרים לשיפור הדמיית פלואורסצנציה של חלבונים מווסתים את הצמיחה.

מקור: ז'אנג, מ. ואח', בדיקת רגישות אנטימיקרוביאלית מהירה באמצעות הדמיית פיזור ראמן מגורה של שילוב דויטריום בחיידק יחיד. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים את השימוש במיקרוסקופ פיזור רמאן המגרה להערכת רגישות לאנטיביוטיקה על ידי מעקב אחר פעילות מטבולית מסומנת בדויטריום. על ידי ניטור אותות פחמן-דויטריום, השיטה מאפשרת זיהוי מהיר של אוכלוסיות חיידקים עמידות ורגישות.

מקור: הירויאסו, א., ד ' ואחרים, חילוץ המוציטים מזחלי דרוזופילה מלנגסטר לזיהום מיקרוביאלי וניתוח. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים את התהליך ליצירת זיהום חיידקי בזחלי דרוזופילה על ידי הכנסתם לטיפה חיידקית ודקירתם עם מחט טונגסטן. הזחלים מודגרים לאחר מכן על צלחת אגר מחורצת ועשירה בחומרים מזינים כדי לחקור אינטראקציות בין מארח לפתוגנים.

מקור: הירויאסו, א., ואחרים. חילוץ המוציטים מזחלי דרוזופילה מלנגסטר לצורך זיהום וניתוח מיקרוביאלי. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים הדמיה קונפוקלית ברזולוציה גבוהה של המוציטים Drosophila melanogaster שנדבקו ב-Coxiella burnetii כדי להמחיש את מיקום הפתוגן בתלת-ממד, ומאפשר ניתוח מפורט של דינמיקת זיהום תוך-תאית ואינטראקציות בין מארח לפתוגן.

מקור: רופיאן, י. ס. ואחרים. ניתוח תא יחיד של ביטוי גני Pseudomonas syringae ברקמת הצמח. J. Vis. Exp. (2022).סרטון זה מדגים שיטה לניתוח ביטוי גנים בחיידקים פתוגניים שמופקים מצמחים ברמת תא יחיד באמצעות פקטור שעתוק פלואורסצנטי. הדמיה קונפוקלית חושפת הטרוגניות בביטוי גנים של אלימות, ומדגיש גיוון פונקציונלי בתוך אוכלוסיית חיידקים משובטים.

Source: Montefusco-Pereira, C. V. et al. P. aeruginosa Infected 3D Co-Culture of Bronchial Epithelial Cells and Macrophages at Air-Liquid Interface for Preclinical Evaluation of Anti-Infectives. J. Vis. Exp.(2020)This video demonstrates a co-culture model of bronchial epithelial cells and macrophage-like cells at the air-liquid interface to study host-pathogen interactions. Pathogenic bacterial infection compromises epithelial membrane integrity, triggering macrophage-like cell activation and...

Source: Nguyen, J. Q., et. al. Intratracheal Inoculation of Fischer 344 Rats with Francisella tularensis. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the procedure of intratracheal inoculation in an anesthetized rat, involving catheter placement, bacterial delivery into the trachea, and subsequent lung infection establishment for studying host-pathogen interactions.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates an in vivo method for analyzing shear-dependent bacterial adhesion in a live mouse model. Following surgical preparation and catheterization, the mesenteric vasculature is exposed for real-time imaging under a fluorescence microscope. Perfusion with an ionophore and fluorescently labeled bacteria reveals how shear stress triggers...

Source: Poore, K., et al. Epithelial Cell Infection Analyses with Shigella. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates an in vitro assay to assess Shigella invasion and intracellular replication in human colonic epithelial monolayers. It highlights steps for infection, antibiotic selection, host cell lysis, and recovery of intracellular bacteria for downstream analysis.

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

מקור: מורגן, א. ואחרים. ניקוי סלקטיבי של נמטודות Caenorhabditis בטבע להעשרת חיידקי מיקרוביום במעי. J. Vis. Exp. (2021)הסרטון הזה מדגים פרוטוקול לבידוד חיידקי מעיים מעניינים מתולעי Caenorhabditis פראיות. התולעים מורעבות ושוטפות תחילה כדי לחסל חיידקים שאריות מזינים מפני השטח ומהמעי שלהן, תוך שמירה על המיקרובים המטרה. לאחר ניקוי פני השטח ומספר שלבים בזחילה, התולעים מנותחות כדי להוציא מעיים המכילים את החיידקים הרלוונטיים, אשר נאספים ומוקפאים לאחסון.

מקור: פטרסן, ק. ואחרים, בידוד ואפיון המיקרוביום הטבעי של הנמטודה המודל Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את הבידוד והטיפוח של מיני חיידקים הקשורים ל-Caenorhabditis elegans. פירוק מבוסס חרוזים של C. elegans, ואחריו גידול סלקטיבי, מאפשר בידוד של זנים מיקרוביאליים מגוונים לניתוח נוסף.

מקור: ליו, X. ואחרים. בדיקת האכלה חיידקית דרך הפה עם יתושים שטופלו באנטיביוטיקה. J. Vis. Exp. (2020)הסרטון הזה מדגים את ניתוח המעי האמצעי של היתושים כדי לבודד חיידקי מעיים. המעי האמצעי מופק ממערכת העיכול, עובר הומוגני לשחרור החיידקים, ומוצף על אגר נוטריינט לתרבית מושבות חיידקים.

קחו עכבר ביקורת עם מיקרוביום מעי תקין ועכבר ניסיוני עם מיקרוביום מעי מדולל. הדלדול פוגע בשלמות מחסום המעי.זה מאפשר לחיידקים לעבור דרך כלי הדם אל רקמת הכבד.הזרקו לשני העכברים את וירוס הפטיטיס B או פלסמיד HBV כדי לגרום לזיהום HBV ברקמת הכבד.בעכבר הביקורת, תא ה-T מזהה תא כבד נגוע דרך האינטראקציה בין הקולטנים שלו לאנטיגנים ויראליים, ומייצר ציטוטוקסינים שמעוררים מוות תאי.בעכבר הניסיוני, חיידקים שהועברו מהמעי משחררים מטבוליטים שמקשרים עם תא ה-T.אינטראקציה זו מדכאת את הפעלת תאי T, מה שמונע מהם לנקות...

התחל עם תרבית חיידקים ביוסנסורית המרחפת בתווך.חיידקים מהונדסים אלו מייצרים פקטור שעתוק, אשר כאשר הוא נקשר למטבוליט צואה מסוים, מפעיל פרומוטר המקושר לגן דיווח פלואורסצנטי.לתרבות זו, הוסיפו דגימת צואה מסוננת של אדם המכילה מטבוליטים, כמו לקטט, המעורבים באינטראקציות בין מארח למיקרוביום.מדלל תערובת זו עם מדיום טרי כדי לשמור על נפח תגובה אופטימלי.לדוגר בלי לרעוד כדי לחקות את סביבת המעיים האנושית.מטבוליטי הצואה מתפשטים לתא החיידקי ונקשרים לפקטור השעתוק.קומפלקס זה נקשר למקדם ומוביל לביטוי גנים של...

התחילו במודל עכברוש עם תפרים הקשורים סביב שיניו הטוחניות העליונות כדי לתמוך בהתיישבות חיידקית.מרחו שוב ושוב את התפרים עם חיידק פתוגני שגורם למחלת חניכיים באמצעות תמיסה דמוית ג'ל.החיידקים מתיישבים בחניכיים סביב התפרים.ההתיישבות גורמת לדלקת ופוגעת ברקמות.החיידקים משחררים רעלים שמתפזרים דרך רקמות פגועות ונכנסים לזרם הדם.רעלים אלה בסירקולציה מגיעים למעי, גורמים לדלקת, משבשים את מחסום האפיתל ומגבירים את חדירות המערכת שלו.הרעלים נכנסים לסביבת המעי והורגים את החיידקים המועילים.דבר זה תורם לצמיחת...

מקור: יאנג, א. ואחרים. בידוד קהילות חיידקיות תוך-תאיות בודדות שנוצרו ממודל עכברי זיהום בדרכי השתן לניתוח תא יחיד במורד הזרם. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הבידוד הידני של תאים אפיתליאליים בודדים המכילים קהילות חיידקים תוך-תאיות משלפוחית השתן הנגועה באמצעות מיקרופיפטינג בפה, ומאפשר ניתוח תאים בודדים במורד הזרם של אוכלוסיות E. coli הקשורות למארח במודלים של זיהום בדרכי השתן.

מקור: צ'ן, י. ואח', הערכת אלימות ופתוגנזה של זיהום אירומונאס במודל Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים בדיקת נמק שריר ב-C. elegans (Caenorhabditis elegans) באמצעות זני Aeromonas פתוגניים. על ידי הזנת תולעים מבטאות חלבון פלואורסצנטי ירוק (GFP) על צלחות עם זרעי Aeromonas, הבדיקה מדמה זיהום חיידקי וחושפת נזק לרקמה באמצעות הדמיית פלואורסצנציה. אובדן הדרגתי של מבנה השריר ואות ה-GFP מצביע על תגובה נקרוטית שנגרמה על ידי Aeromonas.

מקור: הו, י. et.al., ניתוח אינטראקציות בין אנדוביוטיקה למיקרוביום המעי האנושי באמצעות מערכות תסיסה במבחנה. J. Vis. Exp. (2019)הסרטון הזה מדגים את ניתוח ייצור חומצות שומן קצרות שרשרת על ידי מיקרוביום המעי האנושי בתגובה לאקסופוליסכרידים. זה מדגיש את הפרדת וכימותי מוצרי התסיסה המיקרוביאליים באמצעות כרומטוגרפיית גז. התוצאות מגלות כי אקסופופוליסכרידים מווסתים את המטבוליטים המיקרוביאליים המשפיעים על דינמיקת הפתוגן של המארח במעי.

מקור: לו, ב. ס. ואחרים. זיהום כרוני בסלמונלה פיברוזיס במעי. J. Vis. Exp. (2019)הסרטון מדגים את כימות העומס החיידקי במודל עכבר של זיהום כרוני בסלמונלה טיפימוריום עמידה לסטרפטומיצין. לאחר המתת חסד וניתוח סטרילי, רקמות ציקלי וטחול נקצרות, הומוגניות עם חרוזי פלדה לשחרור חיידקים, ומדוללות באופן סדרתי. הדילול מצופה על אגר סלקטיבי, ומושבות נראות נספרות להערכת עומס חיידקי לגרם רקמה באתרים מעיים ומערכתיים.

מקור: פיגוארואה, ד. ואחרים. ייצור והמחשה של ספרופלסטים ופרוטופלסטים חיידקיים לאפיון מיקום פפטידים אנטימיקרוביאליים. J. Vis. Exp. (2018).הסרטון הזה מדגים את הכנת ספרופלסטים מחיידקים בצורת מוט ושליליים גרם. חיידקים גדלים בנוכחות אנטיביוטיקה ליצירת סיבים מוארכים. אלה נשטפים בתמיסה היפרטונית ומטופלים באמצעות בופר ליזיס להסרת דופן התא החיצונית. טיפול היפוטוני יוצר ספרופלסטים, שמיוצבים באמצעות תמיסה איזוטונית מקוררת ומאוחסנים בתנאים קרים.

מקור: סיגל, נ., ואחרים. טיהור RNA מ-Listeria monocytogenes תוך-תאית בתאי מקרופאג'. J. Vis. Exp. (2016).הסרטון הזה מדגים את הבידוד של חיידקים פתוגניים פנימיים ממקרופאגים נגועים שמקורם במח עצם (BMDMs). חיידקים מורשים להיצמד לתאי המארח, וחיידקים לא מחוברים נשטפים. לאחר ההפנמה, מוסיפים אנטיביוטיקה לחיסול חיידקים שאינם מופנמים. תאי המארח עוברים ליזה, צנטריפוגה, והסופרנטנט מסונן כדי ללכוד את החיידקים על נייר סינון, שמוקפא במהירות ומאוחסן לשימוש נוסף.

מקור: טמקין, מ. איי. ואחרים. בדיקות קו-קולטורה בתפוקה גבוהה לחקירת אינטראקציות מיקרוביאליות. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים בדיקה חוץ-גופית לחקר אינטראקציות מיקרוביאלית בין Corynebacterium propinquum ל-Staphylococcus בקולטורציה משותפת.

מקור: מדנספצ'ר, ג'. ה. ופסלר, מ. ב. שיטה לא פולשנית וטכנית לא אינטנסיבית לאינדוקציה ופנוטיפ של דלקת ריאות חיידקית ניסיונית בעכברים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים את תהליך כימות העומס החיידקי בטחול של עכבר נגוע כדי להעריך את חומרת ההדבקה. הטחול ההומוגני מדולל ומצופה באופן סדרתי כדי לקבוע את העומס הכולל של החיידקים. הנתונים שהתקבלו מספקים תובנות על אינטראקציות בין מארח לפתוגן בתוך רקמת מערכת הרכבת.

קחו תרביות של תאי אפיתל של שלפוחית השתן האנושית בלוח רב-באר.דגרו את תרבית הביקורת עם Enterobacter cloacae מסוג בר, חיידק פתוגני עם מבנים דמויי פילי, שערות על פני החיידקים.תת-היחידה FimH של הפילי נקשרת לקולטן התא המארח, ומעגנת את חיידקי הסוג הפראי לתא המארח.דגרו את התרבית הניסיונית עם קלואקה מוטנטית Enterobacter חסרה FimH.ללא FimH, החיידקים המוטנטים לא מצליחים להידבק לתאי המארח.לאחר הדגירה, שטפו עם בופר כדי להסיר את החיידקים הלא קשורים.הוסיפו בופר ליזיס ודגרו תחת ערבוב כדי לשבש את תאי המארח...

קחו תלסיסים של זן עמיד לאנטיביוטיקה של חיידק פתוגני.לטפל בתרכובת אנטיביוטית קצרה שמפריעת לממברנה ובשנייה גם בתרכובת קצרה וגם בתרכובת ארוכה יותר, המבלבלת את הממברנה.דגר את שני המתלים עם ערבוב. תרכובות אלו מחקות את מבנה שכבת השומנים הדו-שכבתית, ומאפשרות החדירה ספונטנית לקרומי חיידקים.התרכובת הקצרה משתרעת רק על חלק מעובי הממברנה, מה שיוצר אי-התאמה מבנית. אי-התאמה זו מלחיצה את הממברנה, פוגעת בשלמותה וגורמת למוות תאי.בטיפול המשולב, התרכובת הארוכה יותר נטמעת בשכבה הכפולה ומארגנת מחדש, מה שמקל על...

מקור: בראון, א. או. ואחרים. הדמיה של Streptococcus pneumoniae בתוך מיקרו-נגעים לביים ועיצוב מחדש של הלב לאחר מכן. J. Vis. Exp. (2015).הסרטון הזה מדגים את ההדמיה המיקרוסקופית של נגעים מיקרו-חיידקיים ברקמת לב העכבר. הלב של עכבר שנדבק ב-Streptococcus pneumoniae נקטף, נשטף ומקובע לפני שהוא מעובד לביצוע חתכים קורונליים. קטעים אלו מוצבעים בהמטוקסילין ואאוזין ונבדקים תחת מיקרוסקופ כדי להמחיש חיידקים החיים בתוך המיקרו-נגעים.

מקור: Pava-Ripoll ואחרים. זיהוי פתוגנים חיידקיים המועברים במזון מזבובי לכלוך בודדים. J. Vis. Exp. (2015)הסרטון הזה מדגים שיטה מבוססת PCR שמגבירה DNA חיידקי מטרה מדגימות זבובים מועשרות באמצעות טבליות ייחודיות לפתוגן, ומאפשרת זיהוי פלואורסצנציה בזמן אמת וניתוח עקומת התכה לאישור נוכחות פתוגנים המועברים במזון בחרקים בודדים.

מקור: קלטאיוד ארויו, מ., ואחרים. הערכת הכדאיות של קונסורציום חיידקים סינתטי בממשק המארח-מיקרוב המעי במבחנה. J. Vis. Exp. (2018).סרטון זה מדגים מודל של מארח-מיקרוב במעי במבחנה לחקר חיוניות חיידקים. קו-קולטורה של תאי Caco-2 ו-HT29-MTX מדוגרת עם חיידקים שעברו טיפול מוקדם בתנאי עיכול מדומים. שלמות מחסום האפיתל מוערכת באמצעות התנגדות חשמלית טרנס-אפיתליאלית, וחלקים מהתווך, הריר הממס, הליזאט התא ושאריות התא נאספים לניתוח במורד הזרם.

מקור: צ'ן, ה. ואחרים. זיהוי ספציפי ומדויק של פתוגן ההקרנה של ההדר Candidatus liberibacter spp. באמצעות PCR קונבנציונלי על דגימות רקמת עלי הדר. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את חילוץ ה-DNA הגנומי הכולל מרקמת עלי הדר שנדבקה בחיידק פתוגני. הפרוטוקול מאפשר שחזור DNA אמין לגילוי מבוסס PCR בהמשך של הפתוגן המוגבל בפלום.

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024).This video demonstrates the in vivo interaction between T4 bacteriophage and E. coli in the murine intestine, and the fecal spot plating method to quantify their coexistence by measuring bacterial colonies and phage plaques.

Source: Alshehri, M. et. al., Organotypic Tissue Model Systems for Investigating Host-Pathogen Interactions In Vitro. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates a co-culture model using multi-species oral biofilms and human oral epithelium. It highlights epithelial immune activation and enables the downstream analysis of host-pathogen interaction.