כאן, אנו מציגים פרוטוקול לאיסוף ועיבוד דגימות שקדים, פנוטיפ באמצעות ציטומטריית זרימה ספקטרלית בממדים גבוהים וביצוע אנליזה ללא פיקוח.
מאמר שיטה
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| <חזק>מכונות ומכשירים | |||
| 3 מ"ל מזרק פלסטיק | BD | 309657 | |
| 96 Well U צלחת תחתונה | Thermo Scientific | 163320 | |
| 1.2 מ"ל בקבוקונים קריוגניים | קורנינג | 430487 | |
| מסננת תאים 70 ומיקרו; m ניילון | פלקון | 352350 | |
| צלחת תרבית תאים (60 מ"מ) | VWR | 10062-890 | |
| צנטריפוגה | תרמו מדעית | Sorvall Legend XTR | |
| Benchmark B2000-2 MyBath 2L מדד אמבט מים דיגיטלי | B2000-2 | ||
| מספריים עדינים - Sharp | FST | 14060-11 | |
| מארזי מכשירי פלסטיק | FST | 20830-05 | |
| ציטומטר זרימה ספקטרלית, Aurora | Cytek | 5L 16UV-16V-14B-10YG-8R | |
| מלקחיים דפוס סטנדרטי | FST | 11000-13 | |
| מלקחיים דפוס סטנדרטי | FST | 11000-20 | |
| מנתח כדאיות תאי Blu Vi-cell | בקמן קולטר | C19201 | |
| <חזק>ריאגנטים | |||
| 0.5 מ' EDTA pH 8.0 | ביולוגיה איכותית | 351-027-101 | |
| 2-מרקפטואתנול | Gibco | 21985-023 | |
| מאגר ליזינג ACK | Gibco | A10492-01 | |
| תערובת אנטיביוטית-אנטי-פטרייקוטית (תרחיף פניצילין-סטרפטומיצין-אמפוטריצין B, 100x) | Gibco | 15240-062 | |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 | |
| Cantharidin | Sigma | C7632-25MG | |
| מאגר קיבוע ציטופקס | BD | 554655 | |
| דימתיל סולפוקסיד (DMSO) | Sigma | D8418-250 מ"ל | |
| DNAase I | Roche | 10104159001 | |
| עוברי סרום בקר (FBS) | VWR | 97068-085 | |
| FoxP3/סט חיץ צביעת גורם שעתוק | eBioscience | 00-5523-00 | |
| ג'נטמיצין (50 מ"ג/מ"ל) | Gibco | 15750-060 | |
| Golgiplug | BD | 555029 | |
| GolgiSTOP | BD 554724 | ||
| HEPES (1 מ') | Gibco | 15630-080 | |
| יונומיצין | סיגמא | I0634-1 מ"ג | |
| L-גלוטמין (200 מ"מ) | Gibco | 25030-081 | |
| MEM NEAA (100x) | Gibco | 11140-050 | |
| תמיסת פרפורמלדהיד 16%, דרגת EM (PFA) | מיקרוסקופ אלקטרונים Science | 15710 | לדלל עם PBS |
| PBS, pH 7.4 | Gibco | 10010072 | |
| פניצילין-סטרפטומיצין (10,000 יח'/מ"ל) | Gibco | 15140-122 | |
| Phorbol 12-Myristate 13-אצטט (PMA) | Sigma | P8139-1mg | |
| מיכלי הקפאה מבוקרי קצב | Millipore | Corning CoolCell FTS30 | |
| RPMI (+L-גלוטמין) | Gibco | 11875-085 | |
| נתרן פירובט (100 מ"מ) | Gibco | 11360-070 | |
| חוסם מונוציטים כתמים אמיתיים | BioLegend | 426103 | |
| <חזק>חוצצים | |||
| תרבית בינונית | 10% FBS מומת בחום (VWR), 2 ננומטר גלוטמין, 0.055 מ"מ 2-מרקפטואתנול, 1% פניצילין/ סטרפטומיצין, 1 מ"מ נתרן פירובט, 10 מ"מ HEPES, 1% חומצות אמינו לא חיוניות ב-RPMI (+L-גלוטמין)מאגר | ||
| FACS | 2 מ"מ EDTA ו-2% FBS מומת בחום ב-PBS | ||
| מדיום | 90% FBS מומת חום ו-10% מאגר | ||
| הפשרה | מאגר כביסה + 0.1 מ"ג/מ"ל DNaseI | ||
| מדיום | שקדיםRPMI בתוספת 5% FBS מומת בחום, 10 מ"מ גלוטמין, 0.05 מ"ג/מ"ל גנטמיצין, 1% תערובת אנטיביוטיקה-אנטי-פטריית (פניצילין, סטרפטומיצין ואמפוטריצין B). | ||
| חוצץ | RPMI (+L-גלוטמין) בתוספת 10% FBS מומת בחום ו-10 מ"מ HEPES | ||
| נוגדנים חזקים>נוגדנים וחומרים אחרים עבור פאנל ציטוקינים | |||
| ביוטין אנטי-אנושי CD107a (LAMP-1) נוגדן | BioLegend | 328604 | 2 μ L ב-200 μ L מדיום תרבית מלא לבאר. נוגדן זה נוסף עם תאים במהלך גירוי PMA/יונומיצין. |
| Live Dead staining | 100 μ L לערבב לכל באר | ||
| LIVE DEAD Blue | Thermo | L23105 | 1 : 800, 0.125 μ L ב-100 μ L PBS לבאר. |
| <חזק>בלוק מונוציטים | 50 μ L לערבב לכל באר | ||
| חוסם מונוציטים מאגר | BioLegend | 426103 | 5 μ L חוסם מונוציטים True Stain ו-45 μ L מאגר FACS לכל < |
| בארנוגדנים חזקים>פני השטח עבור פאנל ציטוקינים | |||
| תערובת | μ L/באר | ||
| אנטי אנושי CCR6-BV711 | BioLegend | 353436 | 1 |
| אנטי אנושי CCR7-BV421 | BioLegend | 353208 | 1 |
| אנטי אנושי CXCR3-PE-Cy5 | BD | 551128 | 5 |
| אנטי אנושי CXCR5-BV750 | BD | 747111 | 1 |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 | 10 |
| 18 μ תערובת L לבאר לקולטני כימוקין; הוסף מכוון לתאים עם מאגר | |||
| <חזק>תערובת נוגדנים אחרים על פני השטח | μ L/באר | ||
| אנטי אנושי CD103-BUV661 | BD | 749993 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD14-Spark Blue 550 | BioLegend | 367148 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD19-Spark NIR 685 | BioLegend | 302270 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD25-BB515 | BD | 564467 | 10 |
| אנטי אנושי CD27- סופר בהיר 436 | תרמו | 62-0279-42 | 5 |
| אנטי אנושי CD3-BV510 | BioLegend | 344828 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD38 APC-Fire810 | BioLegend | 303550 | 1 |
| אנטי אנושי CD4 CF YG584 | Cytek | R7-20041 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD45RA-BUV395 | BD | 740315 | 0.6 |
| אנטי אנושי CD56-BUV737 | BD | 612766 | 3.5 |
| אנטי אנושי CD57-FITC | BioLegend | 359604 | 1.2 |
| אנטי אנושי CD69-BUV563 | BD | 748764 | 1 |
| אנטי אנושי CD8-BUV805 | BD | 612889 | 1.2 |
| אנטי אנושי FAS-BB700 | BD | 566542 | 0.6 |
| אנטי אנושי HLA-DR APC-FIRE 750 | BioLegend | 307658 | 2 |
| אנטי אנושי PD1-BV785 | BioLegend | 329929 | 1.2 |
| אנטי-אנושי-CD45-PerCP | תרמו | MHCD4531 | 1.2 |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 | 10 |
| מאגר | 61 | ||
| 112 μ מערבבים L לכל באר עבור נוגדנים אחרים על פני השטח; הוסף ישירות למאגר בלוק המונוציטים (50 μ L) ותערובת קולטני כימוקין (18 μ L, 50+18+112 = 180 μ L בסך הכל לבאר) | |||
| <נוגדנים ציטוקינים חזקים>תוך-תאיים לפאנל ציטוקינים | μ L/באר | ||
| אנטי אנושי Granzyme B-PE | BD | 1 | |
| אנטי אנושי IL10-PE-Dazzle 594 | BioLegend | 506812 | 1 |
| אנטי אנושי IL17A-BV605 | BioLegend | 512326 | 1 |
| אנטי אנושי IL2-BV650 | BioLegend | 500334 3 | |
| אנטי אנושי IL21- Alexa Fluor 647 | BD | 560493 | 10 |
| אנטי אנושי IL4-PerCP Cy5.5 | BD | 561234 | 1 |
| אנטי אנושי פרפורין-APC | BioLegend | 353312 2.5 | |
| אנטי אנושי TNFa-PE-Cy7 | BioLegend | 502930 | 0.1 |
| אנטי-IFN&גמא;-פסיפיק כחול | BioLegend | 502522 | 1 |
| SAv-BUV615 | BD | 613013 0.25 | |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 10 | |
| מאגר חדירות 1x | eBioscience | 00-5523-00 | 19.15 |
| (50 μ L תערובת לבאר) | |||
| <נוגדנים חזקים>נוגדנים ואחרים עבור פאנל גורם שעתוק | |||
| CD40 נוגדן, אנטי אנושי | Miltenyi Biotec | 130-094-133 | 0.5 μ גרם/מ"ל של מדיום תרבית לעבודה ריכוז |
| <חזק>צביעת מת חי | 100 μ L לערבב לכל באר | ||
| LIVE DEAD Blue | Thermo | L23105 | 1 : 800, 0.125 μ L ב-100 μ L PBS לבאר. |
| חוסם מונוציטים מאגר | BioLegend | 426103 | 5 μ L חוסם מונוציטים True Stain ו-45 μ L מאגר FACS לכל |
| נוגדנים <חזקים>פני השטח עבור פאנל גורם שעתוק | |||
| <חזק>קולטני כימוקין ערבוב | μ L/באר | ||
| אנטי אנושי CCR6-BV711 | BioLegend | 353436 | 1 |
| אנטי אנושי CCR7-BV421 | BioLegend | 353208 | 1 |
| אנטי אנושי CXCR5-BV750 | BD | 747111 | 1 |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 | 10 |
| 13 μ תערובת L לכל תערובת | |||
| נוגדנים <חזקה>אחרת על פני השטח | μ L/באר | ||
| אנטי אנושי 4-1BB-PE-CY7 | BioLegend | 309818 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD14-Spark Blue 550 | BioLegend | 367148 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD19-Spark NIR 685 | BioLegend | 302270 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD200-PerCP-eFluor 710 | ThermoFisher | 46-9200-42 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD25-PE-Cy5 | BioLegend | 302608 | 5 |
| אנטי אנושי CD3-BV510 | BioLegend | 344828 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD38-APC-Fire810 | BioLegend | 303550 | 1 |
| אנטי אנושי CD4-Pacific Blue | BioLegend | 317423 | 1 |
| אנטי אנושי CD40L-PE | BD | 557299 15 | |
| אנטי אנושי CD45RA-BUV395 | BD | 740315 | 0.6 |
| אנטי אנושי CD56-BUV737 | BD | 612766 | 3.5 |
| אנטי אנושי CD69-BUV650 | BioLegend | 310934 | 2.5 |
| אנטי אנושי CD8-BUV805 | BD | 612889 | 1.2 |
| אנטי אנושי HLA-DR APC-FIRE 750 | BioLegend | 307658 | 2 |
| אנטי אנושי ICOS-BUV563 | BD | 741421 | 1.2 |
| אנטי אנושי OX40-APC | BioLegend | 350008 | 5 |
| אנטי אנושי PD1-BV785 | BioLegend | 329929 | 1.2 |
| אנטי-אנושי-CD45-PerCP | תרמו | MHCD4531 | 1.2 |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 | 10 |
| מאגר | 54.1 | ||
| 117 μ מערבבים L לכל באר עבור נוגדנים אחרים על פני השטח; הוסף ישירות לבלוק המונוציטים חוצץ (50 μ L) ותערובת קולטני כימוקין (13 μ L, 50+13+117 = 180 μ L בסך הכל לבאר) | |||
| <נוגדנים חזקים>פקטור שעתוק לפאנל גורם שעתוק | μ L/באר | ||
| אנטי אנושי T-bet-BV605 | BioLegend | 644817 | 4 |
| אנטי אנושי Bcl6-PE-CF594 | BD | 562401 | 4 |
| אנטי אנושי FoxP3-Alexa Fluor 488 | BD | 560887 | 1.6 |
| אנטי אנושי GATA3-BB700 | BD | 566642 | 2 |
| אנטי אנושי Ki67-Alexa Fluor 700 | BD | 561277 | 0.4 |
| אנטי אנושי Rorgt-Alexa Fluor 647 | BD | 563620 | 2 |
| מאגר כתמים מבריק פלוס (RUO) | BD | 566385 | |
| 10 1 x מאגר פרמיביליזציה | eBioscience | 00-5523-00 | 16 |
| 40 μ L mix לכל באר | |||
| <חזק>תוכנה וחבילות לניתוח לא מפוקח | |||
| <חזק>תוכנה/חבילה | <חזק>גרסה< | חזק>מקור | |
| 1 | data.table | 1.16.2 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 2 | FlowJO | 10.9.0 | Becton, דיקינסון ושות' |
| 3 | pheatmap | 1.0.12 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 4 | R | 4.3.2 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 5 | readxl | 1.4.3 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 6 | Rstudio | 2023.12.1+402 | Posit PBC |
| 7 | Seurat | 5.1.0 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 8 | SeuratData | 0.2.2.9001 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 9 | SpectroFlo | 3.0 | Cytek |
| 10 | tidyverse | 2.0.0 | רשת ארכיון R המקיפה |
| 11 | viridis | 0.6.5 | רשת ארכיון R המקיפה |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה