2023年12月1日
クライオ電子顕微鏡(クライオ電子顕微鏡)のマルチグリッドスクリーニングは、多くの場合、何時間もの注意を必要とする退屈なプロセスです。このプロトコルでは、このプロセスを自動化するために、標準の Leginon コレクションと Smart Leginon Autoscreen を設定する方法を示します。このプロトコルは、大部分のクライオ電子顕微鏡穴埋めグリッドに適用できます。
サイモンズ電子顕微鏡センターでは、優れた電子顕微鏡サービス、専門知識、トレーニングを国内外の研究者に提供し、ワークフローを最適化する革新的な方法を開発することを目指しています。当社の範囲は、サービス、開発、機械学習、生物医学研究をカバーしています。私たちは、どうすればサービスをよりよく最適化できるのか、その答えを出そうとしています。
機械学習は電子顕微鏡の分野を変えています。データ収集は自動化されつつあります。データ分析ツールは急速に効率化しています。
これには、画像のノイズ除去、粒子ピッキング、3G柔軟性分析、モデル構築が含まれます。私たちは、さまざまなグリッドホール、傾いたコレクション、本番環境でのベータテストソフトウェアで特定されたバグなど、さまざまな状況を考慮してソフトウェアを定期的に更新しています。また、ユーザーからのフィードバックも統合し、ユーザーに役立つ機能を継続的に提供しています。
Smart Leginon は、クライオ TEM 上の 1 つまたは複数のグリッドをスクリーニングするという、労働集約的で時間のかかるタスクに対処します。これにより、オペレーターや研究者はグリッドをより迅速にスクリーニングおよび分析できるようになり、グリッドとサンプルの状態を並行して最適化する時間を確保できます。これにより、顕微鏡の時間とコストも削減されます。
Smart Leginon オートスクリーンは、12 グリッドのスクリーニングを設定するのに約 10 分かかる、完全に無人のマルチグリッドスクリーニングを提供します。手作業によるスクリーニングと比較して、当社のプロトコルは1日あたり数時間の節約になります。Smart Leginonの導入以来、同様の自動化のために他のフリーソフトウェアや商用ソフトウェアが開発されてきました。
本プロトコルでは、Smart Leginon Autoscreenを用いたクライオ電子顕微鏡(cryoEM)のマルチグリッドスクリーニングの自動化について概説します。セットアッププロセスを効率化することで、研究者はグリッドスクリーニングに費やす時間を大幅に短縮でき、サンプル条件のより効率的な分析と最適化が可能になります。
Smart Leginonを用いたクライオ電子顕微鏡(cryoEM)グリッドスクリーニングの自動化は、構造生物学およびバイオ医薬品の探索ワークフローにおける重大なボトルネックを解消します。オペレーターの作業時間を削減し、スループットを向上させることで、この自動化は初期段階の構造ベース創薬およびターゲットバリデーションの効率を高めます。この手法により、複数のグリッドにわたるスケーラブルで再現性のあるスクリーニングが可能となり、創薬パイプラインの重要な局面における堅牢な意思決定を支援します。
Smart Leginon Autoscreenは、初期のサンプル最適化からリード化合物の同定、そして前臨床段階の構造検証に至るまでのディスカバリー・コンティニュアムに統合されます。