2024년 9월 20일
다양한 전처리 단계, 다중 오믹스 요인 분석 모델 추정 및 여러 다운스트림 분석을 결합한 복잡한 다중 오믹스 데이터 세트의 비감독 분석을 위한 유연하고 확장 가능한 Jupyter-lab 기반 워크플로를 제공합니다.
당사의 워크플로우를 통해 다양한 해상도의 복잡한 다중 오믹스 데이터 세트를 쉽게 분석할 수 있습니다. 이 접근 방식은 고유하거나 특정 데이터 유형에 공유되는 변형의 주요 패턴을 추출하고 집계합니다. 그 결과로 생성된 소위 요인은 분자 과정 및 임상 또는 기술 공변량에 연결될 수 있습니다.
우리의 분석은 MOFA 모델을 여러 샘플의 다중 오믹스 및 단일 세포 데이터에 적용한 최초의 분석 중 하나였습니다. 중요한 것은 이 샘플이 심장마비 환자의 임상 코호트에서 채취한 것이라는 점입니다. 이를 통해 결과 및 질병 상태와 관련된 다세포 면역 신호를 식별할 수 있었습니다.
따라서 single-cell 및 multi-omic 데이터 세트의 가용성이 증가하지만 이러한 데이터 세트의 특징은 개별적으로만 분석되는 경우가 많습니다. 이는 일반적으로 생물학적 과정이 여러 특징과 세포 유형 간의 상호 작용의 결과이기 때문에 통찰력을 제한합니다. 당사의 프로토콜을 통해 사용자는 전체 데이터 세트에 대한 통합 분석을 쉽게 수행하고 이러한 다세포 프로그램을 식별할 수 있습니다.
우리는 이 프로토콜을 추가적인 다중 오믹스 데이터 세트에 적용하면 다른 질병이나 상황에 대한 새로운 통찰력을 얻을 수 있다고 생각합니다. 이러한 통찰력은 미래의 바이오마커 또는 치료 연구에 정보를 제공할 것입니다.
본 논문은 복잡한 멀티오믹스 데이터셋의 비지도 분석을 위한 유연하고 확장 가능한 Jupyter-lab 기반 워크플로우를 제시합니다. 이 워크플로우를 통해 분자 과정 및 임상 공변량과 관련된 변이의 주요 패턴을 추출할 수 있습니다.
비지도 다중 오믹스 요인 분석(MOFA)을 발견 단계의 워크플로우에 통합함으로써 바이오 제약 팀은 심혈관 질환의 근저에 있는 복잡한 분자 패턴과 다세포 프로그램을 밝혀낼 수 있습니다. 이러한 접근 방식은 고차원 오믹스 데이터를 질병 관련 프로세스와 연결하여 예측 신뢰도를 높이며, 초기 타겟 검증 및 중개 바이오마커 발견을 지원합니다. 이 워크플로우의 확장성과 적응성은 포트폴리오 전반의 기전적 리스크 감소 및 우선순위 설정을 위한 재사용 가능한 역량으로서 가치를 지닙니다.
이 MOFA 기반 워크플로우는 멀티오믹스 및 임상 데이터의 통합 분석을 가능하게 함으로써 초기 발견, 리드 화합물 식별 및 중개 연구를 연결합니다.