차세대 시퀀싱을 사용한 비소세포폐암의 표적 변화 검출

저의 연구는 암에서 유전적 돌연변이를 발견하여 진단과 치료를 개선합니다. 시작하려면, 샘플 정보를 실험실 정보 관리 시스템에 등록하고 유전자 돌연변이 검사를 위한 사전 동의서를 작성하세요. 일회용 미세절기 블레이드를 사용해 비소세포 폐암에서 절단한 샘플, 정식 및 고정 파라핀 삽입 샘플.

그 후 종양 세포 성분을 평가하기 위해 헤마톡실린과 에오신 염색을 정기적으로 수행합니다. 핵산 추출을 위해 미세토옴을 사용하여 정식 파라핀 내장된 블록을 절단하여 리본을 얻고, 리본을 1.5밀리리터 마이크로 원심분리관에 넣습니다. 튜브를 자동 추출 장비의 지정된 샘플 입력 위치로 옮깁니다.

다음으로, 자동 추출 도구와 자동 추출 키트를 사용하세요. 수동 피펫팅 과정을 자동 자기 구슬 핵산 추출 시스템으로 대체하세요. 그 다음 악기에서 C1102 프로그램을 선택하세요.

샘플 탈왁스 배큐 시간을 16시간으로 설정하고, 엘루시안 부피를 100마이크로리터로 설정하세요. 분광광도측정법을 사용해 DNA 순도를 검증하세요. 그 후 서열 특이적 형광 염료가 포함된 검출 키트를 사용해 DNA 농도를 정밀히 측정하기 위한 형광측정 분석을 수행합니다.

초음파 검사를 이용해 분해된 유전체 DNA를 제조하기 위해, 50마이크로리터의 저삼중-EDTA 버퍼에 200나노그램의 유전체 DNA를 혼합합니다. 샘플 튜브를 섭씨 8도에서 유지되는 미리 냉각된 샘플 선반에 넣습니다. 프로토콜에 따라 기기 매개변수를 설정하고 DNA 단편화를 시작합니다.

자동 도서관 준비를 시작하려면 전원 버튼을 눌러 시스템을 활성화하고 초기화가 완료될 때까지 기다리세요. 프로그램 설정으로 이동해 프로토콜 실행을 선택한 후 프로토콜 BurningRock HS를 선택하세요. 샘플 유형을 고품질 DNA, 입력량 나노그램을 50, 사전 PCR 사이클을 12, 후 PCR 사이클을 12로 설정하세요. 그 다음 실행을 클릭해 진행하세요.

그 후 미리 포장된 시약 카트리지를 기기의 지정된 슬롯에 삽입하면 시약 위치와 상태를 자동으로 검증합니다. 샘플을 로드한 후 시작 버튼을 눌러 자율 실행을 시작하세요. 시스템의 LED 표시등을 관찰하여 진행 상황을 모니터링하세요.

프로그램이 종료되면 확인 버튼을 클릭해 확인하면 시스템이 최종 라이브러리를 자동으로 라이브러리 튜브로 옮겨 라이브러리 준비를 완료합니다. 형광측정법을 사용하여 전도관과 전체 도서관의 농도를 측정합니다. 시퀀싱 작업을 위해 시퀀싱 라이브러리를 1.6 피코몰라와 1300 마이크로리터로 희석하세요.

실내 온도와 습도를 유지하여 시퀀스 환경을 조절하세요. Q 30 이상의 기본 품질을 검증하고 클러스터 밀도 통과 필터를 사용하여 기기 출력 데이터의 완전한 품질 관리를 수행합니다. 최적화된 검출 워크플로우는 대표적인 종양 샘플에서 임상적으로 실행 가능한 여러 유전체 변형을 신뢰성 있게 확인했습니다.

시퀀싱 결과는 고주파 EGFR p를 보여주었습니다. L858R 미스센스 돌연변이와 유의미한 EGFR 유전자 복제수 증폭이 동반됨. MET 유전자의 중간 정도 증폭과 BRAF 유전자의 저수준 증폭이 관찰되었습니다.

샘플은 중간 종양 돌연변이 부담과 마이크로새틀라이트 안정 상태를 보였습니다. ALK, BRAF, KRAS, ROS1을 포함한 모든 표적 유전자 좌위는 네 번의 복제 실험에서 100% 검출률을 달성했습니다. 각 돌연변이는 네 번의 반복 실험 모두에서 일관되게 발견되었으며, 예상 풍부도 값이 정상 변동 범위 내에 유지되었습니다. NJS는 흔한 유전자, 희귀 유전자, 새로운 유전자를 동시에 검출하여 비소세포폐암에 대한 압축 유전적 프로필을 제공합니다.

향후 연구는 분자 병리학과 인공지능을 결합하여 폐암의 새로운 바이오마커를 탐구하는 데 초점을 맞출 것입니다.