Bacterial Pathogenesis and Host Interactions

Kaynak: Jung, A. L. ve diğerleri. Legionella pneumophila Dış Zar Vezikülleri: Makrofajlarda Pro-inflamatuar Potansiyellerinin İzolasyonu ve Analizi. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, Legionella pnömophila'dan dış zar veziküllerinin (OMV) ardışık santrifüj, steril filtrasyon ve ultrasantrifüjasyon kullanılarak izole edilmesini göstermektedir. Zar proteinleri ve lipopolisakkaritlerle zenginleştirilmiş saflaştırılmış OMV'ler, konak-patojen etkileşim çalışmaları için uygundur.

Mycobacterium tubercosis'in kalınlaşmış dış tabakasına sahip olan çoğaltmayan kalıcı veya NRP evresini içeren tüplerle başlayın.Bir tüpe cam boncuklar ekleyin ve mikobakterinin dış tabakasını mekanik olarak bozarak geçirgenliği artırarak sallayın.Sonra, boncuklarla dövülmüş mikobakteriyel süspansiyonu yeni bir tüpe aktarın.Hem tedavi edilmemiş hem de boncukla dövülmüş hücre süspansiyonlarına floresan etiketli rifampisin (anti-tüberküloz antibiyotik) ekleyin.Flüoresans etiketli rifampisinin...

Kuş patojenik E'nin askıya alınmasıyla başlayın. coli veya APEC büyüme ortamında bulunuyor.APEC, solunum yolu yoluyla girerek kümes hayvanlarını enfekte eden Gram-negatif bir bakteridir.Mukoza tabakasını aştıktan sonra APEC epitel hücrelerine yapışır, yerel olarak çoğalır ve epitel bariyerini bozarak kan dolaşımına girer. Bakteri daha sonra birden fazla organa yayılarak sistemik enfeksiyona yol açar.Artan antibiyotik enrofloxacin konsantrasyonlarını içeren çok kuyu plakasının her kuyusuna eşit...

Kaynak: Spiesz, E. M. ve diğerleri, Kendi Yap Biyoyazıcı ile Mühendislik Biyofilmlerinin Üç Boyutlu Desenlenmesi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, kontrol veya genetik olarak modifize edilmiş bakteri suşları içeren 3D baskılı alginat desenlerini karşılaştırma yöntemini göstermektedir. Test suşu, indüksiyonda kıvrımlı lifler üretir ve bu da alginat hidrojel yapısını pekiştirir. Kalsiyum-şelatasyon çözeltisi ile işlemden sonra sadece test deseni korunur ve bu da kıvırcık lif üretiminin stabilizasyon...

Kaynak: Tay, S. B. ve diğerleri. Mühendislik Amaçlı Kuorum Söndüren Laktonazlar Kullanılarak Patojenik Biyofilmlerin Anti-Virülent Bozulması. J. Vis. Exp. (2016)Video, patojenik bir bakteride biyofilm biyokütlesini nicelendirme yöntemini gösteriyor; tedavi edilmemiş kontroller ve yeterli güç söndürme enzimiyle işlenmiş örnekler karşılaştırılıyor. Bu enzim, erken kuluçka sırasında bakteriyel sinyalleri bozarak hücre yapışmasını azaltır. Yıkama ve daha fazla kuluçkadan sonra, kontrol kuyuları...

Kaynak: Schlafer, S ve Frost Kristensen, M. Konfokal Mikroskopi kullanarak Çapraz Krallık Biyofilmlerinde Hücre Dışı PH'ın İzlenmesi. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, Streptococcus mutans ve Candida albicans'ın ağız benzeri koşullarda biyofilmler çapraz yetiştirilişini göstererek bakteriyel-mantar etkileşimlerini modellemekte; böylece mikrobiyal sinerji, glukan aracılı yapışma ve ağızdan patogenezde asidijenik virülans incelenmesini mümkün kılar.

Kaynak: Kurz, D. L. ve diğerleri. Gözenekli ortamlarda biyotıkanmayı incelemek için mikrofluidik platform. J. Vis. Exp. (2022)Video, biyofilm oluşumunu incelemek için mikrofluidik cihazın kullanıldığını gösteriyor. Mikrokanala bakteriyel bir süspansiyon getirilir ve ardından biyofilm gelişimi için kuluçka yapılır. Akış daha sonra yeniden başlatılır ve basınç izleme ile görüntüleme kullanılarak biyofilm oluşumu ve gözenek tıkanıklığı zamanla tespit edilir.

Kaynak: Perinbam, K. ve Siryaporn, A. Amip kullanarak Hızlı Görüntü Tabanlı Bakteriyel Virulans Testi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, bakteriyel virülansı değerlendirmek için amoebaları yüzeye bağlı veya planktonik bakterilerle kuluçka altına almak, kalsein-asetoksimetil ester (kalsein-) agaroz pedi uygulamak ve konak hücre hasarını tespit etmek için floresans görüntüleme yöntemi kullanılarak hızlı ve görüntü tabanlı bir yöntem gösterilmektedir.

Kaynak: Bucher, T. ve diğerleri. B . subtilis biyofilmlerini, küçük molekül biyofilm inhibitörlerinin karakterizasyonu için bir model olarak inceleme metodolojileri. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, Bacillus subtilis kullanılarak matris sentezini ve biyofilm gelişimini bozan küçük moleküllü inhibitörleri değerlendiren bir pellicle oluşum testini gösteriyor; bu test, yüzeyle ilişkili büyümeyi seçici olarak engelleyen bileşikleri taramak için bir model sunuyor; bu da serbest yüzen hücreleri...

Kaynak: Bucher, T. ve diğerleri. B. subtilis biyofilmlerini, küçük molekül biyofilm inhibitörlerinin karakterizasyonu için bir model olarak inceleme metodolojileri. J. Vis. Exp. (2016).Bu video, biyofilm matris bütünlüğünün, tedavi edilmemiş ve inhibitör bozmuş biyofilmlerdeki koloni oluşturan birimleri karşılaştırarak bakterilerin etanole karşı direncini nasıl etkilediğini göstermektedir. İnhibörü ile tedavi edilen örneklerdeki azaltılmış CFU'lar, ekstrahücre matriksinin biyofilm gömülü...

Kaynak: Beaudoin, T. ve diğerleri. Balgamın biyofilm gelişimi üzerindeki etkilerini odalı bir örtü cam modeli kullanarak görselleştirmek. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, kistik fibrozis hastasından kaynaklanan balgam konak faktörlerinin bakteriyel biyofilm gelişimi üzerindeki etkisini incelemek için odalı bir örtü camının kullanımını göstermektedir.

Besin ortamında bakteriyel süspansiyonla başlayın.Süspansiyonu çok kuyu plakasına ekleyin ve kuluçka yapın.Ortamdaki besinler, bakterilerin büyümesini ve bağlanmasını kolaylaştırır.Yapışan bakteriler, polisakkaritler, proteinler ve DNA'dan oluşan hücre dışı polimer maddeler salgılayarak bir biyofilm tabakası oluşturur.Bağlanmamış bakterileri çıkarmak için tampon ile birkaç kez yıkayın.Plakayı ters çevirerek kalan sıvının kuyulardan çıkarılmasını ve biyofilmin kurumasını sağlayın.Biyofilmin...

Kaynak: Hu, Y. ve diğerleri. Endobiyotikler ile İnsan bağırsak mikrobiyotası arasındaki etkileşimlerin In vitro banyo fermantasyon sistemleri kullanılarak analizi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, insan dışkı mikrobiyotası tarafından ekzopolisakkaridlerin (EPS) parçalanmasını değerlendirmek için ince katmanlı kromatografi (TLC) kullanımını göstermektedir. Fermantasyon süpernatantlarındaki EPS parçaları, TLC kullanılarak boyut ve polariteye göre ayrılır, ardından karbonhidrat-spesifik boyama sonrası...

Kaynak: Schumacher, D. ve Sogaard-Andersen, L. Yavaş büyüyen sosyal bakteri Myxococcus xanthus'un tam vejetatif hücre döngüsünün floresans canlı hücre görüntülemesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, bakteriyel hücre bölünmesi sırasında floresan etiketli kromozom kökenlerini takip etmek için canlı hücre görüntüleme kullanımını göstermektedir. Kromozom ayrımcılığı dinamiklerini zaman geçişli faz kontrastı ve floresan mikroskopisi kullanarak yakalar.

Kaynak: Tokunou, Y. ve ark., Shewanella oneidensis MR-1'de Deuteryum Kinetik İzotopunun Elektrokimyasal Tespiti Hücre Dışı Elektron Taşınımına Etkisi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, elektrot yüzeylerinde biyofilm oluşumunu simüle etmek için tasarlanmış bir elektrokimyasal reaktör modelinin montajını ve çalışmasını gösteriyor. Kontrollü elektrokimyasal uyarım, mikrobiyal yapışmayı teşvik eder ve bu da bakteriyel monotabakalı biyofilmin kademeli gelişimine yol açar.

Kaynak: Naji, A. ve diğerleri. Caenorhabditis elegans'ta mitis grubu streptokoklarının neden olduğu oksidatif stresin incelenmesi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, C. elegans'ta yeşil floresan protein etiketli SKN-1'in yeşil floresan stresi izlemek için yeşil floresan stresi izlemesini ve yeşil floresansı izlemeyi göstermektedir. S. gordonii'ye maruz kalan solucanlar güçlü nükleer floresans gösterir ve bu patojenlerden kaynaklanan stresi doğrularken, E. coli ile beslenenler sitoplazmada dağınık...

Kaynak: Nielsen, T. B. ve diğerleri, Ventilatörle ilişkili ve hastanede edinilen bakteriyel zatürrenin Murine Orofaringeal Aspirasyon Modeli. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, bakterilerin anestezi altında bir farenin akciğerlerine orofarenks üzerinden aktarılması, akciğer enfeksiyonu ve bağışıklık yanıtı tetiklenmesi prosedürünü gösteriyor.

Kaynak: Zhao, K. ve diğerleri. 5-aminolevulinik asit aracılı fotodinamik tedavinin Staphylococcus aureus biyofilmi üzerindeki etkisini incelemek için in vitro model. J. Vis. Exp. (2018)Video, Gram-pozitif bakteriyel biyofilmler üzerindeki antibakteriyel etkileri değerlendirmek için fotodinamik bir tedavi protokolünü gösteriyor. Biyofilmler dört gruba ayrılır: ikisi fotosensitator öncül alır, ikisi ise bir tampon alır. Hepsi karanlıkta kuluçka yapılır, ardından bir öncül işlenmiş gruba ve bir...

Source: Escudero, J. A., et.al. Testing the Role of Multicopy Plasmids in the Evolution of Antibiotic Resistance. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates how escalating cefazidime exposure is used to compare the survival of three E. coli strains with different copies of the ampicillin resistance gene. It shows that only the strain with a multicopy plasmid survives at higher drug levels, highlighting how increased gene copy number accelerates resistance evolution.

Source: Saragliadis, A., et al. Producing Gene Deletions in Escherichia coli by P1 Transduction with Excisable Antibiotic Resistance Cassettes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the phage-mediated transfer of donor DNA carrying an excisable antibiotic resistance cassette into Escherichia coli. The integrated cassette replaces the target gene via homologous recombination, resulting in a stable gene deletion.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method for studying host-pathogen interactions using a micro-parallel plate flow chamber seeded with human primary endothelial cells. Following endothelial cell activation by an ionophore and perfusion with fluorescently labeled bacteria, the cells release von Willebrand factor (VWF), which binds bacterial adhesins under shear...

Source: Holt-Torres, P. S. et al. Evaluation of Antimicrobial Activities of Nanoparticles and Nanostructured Surfaces In Vitro. J. Vis. Exp. (2023)This video demonstrates the use of the focused-contact exposure method to evaluate the antibacterial activity of nanostructured surfaces. It outlines the steps involved in establishing direct contact between bacteria and the nanostructured surface, incubation, bacterial collection, and colony counting to assess viability.

Source: Dubois, V., et al. Identification of Virulence Markers of Mycobacterium abscessus for Intracellular Replication in Phagocytes. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the procedure of co-culturing amoebae with mutant bacterial strains to evaluate their intracellular survival and identify virulence markers through differences in colony counts.

Kaynak: Nagre, N. ve diğerleri. Alveolar makrofaj fagositoz ve farelerde bakteri temizlemesi. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, IgM ve komplement ile opsonize edilmiş koyun kırmızı kan hücreleri kullanılarak komplement reseptörü aracılı fagositozun değerlendirilmesini ve ardından fare makrofajları tarafından alınmasını göstermektedir. Fagositoz kapsamı, diaminoflorenin hemoglobin-katalize edilmiş oksidasyonuyla oluşan mavi kromojenik ürünün ölçülmesiyle ölçülür.

Kaynak: Zhang, S. ve diğerleri. Fare enfeksiyonu modelinde menenjitte streptococcus suis biyofilmlerinin rollerini araştırmak için intrakraniyal subaraknoidal enfeksiyon yolu. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, bakteri enfekte bir fare beyninde hedef gen ifadesinin tespitini gösteriyor. RNA çıkarılır, DNA bozdurucu bir enzimle işlenir ve cDNA'ya ters transkribe edilir. cDNA, gen spesifik primerlerle termal döngüyle amplifikasyon yapılırken, DNA bağlayan bir boya amplifikasyon DNA'ya bağlanarak...

Kaynak: Radulovic, K. ve diğerleri. Bağırsak bariyerinin aşılması sonrası mikrobiyal türevli ürünlerin girişini taklit etmek için farelere lipopolisakkarit enjeksiyonları. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, sistemik iltihabı indüklemek için farelere intraperitoneal olarak lipopolisakkarit (LPS) enjekte edilmesinin adım adım bir prosedürünü göstermektedir.

Domuz böbreği hücresi kültürlerini alın; bir kültür önceden lizozomal pH'ı artıran ve otofagik-lizozomal bozulmayı engelleyen bir inhibitörle önceden tedavi edilmiş.Konak-patojen temasını artırmak için patojenik bakteriler ve santrifüj ekleyin.Bakteriyellerin endositik veziküllere invazisi ve içselleşmesi için kuluçka yapın.İçselleştirilmiş bakteriler, çoğaltmak için konak besinlerini tüketir ve metabolik stresi tetikler.Bu stres, otofajiyi aktive eder; burada otofajik bir zar vezikülün...

Bir fare makrofaj kültürünü ele alalım.Testi, Wnt5A içeren bir tampon ile iyi ele alın, bu bir sinyal molekülü ve kontrol sadece tamponlu bir kontrol içerir.Bakteriyel bir patojenle enfekte edin ve kuluçka yapın.Test hücrelerinde, Wnt5A, bakterilerin fagozomlara girişini artırmak için sitoskelet yeniden organizasyonunu artıran bir sinyal zincirini aktive ederken, bu sinyalden yoksun kontrol hücreleri daha az bakteriyi içselleştirir.İçselleştirilmeyen bakterileri temizlemek için yıkayın,...

Kaynak: J. G. ve diğerleri. Patojenler, kommensallar ve konak bağırsak epitelleri arasındaki etkileşimleri incelemek için insan kolonoid monokatmanlar. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, kolajen kaplı bir Transwell sisteminde kolondan kaynaklı epitel hücrelerinin kültürlenmesi prosedürünü gösteriyor; böylece bağırsak bariyerini modelleyen ve konak-patojen-patojenler etkileşim çalışmalarını mümkün kılan mukus üreten bir monotabaka oluşturuluyor.

Kaynak: Luukinen, H. ve diğerleri. Mycobacterium marinum enfekte yetişkin zebrabalıklarda tüberkülozun modellemesi. J. Vis. Exp. (2018).

Kaynak: Sigal, N. ve diğerleri. Makrofaj Hücrelerinde Hücre İçinde Yetiştirilen Listeria monositogenlerinden RNA Arındırma. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, enfekte fare makrofajlarından izole edilen Listeria monocytogenes'ten RNA çıkarımı göstermektedir. Protokol RNA'yı korur, hücreleri fenol-kloroform ve ısı kullanarak lizler ve RNA'yı santrifüjle ayırır. Tuz ve etanol, soğuk kuluçka ile birleşerek RNA çökelmesini teşvik eder. Ortaya çıkan RNA, konak kaynaklı gen ifadesini yakalar ve bakteriyel...

Kaynak: Vonaesch, P. ve ark., Memeli Hücrelerinin Bakteriyel Meydan Okumasından Sonra Stres Gralüleri Oluşumunun İmmünofloresan Analizi. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, epitel hücrelerinin patojenik bakteri Shigella flexneri ile enfekte edilmesini ve bunun sonucunda oluşan konak hücresel yanıtını göstermektedir. Bakteriyel efektör proteinler, konak translasyonunu bozarak stres granülleri adı verilen zarsız organellerin oluşumunu tetikler; bu organeller hücrenin enfeksiyona adaptif yanıtını...

Patojenik bakterilerle enfekte edilmiş ve hücre içi dahil edici vücutlar oluşturan bir bağışıklık hücresi kültürünle başlayın.Bakteriyel enfeksiyon, bağışıklık hücrelerindeki antijen sunum yolunu bozar.Kontrol olarak enfekte olmayan bir kültürü ele alalım.Sonra, model bir protein antijeni ekleyip kuluçka yapın.Bağışıklık hücreleri, model antijen türevli peptitleri MHC-I moleküllerinde içselleştirir, işler ve sunar.İnkubasyondan sonra, hücreleri yıkarak işlenmemiş antijenleri çıkarın.Hücreleri...

Kaynak: Chetrit, D. ve diğerleri. Legionella pnömofila nokta/icm salgı sisteminin mekansal ve zamansal özelliklerini çözmek için canlı hücre görüntüleme ve kriyo-elektron tomografi uygulanıyor. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, floresan olarak işaretlenmiş patojenik bakterilerin hazırlanmasını ve görüntülenmesini göstermektedir. Agarose pedleri önce hazırlanır ve yapıştırıcı bir çerçeve içine yerleştirilir. Hücreleri hareketsiz hale getirmek için pedde floresan protein ifade eden genetik olarak...

Kaynak: Winston, J. A. ve diğerleri. Klâlis olarak Önemli Clostridium difficile Strain R20291 için sefoperazonla tedavi edilmiş fare modeli. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, antibiyotikle önceden tedavi edilmiş farelerin Clostridium difficile sporlarıyla aşılanması prosedürünü göstererek patogenezi ve konak yanıtlarını incelemek için enfeksiyon modeli oluşturulmuştur.

Kaynak: Winston, J. A. ve diğerleri. Klâlis olarak Önemli Clostridium difficile Strain R20291 için sefoperazonla tedavi edilmiş fare modeli. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, enfekte bir fare modelinden alınan dışkı örneklerinde Clostridium difficile'nin seçici kültür teknikleriyle nicelendirilmesini göstermektedir. Numune toplama, anaerobik işlem, seri seyreltme ve koloni sayımı prosedürlerini özetleyerek bakteriyel kolonizasyon ve konak-patojen etkileşimlerini değerlendirir.

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of immunoblotting to assess apoptosis inhibition by the bacterial effector protein CaeB in human cells. It outlines the steps for detecting apoptotic markers following doxycycline-induced expression of pro-apoptotic proteins in host cells expressing the effector.

Source: Yuan, Z., et al. Bronchoalveolar Lavage Exosomes in Lipopolysaccharide-induced Septic Lung Injury. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates an in vivo mouse model for inducing and analyzing acute lung injury (ALI) using intraperitoneal administration of bacterial lipopolysaccharide. The inflammatory cascade triggered by alveolar macrophages and neutrophils leads to epithelial and endothelial barrier disruption, allowing fluid and immune cells to accumulate in the alveoli. Alveolar...

Source: Li, T., et al. Studying Effects of Cigarette Smoke on Pseudomonas Infection in Lung Epithelial Cells. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates how cigarette smoke extract weakens antimicrobial defense in lung epithelial cells by reducing AMP production, leading to increased bacterial invasion. The procedure measures intracellular bacterial load to assess the impact of smoke exposure on host-pathogen interactions.

Source: Ahn, J. J., et al., Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the preparation of mouse splenocyte cultures from Listeria monocytogenes-infected mice for downstream cytokine analysis. It includes ex vivo bacteria-derived antigen stimulation and sample processing to study T cell responses.

Source: Barbero, A. M., et al. Fluorescence Assays for the Study of Mycobacterium tuberculosis Interaction with the Immune Receptor SLAMF1. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the procedure for labeling host immune receptors that bind bacterial surface antigens, enabling their detection through flow cytometry.

Source: Zhang, C. et al. Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates the quantification of intracellular survival of a methicillin-resistant bacterial pathogen in mouse peritoneal macrophages. It outlines the steps involved in infection, extracellular bacterial clearance, host cell lysis, and colony enumeration to assess bacterial survival within host macrophages.

Source: Gutiérrez, S., et al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the magnetic isolation of phagosomes containing biotin–streptavidin bead–coated bacteria from infected macrophages. The protocol includes buffer treatments, cell disruption, magnetic separation, and washing to yield purified phagosomes for analysis.

Kaynak: Mills, B. ve ark., Konfokal Lazer Endomikroskopi ile İnsan Akciğer Dokusunda Ex Vivo Bakteri-Spesifik Probların Optik Taraması. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, lifli konfokal floresan floresan mikroskopi ile süspansiyon ve akciğer dokusunda floresan etiketli Staphylococcus aureus'un gerçek zamanlı görüntülemesini sunmaktadır.

Kaynak: Ng, K. M., Tropini, C. Bağırsak mikrobiyota-konak etkileşimlerinin Floresans Yerinde Hibrizleşme, Lektin Boyanması ve Görüntüleme Yoluyla Görselleştirilmesi. J. Vis. Exp. (2021).Bu video, fare bağırsak dokusunda bağırsak mikrobiyotasını boyandırmak için floresan probları bakteriyel rRNA'ya (ribozomal ribonüklein asit) hibritize ederek ve mikroskobik analiz için konak yapılarını karşı boyama yoluyla fare bağırsak dokusunda bağırsak mikrobiyotasını boyama prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Siva-Jothy, J. A. ve diğerleri, Drosophila melanogaster'de Oral Bakteriyel Enfeksiyon ve Dökülme. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, enfekte bir sineği birden fazla gıda içeren tüp üzerinden aktararak, dökülen bakterileri geri kazanarak ve seri seyreltme ve kaplama yoluyla canlı kolonilerin nicelendirilmesiyle Drosophila'da bakteri sarkmasını izleme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: de Vries, C. R. ve ark., Kronik Pseudomonas aeruginosa Yara Enfeksiyonunun Gecikmiş Aşılama Modeli. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, canlı bir fare modelinde bakteriyel enfeksiyon ilerlemesini izlemek için biyolüminesans görüntüleme tekniğini gösteriyor. LuxABCDE raporlayıcı sistemiyle tasarlanmış patojenik bakteriler, enfeksiyon bölgesinde ışık yayarak metabolik olarak aktif bakterilerin görselleştirilmesini sağlar. Araştırmacılar, fareyi zamanla görüntülemekle, enfeksiyon dinamiklerini...

Kaynak: Shi, J. ve diğerleri. Bitki Patojenlerinin Salgılanan Efektörlerinden RNA Susturucu Baskılayıcıların Taraması ve Tanımlanması. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, Nicotiana benthamiana 16c'de RNA susturmasını baskılayan patojen efektör proteinlerini tanımlamak için bir ortak infiltrasyon testini göstermektedir. Floresan bir raporlayıcı ve aday efektör gen, Agrobakteriya aracılığıyla bitki yapraklarına aktarılır. Normalde, RNA susturması raporlayıcı transkriptleri bozur ve floresansı azaltır.

Kaynak: Niu, L. ve diğerleri. Zebrafish embriyolarında mikobakteriyel enfeksiyon sırasında makrofaj litik hücre ölümünün intravital mikroskopi ile görselleştirilmesi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, Mycobacterium marinum enfeksiyonu sonrası zebrafish embriyolarında makrofaj litik hücre ölümünü görselleştirmek için intravital konfokal mikroskopi kullanımını göstermektedir.

Kaynak: Seman, B. G., et.al. Gram-negatif bakteriyel sepsisin yenidoğan görüntüleme modeli. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, nötrofillerin ve inflamatuar monositlerin neonatal fare dalaklarından izole edilmesini ve bunların parlak bakteri öldürücü testte uygulanmasını göstermektedir. Mekanik ayrışma, kırmızı kan hücresi lizisi, manyetik boncuk bazlı hücre zenginleştirmesi, bakteriyel kuluçka ve antibiyotik koruma konularını kapsar. Zamanlanmış lüminesans ölçümleri, başlangıçta bakteriyel...

Kaynak: Choi, Y. S. ve diğerleri. Parafinli dokularda bakterilerin yerinde tespiti, 16S rRNA'yı hedefleyen digoksin etiketli DNA probu kullanılarak. J. Vis. Exp. (2015).Bu video, bakteriyel DNA'yı hedefleyen digoksin etiketli DNA probları kullanılarak fare diş eti dokusu kesitlerinde bakterilerin yerinde tespitini göstermektedir. Bölüm prob ile kuluçka edilir. Digoksine özgü alkali fosfataz ile konjuge edilmiş antikorlar eklenir. Endojen fosfatazlar inaktive edilir ve substrat eklenmesiyle...

Kaynak: Valentine, M. E. ve diğerleri, Pseudomonas aeruginosa'da Çerçeve İçi Gen Silinme Mutantlarının Üretimi ve Basit Fare Enfeksiyon Modelinde Virulans Zayıflamasının Testi. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, canlı bir fare modelinde bakteriyel enfeksiyonu izlemek için biyolüminesans tabanlı görüntüleme yaklaşımının kullanıldığını göstermektedir. Ardışık biyolüminesans ve X-ışını görüntüleme, konak genelinde yayılan enfeksiyonun gerçek zamanlı görselleştirmesi ve anatomik lokalizasyonu mümkün...

Kaynak: Luyts, N. ve diğerleri. Biyolüminesans görüntüleme ile farelerde idrar yolu enfeksiyonlarının uzunlamasına takibi ve tedavisi. J. Vis. Exp. (2021).Bu video, bakteriyel yapışma, invaziya ve hücre içi çoğaltmanın gerçekleştiği mesane içine enjekte edilen biyolüminesan E. coli kullanılarak fare modelinde idrar yolu enfeksiyonunun indüksiyonu ve izini göstermektedir. Biyolüminesans operondan yayılan ışık, enfeksiyon ilerlemesi sırasında bakteri yükünün gerçek zamanlı göstergesi olarak...

Kaynak: O'Brien, V. P. ve diğerleri, Tekrarlayan Escherichia coli Idrar Yolu Enfeksiyonu Gardnerella vaginalis mesane maruziyeti tarafından fare içinde tetikleniyor. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, önceden enfekte edilmiş bir fare modelinin mesane epitelinde bakteri kolonizasyonu ve konak-patojen etkileşimlerini görselleştirmek için taramalı elektron mikroskopisi kullanımını göstermektedir.

Kaynak: Bernut, A. ve ark., Zebrafish embriyolarında Mycobacterium abscessus'un Patogenezi ve Kordonlanmasının Çözülmesi ve Görüntülemesi. J. Vis. Deneyim (2015).Bu video, enfekte bir zebrafish embriyosundan Mycobacterium abscessus'u izole etmek ve nicelik ölçmek için bir protokolü göstermektedir. Bu işlem, embriyo ötenazisi, doku lizizasyonu ve homojenizasyonu ile bakterilerin serbest bırakılmasını, ardından santrifüj ve yüzeyaktif bir tamponda yeniden süspansiyonu içerir. Son olarak,...

Kaynak: Bernut, A. ve diğerleri. Zebrafish embriyolarında Mycobacterium abscessus'un patogenezi ve kordonunun çözülmesi ve görüntülemesi. J. Vis. Exp. (2015)Bu video, floresan makrofajları ifade eden ve floresan Mycobacterium absessus kaba suşuyla enfekte olan transgenik zebrafish embriyolarını kullanarak konak-patojen etkileşimlerini görselleştiren bir protokolü göstermektedir. Ekstrahücre kordonunun bağışıklık kaçışını nasıl mümkün kıldığını, bakterilerin hayatta kalmasını ve konak hücre...

Öncelikle E. coli dahil olmak üzere fekal koliform barındırma ihtimali olan kontamine su örneğiyle başlayın.Bulanıklığı ve mikrobiyal yükü azaltmak için distile suda seri seyreltme işlemi yapılabilir.İstediğiniz seyreltilmiş örneği besin ortamıyla karıştırın ve mikrofluidik bir çipe yükleyin.Vakum filtreleme kullanarak çipin serpantin kanalındaki bir membranda bakterileri yakalayın.Üst odaya besin ortamı ekleyin ve bakteriyel iyileşmeyi artırmak için kuluçka yapın.Ortamı, lusiferaz genini...

Kaynak: Makowski, Ł. ve diğerleri. Bakteriyel Avcı Bdellovibrio bacteriovorus'un yaşam döngüsünün Zaman Geçişli Flüoresans Mikroskopisi kullanılarak canlı hücre görüntülemesi. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, Bdellovibrio bacteriovorus'un immobilize edilmiş E. coli'yi agaroz pedinin altında avladığı zaman geçişli floresan görüntülemeyi göstererek, bakteriyel predasyon ve konak-patojen etkileşimlerini incelemek için hücre içi çoğaltma ve soyut salınımının gerçek zamanlı görselleştirilmesini sağlıyor.

Kaynak: Tay, S. B., et.al. Mühendislik Amaçlı Kuorum Söndüren Laktonazlar Kullanılarak Patojenik Biyofilmlerin Anti-Virülent Bozulması. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, bakteriyel hücre sinyalini bozan bir enzimin eklenmesiyle biyofilm oluşumunu inhibre etme sürecini göstermektedir. Bu enzim, bakterilerin hücre dışı polimerik maddeler üretmesini engeller ve böylece cam tabanlı mikro tabak üzerinde biyofilm gelişimini azaltır. Son olarak, biyofilm yapısı floresan lektinler ve konfokal lazer tarama...

Kaynak: Collins, A. J. ve diğerleri, Ağız Boşluğundan Simbiyotik Sakkaribakterilerin Stabil İkili Kültürlerinin Oluşturulması. J. Vis. Exp. (2021)Bu video, Aktinomyces ile ikili kültürde Saccharibacteria'ı tespit etmek için Polimeraz Zincirleme Reaksiyonu (PCR) kullanımını göstermektedir. Protokol, stabil bir konak-parazit etkileşimini doğrulamak için DNA amplifikasyonu ve jel elektroforezini belirtir.

Kaynak: Matthysse, A. G. Laboratuvarda Ölçülen Bitki Yüzeylerine Bakterilerin Yapışması. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, bitki köklerine bakteriyel yapışmanın faz kontrast mikroskopisi kullanılarak değerlendirilmesini göstermektedir. Bakterilerle kuluçka edilen fidelerden alınan kök örnekleri önce serbest bakteri kontrolü için monte edilir. Numuneler daha sonra gevşek şekilde yapışmış bakterileri çıkarmak için yıkanır ve hasarı önlemek için uygun bir örtü ile yeniden monte edilir. Son olarak, kök...

Kaynak: Matthysse, A. G. Laboratuvarda Ölçülen Bitki Yüzeylerine Bakterilerin Yapışması. J. Vis. Exp., (2018)Bu video, vahşi tip ve selüloz eksikliği olan patojenik bakteriler tarafından domates fidelerinin kök kolonileşmesini ölçmek için bir protokol gösterilmektedir. Sıkı yapışan bakteri sayımları, vahşi tip suşun daha fazla yapışma ve mikrokoloni oluşumu göstererek, selülozun stabil kök kolonizasyonundaki rolünü vurgular.

Kaynak: Brown, A. O. ve Orihuela, C. J. Streptococcus pneumoniae'nin Kardiyak Mikrolezyonlar İçinde Görselleştirilmesi ve Sonraki Kardiyak Yeniden Şekillendirme. J. Vis. Exp. (2015)Video, kimyasal olarak sabitlenmiş fare kalp dokusu kesitlerinin bağışıklık boyama işlemini gösteriyor; böylece enfeksiyon kaynaklı mikrolezyonlar içinde bulunan patojenik bakteriler görselleştirilmektedir. Süreç, doku yıkama, membran geçirgenliği, spesifik olmayan bölgelerin blokajı, antikor etiketleme, nükleer...

Kaynak: Specker, J. T. ve diğerleri. Mikrobiyal İşbirliğinin Görüntüleme, Kütle Spektrometrisi Yoluyla İncelenmesi, Enfeksiyon sırasında Agar ve dokuda yetişen bakteri kolonilerinin analizi. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, Clostridioides difficile ile enfekte olmuş farelerin bağırsak dokularındaki amino asit dağılımını, tek başına veya Enterococcus faecalis ile birlikte görselleştirmek için matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon (MALDI) kütle spektrometrisinin kullanımını göstermektedir. Bu...

Kaynak: Bucher, T. ve diğerleri, B. subtilis biyofilmlerini küçük moleküllü biyofilm inhibitörlerinin karakterizasyonu için bir model olarak inceleme yöntemleri. J. Vis. Exp.(2016)Bu video, yüksek çözünürlüklü görüntüleme için olgun bakteriyel biyofilm kolonilerinin hazırlanmasını gösteriyor. Fiksasyon, kurutma, montaj ve metal kaplama adımlarını kapsayarak biyofilm morfolojisini koruma ve görselleştirmeyi içerir.

Kaynak: Beaudoin, T. ve diğerleri. Balgamın biyofilm gelişimi üzerindeki etkilerini odalı bir örtü cam modeli kullanarak görselleştirmek. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, hastadan kaynaklı kistik fibroz balgamının bakteriyel biyofilm oluşumunu nasıl etkilediğini değerlendirmek için in vitro bir yöntemi göstermektedir. Oda slaytları, floresan boyama ve konfokal mikroskopi kullanılarak, balgamla yetiştirilen biyofilmlerde kalınlığın arttığını, mimarinin değiştiğini ve daha yüksek canlı biyokütleyi...

Geçiş metalleri ve karbonun birleşiminden mühendislik olarak tasarlanmış nanopartikül kompozit içeren bir ortama sahip tüpleri ele alalım.Antibiyotiklere dirençli Gram-pozitif ve Gram-negatif patojenik bakterileri test örnekleri olarak ayrı tüplere yerleştirin.Tedavi edilmemiş bakterileri negatif kontrol olarak, antibiyotikle tedavi edilmiş bakterileri ise pozitif kontrol olarak dahil edin.Örnekleri sarsıntı ile kuluçka edin.Gram-negatif bakterilerde, gözenekli dış zar ve ince peptidoglycan...

Kaynak: Bratton, B. P. ve ark., Doğru hücresel temsiller ve hassas protein lokalizasyonu için bakteriyel hücrelerin üç boyutlu görüntülemesi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, tek hücre düzeyinde protein organizasyonunu incelemek için bakteriyel hücrelerin üç boyutlu floresan görüntülerini edinme ve analiz etme yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Le, T. A. N . ve diğerleri, Caenorhabditis elegans'ın bağırsak geçirgenliği üzerindeki bakteri ve kimyasalların etkilerini ölçmek. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, Pseudomonas aeruginosa'ya maruz kalmak üzere C. elegans'ta bağırsak geçirgenliğini niceliklendirmek için floresan tabanlı bir testi göstermektedir. Kontrollerle beslenen Escherichia coli ile karşılaştırıldığında, patojenle tedavi edilen solucanlarda vücut boşluğuna florofor sızıntısı artar ve bu da epitel bariyer hasarını...

Kaynak: O'Brien, Başkan Yardımcısı ve diğerleri. Gardnerella vaginalis mesane maruziyeti ile tetiklenen tekrarlayan Escherichia coli idrar yolu enfeksiyonu, farelerde ortaya çıkmıştır. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, tekrarlayan idrar yolu enfeksiyonu için fare modeli oluşturmak için Gardnerella vaginalis inokulumunun hazırlanmasını göstermektedir.

Kaynak: Lenhard, A. ve diğerleri. Streptococcus pneumoniae'nin viral eş-enfeksiyon sonrası kolonizerden patojene geçişi için fare modeli, yaşa bağlı hastalığı özetliyor. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, grip virüsünün Streptococcus pneumoniae'nin kolonizatordan patojene geçişini tetiklediği bir fare ortak enfeksiyon modelini gösteriyor. Bakteriyel kolonizasyon, viral enfeksiyon ve hastalık ilerlemesiyle ilgili adımları özetler.

Kaynak: Lenhard, A. ve diğerleri. Streptococcus pneumoniae'nin viral eş-enfeksiyon sonrası kolonizerden patojene geçişi için fare modeli, yaşa bağlı hastalığı özetliyor. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, patojenik bir bakteri ve bir virüsle birlikte enfekte olan bir farenin akciğerlerinin işlenmesini gösteriyor. Akciğer dokusunun doğranması, homojenleştirilmesi ve kaplaması, bakteri yükünün nicelendirilmesini sağlar; bu da bakterilerin akciğerlere yayılmasını ve hastalığın şiddetini gösterir.

Kaynak: Cross, T. ve ark., Arthrobacter bakteriofag türlerinin toprak örnek izolatlarından izolasyonu için optimize edilmiş zenginleştirme tekniği. J. Vis. Exp.(2015)Bu video, bakteriyofaj üretimi için bakteriyel kültürün hazırlanmasını göstermektedir. Bu aşama, bir toprak bakterisinin şaşkın bir şişeye aşılanması, havalandırma ve sallanma yoluyla eşit büyümeyi teşvik etme ve optik yoğunluk ölçümleriyle hücre yoğunluğunu izleme adımlarını kapsar. Kültür optimal büyüme aşamasına ulaştığında,...

Kaynak: Conover, M. S. ve ark., Fare Modelinde İYİS ve CAUTI'nin Kuruluşu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Exp. (2015)Bu video, β-galaktosidaz eksprese eden Escherichia coli ile enfekte olan fare mesane dokusunda hücre içi bakteri topluluklarının (IBC) tespit edilmesini göstermektedir. Doku fiksasyonu, permeabilizasyon ve X-gal ile boyama sonrası, IBC'ler diseksiyon mikroskopu altında mavi nokta olarak görülür ve idrar yolu enfeksiyonu sırasında bakteriyel invaziyanı doğrular.

Kaynak: Wang, Y. ve diğerleri. In Vivo'da Çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii yanık enfeksiyonlarında biyolüminesans görüntüleme kullanılarak antimikrobiyal mavi ışık tedavisinin araştırılması. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, fare modelinde ısıtılmış pirinç blok uygulanarak ardından patojenik bakteriyel aşı uygulanarak yanık enfeksiyonu nasıl oluşturulacağını gösteriyor. Bakteriler, açıkta kalan ekstrasellüler matriksi kolonileştirir ve bir biyofilm oluşturur; bu da konak-patojen...

Kaynak: Wang, Y. ve diğerleri. In Vivo'da Çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii yanık enfeksiyonlarında biyolüminesans görüntüleme kullanılarak antimikrobiyal mavi ışık tedavisinin araştırılması. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, biyolüminesans operon taşıyan Acinetobacter baumannii aşılanmış farelerde yanık yarası enfeksiyonlarının görüntülenme prosedürünü göstermektedir. Lusiferaz katalizli alt oksidasyonun, bakteriyel yüke orantılı ışık üretmesini ve enfeksiyonun ilerlemesinin...

Kaynak: Barbero, A. M. , et.al. Mycobacterium tuberculosis ile bağışıklık reseptörü SLAMF1 ile etkileşiminin incelenmesi için floresans testleri. J. Vis. Exp. ( (2025)Bu video, makrofaj reseptörü ile Mycobacterium tuberculosis antijenleri arasındaki etkileşimi incelemek için floresans tabanlı bir test sunmaktadır. Örtü üzerinde floresan olarak işaretlenmiş antijenler, makrofaj protein özetleriyle kuluçkalanır, çapraz bağlanır, antikor etiketlenir ve üst üste düşen floresan sinyalleriyle...

Kaynak: Li, J. ve diğerleri. Clostridioides difficile için larva zebrafish enfeksiyonu modelinin geliştirilmesi. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, anestezi edilmiş zebrafish larvasının agarozda immobilize edilip izleyici yönlendirmeli iğne kullanılarak patojenik bir bakteriyle oral enjekte edildiği mikrogavaj prosedürünü gösteriyor. İnvaziv olmayan teslimat, doğal enfeksiyonu taklit eder ve bakteriyel çoğalması, toksin salınımı ve bağırsak epitel hasarının analizini mümkün kılar.

Kaynak: Rufián, J. S., et.al. Bitki dokusunda Pseudomonas Syringae genlerinin tek hücreli analizi. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, Arabidopsis bitki yapraklarına bakteriyel bir patojenin girmesi için vakum sızma yöntemini gösteriyor. Yaklaşım, stoma yoluyla uniform girişi sağlamak için hazırlanmış bakteriyel süspansiyon ve vakum darbeleri kullanır ve kontrollü yaprak enfeksiyonuna yol açar.

Kaynak: Casanova, A. ve diğerleri. Hela hücrelerinin brücella enfeksiyonunda rol alan konak faktörlerinin yüksek verimli taraması için mikroskopi tabanlı testler. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, siRNA aracılı STING knockdown ile epitel hücrelerinde Brucella abortus enfeksiyonunun yüksek verimli görüntülemesini göstererek sitozolik DNA algılamanın hücre içi bakteriyel çoğaltma ve konak doğuştan bağışıklık yanıtı üzerindeki rolünü araştırıyor.

Kaynak: Miquel Guennoc, C. ve diğerleri. Filamentli mantar kolonilerinde bakteriyel biyofilmlerin konfokal ve elektron mikroskopisi kullanılarak niteliksel çok ölçekli analizi için yeni yöntem. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, koloni oluşumunu ve radyal büyümeyi desteklemek için işlenmiş selofan zarlarında mantar kültürünün hazırlanmasını göstermektedir. Daha sonra toprak bakteri hücrelerinin etkileşim testleri için yetiştirilip hazırlanması gösterilir. Son olarak, bakteriyel hücrelerin mantar...

Kaynak: Harris, S. L. ve diğerleri. Arabidopsis thaliana köklerinde bakteriyel kolonizasyonun ve bakımının izlenmesi, yüzen hidroponik sistemde. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, topraksız bir sistemde yetiştirilen Arabidopsis thaliana fidelerinde kökle ilişkili bakterilerin kolonileşmesini izlemek için bir protokolü göstermektedir. Kolonizasyondan sonra, bakteriler sonikasyon ile yerinden çıkarılır, ardından seyreltir, kaplama ve inkübe edilip bakteriyel bağlanma ve canlılığı yansıtan koloniler...

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Source: Jackson, L., et al. Visualization of Pseudomonas aeruginosa within the Sputum of Cystic Fibrosis Patients. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the in situ visualization of Pseudomonas aeruginosa within chemically cleared cystic fibrosis sputum using fluorescent labeling and confocal microscopy to reveal bacterial localization and biofilm structure.

Source: Hunt, A. M. A., et al. Come to the Light Side: In Vivo Monitoring of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Infections in Chronic Wounds in a Diabetic Hairless Murine Model. J. Vis. Exp.(2017).This video demonstrates the procedure for assessing infection clearance and healing progression in a wounded diabetic mouse using bioluminescent and microscopic images.

Source: Liu, X., et al. Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates a method to assess the bacterial load in Arabidopsis thaliana leaves infected with Pseudomonas syringae. Leaf discs from infected leaves are homogenized, serially diluted, and plated onto nutrient-rich agar to promote bacterial colony formation. Colony counts are then used to...

Source: Ahn, J. J., et al. Experimental Infection with Listeria monocytogenes as a Model for Studying Host Interferon-γ Responses. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates bacterial load measurement in spleen and liver tissues isolated from mice infected with an intracellular bacterial pathogen. Bacteria, accumulated within tissue-resident phagocytes during systemic infection, are released using detergent-based lysis and mechanical disruption. Serial dilutions of the homogenates are plated on...

Kaynak: Siva-Jothy, J. A. ve diğerleri. Drosophila melanogaster'de Ağız Bakteriyel Enfeksiyonu ve Dökülme. J. Vis. Deneyim. (2018)Video, Drosophila melanogaster'ın ağızdan patojenik bakterilerle enfeksiyonunu gösteriyor. Bu program, enfeksiyon şişelerinin hazırlanmasını ve aç sineklerin bakarak bakteri alımını mümkün kılmasını içerir. Bu işlem, bağırsak kolonizasyonunu yakalar, ardından yüzey sterilizasyonu ve sineklerin homojenizasyonunu içerir. Son olarak, seri seyreltme ve koloni sayımı...

Kaynak: Mueller, A. ve diğerleri. Mycobacterium tuberculosis ve Plasmodium berghei'nin doğal bulaşımı üzerine tüberküloz-sıtma koenfeksiyonunu incelemek için deneysel bir model. J. Vis. Exp. (2014)Bu video, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) aerosol olarak farelere aerosol olarak ulaşımı ve nebulizator tabanlı bir oda sistemi kullanılarak akciğer enfeksiyonu indükte göstererek, havadan tüberküloz iletimi ve konak-patojenler etkileşimlerini in vivo incelemek için kontrollü ve tekrarlanabilir bir...

Kaynak: de Vries, C. R. , et.al. Kronik Pseudomonas aeruginosa yara enfeksiyonunun gecikmiş aşılama modeli. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, parlak bir film pansı ile kaplı iki tam kalınlıkta dorsal deri yarası taşıyan bir fareye parlayan Pseudomonas aeruginosa'nın gecikmeli aşılanmasını gösteriyor. Bu, biyofilm oluşumunu ve kronik enfeksiyonun oluşmasını kolaylaştırır. Düzenli biyolüminesans izleme, bakteri yükünün nicelendirilmesini ve enfeksiyon ilerlemesinin zamanla izlenmesini sağlar.

Kaynak: Liu, X. ve diğerleri. Antibiyotikle aranmış sivrisineklerle bakteriyel ağız beslenme testi. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, antibiyotik içeren bir sukroz çözeltisi kullanarak sivrisineklerde doğal bağırsak mikrobiyotasının tükenmesini göstermektedir. Bunu izlemek, sivrisinek bağırsağında tanımlanmış bir bakteri popülasyonu oluşturmak için membran besleme sistemi aracılığıyla bakteriyel askıma ile kontrollü yeniden kolonizasyon yapılır.

Kaynak: Seman, B. G. ve diğerleri. Gram-negatif bakteriyel sepsisin neonatal görüntüleme modeli. J. Vis. Exp. (2020)Video, kapsüllü biyolüminesans bakteriler kullanılarak sistemik enfeksiyonu incelemek için yeni doğumlu fare modelini gösteriyor. Yenidoğan yavrulara yüksek veya düşük dozlu bakteriyel askı enjeksiyonu yapılır ve doğum sonrası bakım için annelerine geri verilir. Kapsüllü bakteriler erken bağışıklık tespitinden kaçınır, sistematik olarak yayılır ve zamanla lüminesans görüntüleme...

Kaynak: Shi, J. ve ark., Bitki patojenlerinin salgılanan efektörlerinden RNA susturucu baskılayıcılarının taraması ve tanımlanması. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, asetosyringon ile virülans gen ifadesi indükleyerek Agrobacterium tumefaciens kültürünün hazırlanması ve ardından antibiyotik çıkarılması ile yıkama ve yeniden süspansiyon ile yapılmasını ve bitki dokularına gen taşınması için dönüşüme hazır bir süspansiyon oluşturulmasını göstermektedir.

Kaynak: Behera, R.K. ve diğerleri, Enfekte Dokularda Bakteriyel Gen Düzenlemesini İnceleme Için Floresans Tabanlı Bir Yöntem. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, bakteri büyümesini standartlaştırmak ve konak-patojen etkileşim çalışmaları için metabolik senkronizasyonu sağlamak amacıyla hemolitik Staphylococcus aureus kültürlerinin hazırlanmasını göstermektedir.

Kaynak: Shi, J. ve ark., Bitki patojenlerinin salgılanan efektörlerinden RNA susturucu baskılayıcılarının taraması ve tanımlanması. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, asetosyringon ile virülans gen ifadesi indükleyerek Agrobacterium tumefaciens kültürünün hazırlanması ve ardından antibiyotik çıkarılması ile yıkama ve yeniden süspansiyon ile yapılmasını ve bitki dokularına gen taşınması için dönüşüme hazır bir süspansiyon oluşturulmasını göstermektedir.

Kaynak: Chen, Y. ve diğerleri. Caenorhabditis elegans modelinde Aeromonas enfeksiyonunun virülansı ve patogenezi değerlendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, C. elegans kullanılarak Aeromonas patogenezini modellemek için bir hayatta kalma testini gösteriyor; burada bakterilerin ağızdan yutulması bağırsak enfeksiyonu ve ölüme yol açarak canlı bir konak sisteminde bakteriyel virülansın nicel olarak değerlendirilmesini sağlıyor.

İnsan kolorektal kanser hücrelerinden türeyen deri altı ksenograft tümörleri taşıyan bağışıklık eksikliği olan farelerle başlayın.Tedavi edilen fareye oral yolla, tüketim için güvenli ve antikanser proteini salgılaması için tasarlanmış bir laktik asit bakterisi olan Pediococcus pentosaceus uygulanır.Kontrol faresine tuzlu su verin.Asite toleransı olan bakteriler, midenin asidik ortamında hayatta kalır ve bağırsağa ulaşır.Orada, bağırsak lümenini kolonileştirir ve antikanser proteini...

Uyluğa deri altına yerleştirilmiş katı tümörler taşıyan farelerle başlayın.Farelere kuyruk damarı üzerinden salmonella typhimurium'un virülent olmayan, mühendislik ürünü bir suşunu enjekte edin.Bakteriler kan dolaşımında dolaşır ve hipoksik, immünsüprese sahip tümör mikro ortamında seçici olarak birikir.Hücrelere nüfuz eden bir peptid ve pro-apoptotik proteinin mitokondriyal hedef domaininden oluşan terapötik füzyon peptidini kodlayan plazmid taşırlar; ayrıca faj kaynaklı lizis proteinleri...

Kaynak: Chen, Y. ve diğerleri. Caenorhabditis elegans modelinde Aeromonas enfeksiyonunun virülansı ve patogenezi değerlendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, besin sınırlı sıvı ortamda solucanların hayatta kalmasını ölçerek bakteriyel virülansı değerlendirmek için kullanılan C . elegans Aeromonas ile Sıvı Toksisite Testini gösteriyor. Test, C. elegans'ta toksin kaynaklı hasar ve ölüm oranına dayalı suş özgül patojenikliği ortaya koymaktadır.

Kaynak: Nag, D. ve diğerleri. Yetişkin Zebrafish modelinde Vibrio kolera kolonizasyonu ve ishalinin nicelendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, antibiyotiklere dirençli Vibrio cholerae stürüyle enfekte olmuş yetişkin zebrafishlerde bağırsak bakteri yükünü niceliklendirmek için bir protokolü göstermektedir. Ötenazi ve diseksiyon sonrası, bağırsak sistemi izole edilir, cam boncuklarla homojenleştirilir ve bakteriler serbest bırakılmak için işlenir. Ortaya çıkan homojenat, seçici bir ortama...

Kaynak: Nag, D. , et.al. Yetişkin Zebrafish modelinde Vibrio kolera kolonizasyonu ve ishalinin nicelendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, yetişkin zebra balıklarının patojenik Vibrio cholerae sturu ile aşılanmasını ve bağırsak kolonizasyonunu ve hastalık sonuçlarını incelemeyi göstermektedir. Bakteriyel toksinlerin bağırsak bütünlüğünü nasıl bozduğunu, bu da balıkların daha fazla analiz için hazırlanmadan önce sıvı sızıntısına, mukus salgılanmasına ve sulu ishale neden olduğunu gösteriyor.

Kaynak: Patras, K. A., Doran, K. S. Grup B Streptococcus vajinal kolonizasyonunun fırın modeli. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, enfeksiyonu modellemek için Grup B Streptococcus ile hormon tedavisi görmüş dişi bir farenin vajinal aşılanmasını ve hazırlanmasını göstermektedir. Bakterilerin nasıl kültürleneceği ve hazırlanacağı, aşının vajinal lümene nasıl uygulanacağı ve enfeksiyonun başarılı olmasını nasıl sağlayacağı açıklar.

Kaynak: Patras, K. A. & Doran, K. S. Grup B Streptococcus vajinal kolonizasyonunun fırın modeli. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, bir fare modelinde vajinal Grup B Streptococcus (GBS) yükünün ölçülmesini örnekleme ve kromojenik kültür kullanılarak göstermektedir. Fare vajinal lümeninde GBS yükünü nicelikten ölçmek için örnek toplama, kaplama ve koloni sayımı adımlarını özetler.

Kaynak: Conover, M. S. ve diğerleri, J. Fare Modelinde İYİS ve KAUTI'nin Kuruluşu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Exp. (2015)Bu video, dişi bir farede transüretral kateter montajı ve implantasyonunu, ardından kateterle ilişkili idrar yolu enfeksiyonunu belirlemek ve biyofilm aracılı konak-patojen etkileşimlerini araştırmak için bakteriyel aşılama prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Flores, E. ve diğerleri. Zebrafish larvalarında gıda kaynaklı enfeksiyonlar için protozoan paramecium caudatum aracı olarak kullanılması. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, zebrafish larvalarında floresan E. coli enfekte paramecia ile beslenerek gıda kaynaklı bakteriyel bağırsak enfeksiyonu modeli oluşturma yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Wang, Y. ve diğerleri. Biyolüminesans görüntüleme kullanılarak çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii yanık enfeksiyonlarında antimikrobiyal mavi ışık tedavisinin in vivo araştırması. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, farelerde biyolüminesans, ilaca dirençli bakterilerin neden olduğu yanık yarası enfeksiyonlarının mavi ışık tedavisiyle tedavi prosedürünü ve ardından tedavi etkinliğini izlemek için biyolüminesans görüntüleme yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Ditkowski, B. ve diğerleri. Greft dokularına bakteriyel yapışkanlığı incelemek için paralel plaka perfüzyon sisteminin in vitro modeli. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, paralel plakalı akış odası kullanılarak floresan etiketli bakterileri damar greft dokuları üzerinde perfüze etme yöntemini göstererek, kesme akış koşullarında bakteriyel yapışma ve erken patogenezin kontrollü analizini mümkün kılmaktadır.

Kaynak: Beernink, B. M. ve diğerleri. Mısır fidanlarının doğrudan agroinaşılanması, rekombinant foxtail mozaik virüsü ve şekerkamışı mozaik virüsü bulaşıcı klonlarla enjeksiyon yapılmasıdır. J. Vis. Exp. (2021)Bu video, gen susturma için rekombinant viral klonların Agrobacterium aracılı olarak mısır fidanlarına aktarılmasını gösteriyor. Agrobakteriyel enfeksiyon, sistemik viral yayılım ve RNA girişimiyle ilgili fenotipik değişiklikler sürecini özetlemektedir.

Kaynak: Gupta, K. ve diğerleri. Escherichia coli'nin pielonefrit fare modeline intrarenal enjeksiyonu. J. Vis. Exp. (2017).Bu video, anestezi altında bir sıçanının böbrek pelvisine intrarenal enjekte edilerek lokal bir böbrek enfeksiyonu indükte edilmesini ve akut pielonefriti modellemesini göstermektedir. Konu, sonraki analizler için tekrarlanabilir in vivo enfeksiyon modeli oluşturmak için gerekli temel cerrahi adımları ve aseptik teknikleri vurgular.

Kaynak: Behera, R. K. ve diğerleri. Enfekte dokularda bakteriyel gen düzenlemesini incelemek için floresans tabanlı bir yöntem. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, enfekte fare böbrek dokusunun hazırlanması, DNA'nın boyalanması ve bakteriyel gen ekspresyonunun çift floresan muhabirler kullanılarak tespit edilmesi için bir yöntem gösterilmektedir. Kırmızı tüm bakterileri işaretlerken, yeşil enfeksiyona duyarlı hücreleri vurgular.

Kaynak: Brzozowski, R. S. ve diğerleri. Bakterilerde subhücre protein lokalizasyonunu ve hücre morfolojisindeki değişiklikleri araştırmak için canlı hücre floresan mikroskobi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, bakterilerde gerçek zamanlı morfolojik değişiklikleri görselleştirmek için canlı hücre floresans mikroskopisini göstermektedir. Yüksek çözünürlüklü görüntüleri gerçek zamanlı elde etmek için görüntüleme, zaman geçişi ve dekonvolüsyonda kullanılan adımları özetler.

Kaynak: McMullen, P. D., Freitag, N. E. Listeria monocytogenes kullanılarak enfekte farelerde kültürde kardiyak hücrelerin bakteriyel invaziyası ve kalp kolonizasyonunun değerlendirilmesi. J. Vis. Exp. (2015)Bu video, bir farenin kuyruk damarına Listeria monocytogenes'in enjekte edilip sistemik enfeksiyon oluşturulmasını gösteriyor. Bakteriyel dolaşımı, organ kolonizasyonu ve dokuyu homojenleştirerek, seri seyreltme ve kaplama yoluyla kalpteki bakteri yükünün nicelendirilmesini gösterir.

Kaynak: Zhan, Y. ve diğerleri. Foto ağartma, Cyanobacterium Prochlorococcus'taki ftsZ halkasının süper çözünürlüklü görüntülenmesini sağlar. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, büyüme düzenleyici proteinlerin floresans görüntülemesini iyileştirmek için soğuk koşullarda ksenon ışığı kullanılarak siyanobakteriyel hücrelerde pigmentlerin fotobeyazlaştırma prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Zhang, M. ve ark., Tek bir bakteride deuteryum dahil edilmesinin uyarılmış raman saçma görüntülemesi ile hızlı antimikrobiyal duyarlılık testi. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, sömürücü etiketli metabolik aktiviteyi takip ederek antibiyotiklere karşı hassasiyeti değerlendirmek için uyarılmış Raman saçılma mikroskobunun uygulanmasını göstermektedir. Karbon–döteryum sinyallerini izleyerek yöntem, dirençli ve hassas bakteri popülasyonlarının hızlı tespitini sağlar.

Kaynak: Hiroyasu, A., D ve diğerleri, Drosophila melanogaster larvalarından hemositlerin çıkarılması ve mikrobiyal enfeksiyon ve analizi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, Drosophila larvalarında bakteriyel enfeksiyonun oluşturulması için bir mikrobakteri damlasına yerleştirilip tungsten iğneyle delinerek uygulanır. Larvalar, daha sonra oluklu, besin açısından zengin bir agar plakasında kuluçka edilip konakçı-patojen etkileşimleri incelenir.

Kaynak: Hiroyasu, A. ve diğerleri. Drosophila melanogaster larvalarından hemositlerin mikrobiyal enfeksiyon ve analiz için ekstraksiyonu. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, Coxiella burnetii ile enfekte olmuş Drosophila melanogaster hemositlerinin yüksek çözünürlüklü konfokal görüntülemesini sunarak patojenin lokalizasyonunu 3D olarak görselleştirerek hücre içi enfeksiyon dinamikleri ve konak-patojenler etkileşimlerinin ayrıntılı analizini mümkün kılmaktadır.

Kaynak: Rufián, J. S. ve diğerleri. Bitki dokusunda Pseudomonas Syringae genlerinin tek hücreli analizi. J. Vis. Exp. (2022).Bu video, floresan etiketlenmiş transkripsiyon faktörü kullanılarak bitkiden ekstra edilmiş patojenik bakterilerde gen ifadesinin tek hücre düzeyinde analiz edilmesi için bir yöntem gösterilmektedir. Konfokal görüntüleme, virülans gen ifadesinde heterojenliği ortaya koyarak klonal bakteri popülasyonundaki fonksiyonel çeşitliliği ortaya koyuyor.

Source: Montefusco-Pereira, C. V. et al. P. aeruginosa Infected 3D Co-Culture of Bronchial Epithelial Cells and Macrophages at Air-Liquid Interface for Preclinical Evaluation of Anti-Infectives. J. Vis. Exp.(2020)This video demonstrates a co-culture model of bronchial epithelial cells and macrophage-like cells at the air-liquid interface to study host-pathogen interactions. Pathogenic bacterial infection compromises epithelial membrane integrity, triggering macrophage-like cell activation and...

Source: Nguyen, J. Q., et. al. Intratracheal Inoculation of Fischer 344 Rats with Francisella tularensis. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the procedure of intratracheal inoculation in an anesthetized rat, involving catheter placement, bacterial delivery into the trachea, and subsequent lung infection establishment for studying host-pathogen interactions.

Source: Claes, J., et al, In Vitro and In Vivo Model to Study Bacterial Adhesion to the Vessel Wall Under Flow Conditions. J. Vis. Exp. (2015).This video demonstrates an in vivo method for analyzing shear-dependent bacterial adhesion in a live mouse model. Following surgical preparation and catheterization, the mesenteric vasculature is exposed for real-time imaging under a fluorescence microscope. Perfusion with an ionophore and fluorescently labeled bacteria reveals how shear stress triggers...

Source: Poore, K., et al. Epithelial Cell Infection Analyses with Shigella. J. Vis. Exp. (2024)This video demonstrates an in vitro assay to assess Shigella invasion and intracellular replication in human colonic epithelial monolayers. It highlights steps for infection, antibiotic selection, host cell lysis, and recovery of intracellular bacteria for downstream analysis.

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

Kaynak: Morgan, E. ve diğerleri. Bağırsak mikrobiyomu bakterilerini zenginleştirmek amacıyla yabani caenorhabditis nematodlarının seçici temizlenmesi. J. Vis. Exp. (2021)Bu video, yabani Caenorhabditis solucanlarından ilgilenen bağırsak bakterilerinin izole edilmesi için bir protokolü göstermektedir. Solucanlar önce açlıktan kurtulup yıkanarak yüzeylerinden ve bağırsak lümenlerinden kalan besleyici bakterileri yok ederken, hedef mikropları korur. Yüzey temizliği ve birden fazla sürünme...

Kaynak: Petersen, C. ve ark., Model Nematod Caenorhabditis elegans'ın Doğal Mikrobiyotasının İzolasyonu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, Caenorhabditis elegans ile ilişkili bakteri türlerinin izolasyonu ve yetiştirilişini göstermektedir. C. elegans'ın boncuk bazlı lizisi ve ardından seçici kültürleme, çeşitli mikrobiyal suşların daha ileri analiz için izole edilmesini sağlar.

Kaynak: Liu, X. ve diğerleri. Antibiyotikle aranmış sivrisineklerle bakteriyel ağız beslenme testi. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, sivrisinek midgutunun bağırsak bakterilerini izole etmek için diseksiyonunu gösteriyor. Midgut, sindirim sisteminden çıkarılır, bakterileri serbest bırakmak için homojenleştirilir ve besin agara kaplanır ve bakteri kolonileri kültürlenir.

Normal bağırsak mikrobiyotasına sahip bir kontrol faresi ve eksik bağırsak mikrobiyotasına sahip deneysel bir fare alın. Tükenme, bağırsak bariyerinin bütünlüğünü tehlikeye atar.Bu, bakterilerin kan damarı üzerinden karaciğer dokusuna taşınmasını sağlar.Her iki fareye hepatit B virüsü veya HBV plazmidi enjekte ederek karaciğer dokusunda HBV enfeksiyonu oluşturabilirsiniz.Kontrol faresinde, T hücresi enfekte bir karaciğer hücresini reseptörlerinin viral antijenlerle etkileşimi yoluyla tespit...

Bir ortamda askıya alınmış bakteriyel biyosensör kültürü ile başlayın.Bu mühendislik yapımı bakteriler, belirli bir fekal metabolite bağlandığında, floresan bir raporlayıcı geniyle ilişkili bir promotor aktifini aktive eden bir transkripsiyon faktörü üretir.Bu kültüre, konak-mikrobiyom etkileşimlerinde yer alan laktat gibi metabolitleri içeren filtrelenmiş bir insan dışkısı örneği eklenir.Bu karışımı taze bir ortamla seyrelterek optimal reaksiyon hacmini koruyun.İnsan bağırsak ortamını taklit...

Bakteriyel kolonizasyonu desteklemek için üst azı dişlerine dikişler bağlanmış bir fare modeliyle başlayın.Dikişleri jel benzeri bir çözeltiyle diş eti hastalığına neden olan ağız patojenik bakterisiyle tekrar tekrar sürürün.Bakteriler, dikişlerin etrafındaki diş etini kolonileştirir.Kolonizasyon iltihabı tetikler ve dokulara zarar verir.Bakteriler, hasarlı dokular aracılığıyla yayılan ve kan dolaşımına giren toksinler salgılar.Dolaşımdaki bu toksinler bağırsağa ulaşır, iltihapa olur, epitel...

Kaynak: Yang, E. ve diğerleri. İdrar yolu enfeksiyonunun fare modelinden oluşturulan tek hücre içi bakteri topluluklarının izolasyonu, sonraki tek hücreli analiz için. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, enfekte fare mesanesinden hücre içi bakteri toplulukları içeren tek epitel hücrelerinin ağız mikropipetleme kullanılarak manuel izolasyonu göstermekte, idrar yolu enfeksiyon modellerinde canlı konakçı ilişkili E. coli popülasyonlarının tek hücreli analizini mümkün kılmaktadır.

Kaynak: Chen, Y. ve ark., Caenorhabditis elegans modelinde Aeromonas Enfeksiyonunun Virulansı ve Patogenezi Değerlendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, patojenik Aeromonas suşları kullanılarak C. elegans (Caenorhabditis elegans) üzerinde kas nekrozu testini göstermektedir. Aeromonas tohumlu plakalarda yeşil floresan protein (GFP) ekspresyonu olan solucanları besleyerek analiz, bakteriyel enfeksiyonu modeller ve floresan görüntüleme yoluyla doku hasarını ortaya çıkarır. Kas yapısının ve GFP...

Kaynak: Hu, Y. et.al., Endobiyotikler ile İnsan Bağırsak Mikrobiyotası Arasındaki Etkileşimlerin In Vitro Banyo Fermantasyon Sistemleri Kullanılarak Analizi. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, insan bağırsak mikrobiyotasının ekzopolisakkaritlere karşı kısa zincirli yağ asidi üretiminin analizini göstermektedir. Bu, mikrobiyal fermantasyon ürünlerinin ayrılmasını ve gaz kromatografisi kullanılarak nicelendirilmesini vurgular. Sonuçlar, ekzopolisakkaridlerin bağırsaktaki konak-patojen dinamiklerini...

Kaynak: Lo, B. C. ve diğerleri. Kronik Salmonella enfeksiyonu bağırsak fibrozisine neden olmuştur. J. Vis. Exp. (2019)Video, streptomisin dirençli Salmonella typhimurium ile kronik enfeksiyonun fare modelinde bakteriyel yükün nicelendirilmesini gösteriyor. Ötenazi ve steril diseksiyondan sonra, çek ve dalak dokuları toplanır, bakteriler salınmak için çelik boncuklarla homojenleştirilir ve seri olarak seyreltilir. Sulandırmalar seçici agar'da kaplanır ve görünür koloniler sayılır; böylece...

Kaynak: Figueroa, D. ve diğerleri. Antimikrobiyal peptit lokalizasyonunu karakterize etmek için bakteriyel sferoplastlar ve protoplastların üretimi ve görselleştirmesi. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, çubuk şeklinde, gram-negatif bakterilerden sferoplastların hazırlanmasını gösteriyor. Bakteriler, bir antibiyotik varlığında yetiştirilerek uzun filamentler oluşturur. Bunlar hipertonik bir çözeltiyle yıkanır ve dış hücre duvarını çıkarmak için liz tamponu ile işlenilir. Hipotonik tedavi, soğutulmuş...

Kaynak: Sigal, N. ve diğerleri. Makrofaj Hücrelerinde Hücre İçinde Yetiştirilen Listeria monositogenlerinden RNA Arındırma. J. Vis. Exp. (2016).Bu video, enfekte kemik iliği kaynaklı makrofajlardan (BMDM) içselleştirilmiş patojenik bakterilerin izole edilmesini gösteriyor. Bakterilerin konak hücrelere bağlanmasına izin verilir ve bağlanmamış bakteriler yıkanır. İçselleştirmeden sonra, içselleştirilmeyen bakterileri yok etmek için bir antibiyotik eklenir. Konak hücreler lizediliyor,...

Kaynak: Temkin, M. I. ve diğerleri. Mikrobiyal etkileşimlerin araştırılması için yüksek verimli ortak kültür testleri. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, Corynebacterium propinquum ile Staphylococcus arasındaki mikrobiyal etkileşimleri bir ortak kültürde incelemek için in vitro testi sunmaktadır.

Kaynak: Madenspacher, J. H. ve Fessler, M. B. Farelerde deneysel bakteriyel zatürrenin indüksiyonu ve fenotiplenmesi için invaziv olmayan ve teknik olarak yoğun olmayan bir yöntem. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, enfekte bir farenin dalağındaki bakteri yükünün niceli olarak belirlenmesi ve enfeksiyonun şiddetini değerlendirme sürecini göstermektedir. Homojenize dalak seri olarak seyreltilir ve plakalanarak toplam bakteri yükü belirlenir. Ortaya çıkan veriler, sistemik doku içindeki konak-patojen...

Çoklu kuyulu plakada insan idrar mesane epitel hücrelerinin kültürlerini alın.Kontrol kültürünü, bakteriyel yüzeyde pili, tüy benzeri yapılara sahip patojenik bir bakteri olan vahşi tip Enterobacter cloacae ile kuluçka edin.Pili alt birimi, konak hücre reseptörüne bağlanır ve vahşi tip bakterileri konak hücreye sabitler.FimH içermeyen mutant Enterobacter cloacae ile deneysel kültürü kuluçka altına alın.FimH olmadan, mutant bakteriler konak hücrelere yapışamaz.İnkubasyon sonrası, bağlanmamış...

Patojenik bir bakterinin antibiyotik dirençli suşunun süspansiyonlarını ele alın.Bir süspansiyonu kısa ve zarı bozan bir antibiyotik bileşiğiyle, diğerini ise hem kısa bileşik hem de daha uzun, membran aralaşan bir bileşik ile tedavi edin.Her iki süspansiyonu da kışkırtma ile inkubasyon yapın. Bu bileşikler, lipid çift tabakalı yapıyı taklit eder ve bakteriyel zarlara kendiliğinden yerleşmelerini sağlar.Kısa bileşik zarın kalınlığının sadece bir kısmını kaplar ve yapısal uyumsuzluk yaratır. Bu...

Kaynak: Brown, A. O. ve diğerleri. Streptococcus pneumoniae'nin kardiyak mikrolezyonlar içinde görselleştirilmesi ve ardından kardiyak yeniden şekillendirme. J. Vis. Exp. (2015).Bu video, fare kalp dokusundaki bakteriyel mikrolezyonların mikroskobik görselleştirilmesini göstermektedir. Streptococcus pneumoniae ile enfekte olan bir farenin kalbi, koronal kesitler için işlemeden önce toplanır, yıkanır ve sabitlenir. Bu bölümler hematoksilin ve eozin ile boyanır ve mikroskob altında incelenir;...

Kaynak: Pava-Ripoll ve diğerleri. Bireysel pislik sineklerinden gıda kaynaklı bakteriyel patojenlerin tespiti. J. Vis. Exp. (2015)Bu video, patojenlere özgü tabletler kullanarak zenginleştirilmiş sinek örneklerinden hedef bakteriyel DNA'yı amplit eden PCR tabanlı bir yöntemi gösteriyor; bu yöntem, bireysel böceklerde gıda kaynaklı patojenlerin varlığını doğrulamak için gerçek zamanlı floresans tespiti ve erime eğrisi analizini mümkün kılar.

Kaynak: Calatayud Arroyo, M. ve diğerleri. In vitro bağırsak konak-mikrob arayüzünde sentetik bakteriyel konsorsiyumunun uygulanabilirliğinin değerlendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018).Bu video, bakteriyellerin canlılığını incelemek için in vitro bağırsak konakçı-mikrop modelini gösteriyor. Caco-2 ve HT29-MTX hücrelerinin ortak kültürü, simüle edilmiş sindirim koşullarında önceden işlenmiş bakterilerle kuluçka geçirilir. Epitel bariyer bütünlüğü transepitelyal elektriksel direnç kullanılarak...

Kaynak: Chen, H. ve diğerleri. Narenciye Yeşilleştirici Pathogen Candidatus liberibacter spp.'nin Geleneksel PCR kullanılarak narenciye yaprağı dokusu örneklerinde spesifik ve doğru tespiti. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, patojenik bir bakteriyle enfekte edilmiş narenciye yaprağı dokusundan toplam genomik DNA'nın çıkarılmasını gösteriyor. Protokol, floem sınırlı patojenin PCR tabanlı tespiti için güvenilir DNA geri kazanımı sağlar.

Source: Pett, N., et al. T4 Bacteriophage and E. coli Interaction in the Murine Intestine: A Prototypical Model for Studying Host-Bacteriophage Dynamics In Vivo. J. Vis. Exp. (2024).This video demonstrates the in vivo interaction between T4 bacteriophage and E. coli in the murine intestine, and the fecal spot plating method to quantify their coexistence by measuring bacterial colonies and phage plaques.

Source: Alshehri, M. et. al., Organotypic Tissue Model Systems for Investigating Host-Pathogen Interactions In Vitro. J. Vis. Exp. (2025)This video demonstrates a co-culture model using multi-species oral biofilms and human oral epithelium. It highlights epithelial immune activation and enables the downstream analysis of host-pathogen interaction.