Doğal Dinamikler Görselleştiricisi, Gen Düzenleyici Ağ Çıkarım Ardışık Düzeninden Çıktıları Değerlendirmek ve Görselleştirmek için etkileşimli bir uygulama

Inherent Dynamics Visualizer, çeşitli çıkarım yöntemleriyle çalışmayı ve sonuçlarını araştırmacıların anlamasını kolaylaştırır ve bu da işlevsel ağ modellerinin üretiminin hızlandırılmasına olanak tanır. Inherent Dynamics Visualizer'ın ana avantajı, aşağı akış adımlarının parametrelerini ve giriş dosyası içeriğini bilgilendirmek için ara sonuçları görselleştirmek ve keşfetmektir. Inherent Dynamics Visualizer, çeşitli çıkarım araçlarından elde edilen sonuçların araştırılmasını ve anlaşılmasını kolaylaştırır.

Ancak, parametre seçimlerinin sonuçları nasıl etkilediğini daha iyi anlamak için her aracın belgelerine başvurmanızı öneririz. Düğüm bulma adımını parametreleştiren yeni bir IDP yapılandırma dosyasında, veri dosyasını eşit, ek açıklama dosyasına eşit, çıktı dosyası eşit, sayı işlemi eşit ve IDV bağlantısını tek tek satırlarda true'ya eşit yazın. Veri dosyası için eşittir imzalamadan sonra, ilgili zaman serisi dosyasının yolunu ve adını addan sonra virgülle yazın.

Ek açıklama dosyası için, ek açıklama dosyasının yolunu ve adını yazın. Çıktı dosyası için, sonuçlar klasörünün yolunu ve adını yazın. Ve sayı işlemi için, IDP'nin kullanması gereken işlem sayısını yazın.

Ana bağımsız değişkenlerden sonra aynı metin dosyasına, sunulan sıraya DLxJTK bağımsız değişkenlerini eşit köşeli ayraç dönemleri ve tek tek satırlara eşit DLxJTK kesmeleri olarak yazın. Dönemler için, bir kerelik seri veri kümesi kullanılıyorsa, her dönem uzunluğunu eşittir işaretinden sonra virgülle ayırarak yazın. Birden fazla kez seri veri kümesi için, her dönem uzunluğu kümesini eskisi gibi yazın, ancak her kümenin etrafına köşeli ayraçlar yerleştirin ve kümeler arasına virgül yerleştirin.

DLxJTK kesmesi için, eşittir işaretinden sonra, JTK-CYCLE tarafından De Lichtenburg tarafından gen listesi dosyası çıktısında tutulacak maksimum gen sayısını belirten bir tamsayı yazın. Ardından, belirtilen komutu terminalde uygun dosya adıyla çalıştırarak oluşturulan yapılandırma dosyasını kullanarak IDP'yi çalıştırın. Terminalde, Inherent Dynamics Visualizer adlı dizine gidin ve belirtilen komutu girin.

Ardından bir web tarayıcısında gösterilen URL'yi girin. Ardından, düğüm bulma sekmesine tıklayın ve açılır menüden ilgi çekici düğüm bulma klasörünü seçin. Gen listesi tablosunu genişletmek veya kısaltmak için yukarı veya aşağı okları tıklayın veya DLxJTK dereceli genlerin gen ekspresyonunun yanındaki kutuya bir ile 50 arasında bir tamsayıyı manuel olarak girin.

Gen listesi tablosunda, gen ifade profilini ve çizgi grafiğini görüntülemek için bir genin yanındaki kutuya tıklayın. Birden fazla gen eklenebilir. Ardından, indirme gen listesi düğmesine tıklayarak gen listesini kenar bulma adımı için gereken dosya formatına indirin.

Düzenlenebilir gen ek açıklama tablosunda, bir geni hedef, düzenleyici veya her ikisi olarak etiketleyin. Bir gen bir düzenleyici ise, geni bir aktivatör, represör veya her ikisi olarak etiketleyin. Son olarak, ek açıklama dosyasını kenar bulma adımı için gereken dosya biçimine indirmek için ek açıklama dosyasını indir düğmesine tıklayın.

Kenar bulma adımını parametreleştiren yeni bir IDP yapılandırma dosyasında, gen listesi dosyası için, oluşturulan gen listesi dosyasının yolunu ve adını, eşittir işaretinden sonra girin. Kenar puanı sütunu için PLD veya norm kaybı girerek, kenarları filtrelemek için LEM py çıktısından hangi veri çerçevesi sütununun kullanılacağını belirtin. Ardından, liste için kenar puanı eşiğini veya sayı kenarlarını seçin ve diğerini silin.

Kenar puanı eşiği seçildiyse, sıfır ile bir arasında bir sayı girin. Liste için sayı kenarları seçilmişse, olası kenar sayısına eşit veya daha az bir değer girin. Ardından tohum eşiği veya çekirdek kenarları seçin ve diğerini silin.

Çekirdek eşiği seçilmişse, sıfır ile bir arasında bir sayı girin. Tohum için sayı kenarları seçilmişse, olası kenar sayısına eşit veya daha az bir değer girin. Ardından, daha önce gösterildiği gibi oluşturulan yapılandırma dosyasını kullanarak IDP'yi çalıştırın.

Çekirdek ağdan kenar eklemek veya kaldırmak için her kenarın bitişiğindeki ilgili onay kutularını tıklatarak kenar tablosundan kenarları seçin veya seçimini kaldırın. Ardından, tohum ağını DSGRN ağ belirtimi biçiminde indirmek için DSGRN ağ belirtimini indir düğmesine tıklayın. Kenar tablosundan ilgili onay kutularını tıklatarak ağ bulmada kullanılan kenar listesi dosyasına dahil edilecek kenarları seçtikten sonra, düğüm listesini ve kenar listesi dosyalarını ağ bulmada kullanımları için gereken biçimde indirmek için düğüm ve kenar listelerini karşıdan yükleme seçeneğine tıklayın.

Çekirdek ağ dosyası, kenar listesi dosyası ve düğüm listesi dosyası için ağ bulma adımını parametreleştiren yeni bir IDP yapılandırma dosyasında, çekirdek ağ dosyasının ve kenar ve düğüm listesi dosyalarının yolunu ve adını girin. Aralık işlemleri için, eşittir işaretinden sonra virgülle ayrılmış iki sayı yazın. Birinci ve ikinci sayılar, sırasıyla ağ başına düğümlerin veya kenarların eklenmesi veya kaldırılması için minimum ve maksimum sayıdır.

Num komşuları için, ağ bulmada kaç ağ bulunarak bulunılacağını gösteren bir sayı girin. Ve maksimum params için, bir ağa izin vermek için en fazla DSGRN parametre sayısını temsil eden bir sayı girin. Düğüm eklemek, kenar eklemek, düğümü kaldırmak ve kenarı kaldırmak için, sıfır ile bir arasındaki değerleri eşittir işaretinden sonra girin.

Sayılar bire kadar olmalıdır. Daha sonra, daha önce gösterildiği gibi oluşturulan yapılandırma dosyasını kullanarak IDP'i çalıştırın. Kenar yaygınlığı tablosu oluşturmak için, aşağıdaki iki seçeneği kullanarak ağları seçin.

Birinci seçenek için, çizimin x eksenine ve y eksenine karşılık gelen giriş kutularına minimum ve maksimum değerler girerek sorgu sonuçlarına alt ve üst sınırları girin. İkinci seçenek için, eklenecek ağların etrafına bir kutu çizmek için dağılım pilotını tıklatıp sürükleyin. Giriş sınırlarını seçtikten veya girdikten sonra, seçili ağlardan kenar yaygınlığını al düğmesini tıklatın.

Ardından, seçimden tek bir ağ görüntülemek için ağ dizini giriş kutusuna bir tamsayı girin. Ardından, görüntü ağını DSGRN ağ belirtimi biçiminde indirmek için DSGRN ağ belirtimini karşıdan yükleyin'e tıklayın. Her kenara karşılık gelen onay kutularını kullanarak, ağa dahil edilecek kenarları veya benzerlik analizi için kullanılan motifi seçin.

Ardından, seçilen motif veya ağ için benzerlik dağılım pilotlarını oluşturmak için gönder'e tıklayın. Bir ağ veya ağ kümesi seçmek için, scatterplot'u tıklatıp sürükleyin. Kenar yaygınlığı tablosu oluşturmak ve ilgili sorgu sonuçlarıyla birlikte ağları görüntülemek için eklenecek ağların etrafına bir kutu çizin.

İndirme tablosuna tıklayarak kenar yaygınlık tablosunu indirin. Ardından, daha önce gösterildiği gibi DSGRN ağ belirtimini indir'e tıklayarak benzerlik analizi için görüntüleme ağını indirin. Bu protokol maya hücre döngüsünün çekirdek osilatör gen düzenleyici ağına uygulanmıştır.

IDP'nin her adımını adımlar arasında IDV kullanmadan ardışık olarak çalıştırmanın sonuçları burada gösterilmiştir. IDP'nin bu tam parametreli çalışması düğüm ve kenar bulma için sonuçlar üretti. Ancak ağ bulmada, model kabul edilebilir ağlar keşfedilmedi.

Daha sonra Saccharomyces genom veritabanından bilinen bir dizi maya hücresi döngüsü düzenleyicisi seçildi ve izlenen mayadan genler arasındaki bilinen düzenleyici ilişkiler çıkarıldı. Gen listesi tablosu, gen düzenleyici ağ modelinde kalan geni bulmak için genişletildi ve aynı modelde bulunmayan genleri çıkarmak için genlerin seçimi kaldırıldı. Yeni gen listesi ve ek açıklama dosyasıyla kenar bulma adımı için yeni bir IDP yapılandırma dosyası parametreleştirildi ve sonuçlar IDV'ye yüklendi.

Deneysel kanıtı olmayan kenarlar tohum ağından çıkarıldı. Deneysel kanıtlarla iyi desteklenen bir tohum ağı oluşturduktan sonra, ağ bulma adımında 24'ü kararlı bir şekilde salınım yapabilen 37 model kabul edilebilir ağ bulundu. Bu 24 ağdan en iyi performans gösterenler, verileri salınımlı model parametrelerinin%50'sinde eşleştiren iki ağdı.

Ağ oluşturma sırasında kenarları kaldırma özelliği eklendiğinde, bu ağların%67'sinin kararlı bir şekilde salınım yapma kapasitesine sahip olduğu 612 ağ bulundu. İlginçtir ki, istikrarlı salınımlı dinamiklere sahip 82 ağ, verilerde görülenlere benzer dinamikler üretemedi. Ve 411 ağdan 124'ü verilere sağlam eşleşmeler sergiledi.

Biyolojik olarak uygulanabilir parametre alanı DSGRN tarafından bilinmemektedir, ancak düğüm ve kenar bulgusunda biyolojik bilgilerin dahillanması, ağ bulmayı tüm ağların alanında biyolojik olarak makul bölgelere sınırlamaya yardımcı olur. Kenar bulma adımından parametreleri kullanarak ağların ODE modellemesi, ağların silikodaki işlevselliğini daha fazla test etmek için gerçekleştirilebilir.