$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
يستخدم
تداخل كريسبر أو CRISPRi متغيرا غير نشط من Cas9 ، dCas9 ، لإسكات الجينات المستهدفة ، والتي تثبط وظيفة الجينات.
لإجراء CRISPRi ، استخدم بنية ناقل مكوكي - بلازميد يحتوي على أصول النسخ المتماثل المقابلة لكل من بكتيريا الإشريكية القولونية والبكتيريا Leptospira ، مما يسهل التكاثر في كلا النوعين.
يحتوي
المتجه أيضا على تسلسل خاص بجين dCas9 والحمض النووي الريبي أحادي التوجيه أو sgRNA ، للتعرف على التسلسل المستهدف.
في البداية ، يكون ناقل المكوك موجودا داخل المتبرع بكتريا قولونية. استكمل ثقافة الإشريكية القولونية المانحة بالمضيف Leptospira لتسهيل الاقتران. يؤسس الاقتران اتصالا مباشرا من خلية إلى خلية بين الكائنات الحية ، مما يسهل امتصاص البلازميد المكوكي بواسطة Leptospira. داخل الخلية ، ينتج بناء البلازميد تسلسلات sgRNA ويعبر عن بروتينات dCas9.
يحتوي sgRNA على منطقة فاصل أولي تتعرف على منطقتها المستهدفة التكميلية على الحمض النووي Leptospira ، بالقرب من الشكل المجاور للفاصل الأولي أو PAM - تسلسل التعرف القصير على الحمض النووي المضيف. يساعد هذا dCas9 على تكوين مركب مع sgRNA في الموقع المستهدف في اتجاه مجرى النهر إلى موقع بدء نسخ الجينات.
dCas9 من مركب sgRNA-dCas9 لا يحتوي على النشاط التحفيزي لشق خيوط الحمض النووي ، وبدلا من ذلك ، يعمل كحاجز مادي لحركة إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي المكونة للرنا المرسال ، مما يثبط في النهاية نسخ الجينات. استخدم Leptospira الصامتة جينيا لمزيد من الاختبارات.
للاقتران ، تزرع خلايا Leptospira عند 29 أو 37 درجة مئوية في وسائط HAN. قبل يوم واحد من الاقتران ، تزرع خلايا الإشريكية القولونية المانحة في وسائط LB المكملة بحمض ديامينوبيميليك - DAP ، وسبيكتينومايسين.
بعد ذلك ، في يوم الاقتران ، قم بزراعة ثقافات الإشريكية القولونية المشبعة في LB بالإضافة إلى DAP. داخل غطاء السلامة الحيوية ، قم بتجميع جهاز الترشيح عن طريق وضع مرشح الغشاء أعلى القاعدة الزجاجية ، متبوعا بقمع زجاجي سعة 15 مل. يتم تثبيت كلتا القطعتين معا بواسطة مشبك الزنبرك. ثم قم بتوصيل الزجاج بمضخة تفريغ. أضف 5 مل من مزارع Leptospira إلى القمع.
بعد ذلك ، أضف الإشريكية القولونية سلالة β2163 التي تحتوي على البلازميد المهم. سيختلف الحجم وفقا للكثافة البصرية للثقافة. نحن نهدف إلى نسبة الخلية 1: 1. أدر مضخة التفريغ. الآن ، سوف تمر السوائل عبر الغشاء ، وستتركز الخلايا فوقه.
خذ الفلتر وضعه على لوحة EMJH بالإضافة إلى DAP ، بحيث يكون الجانب البكتيري لأعلى. احتضان الألواح عند 29 درجة مئوية لمدة 24 ساعة. ثم استرجع المرشحات من الألواح ، وضعها في أنبوب مخروطي سعة 50 مل.
استخدم 1 مل من وسائط HAN السائلة لاستعادة الخلايا من المرشح عن طريق سحب العينات. تصور الخلايا المستردة عن طريق الفحص المجهري للمجال المظلم.
في هذه المرحلة ، يمكن رؤية أعداد مكافئة من الإشريكية القولونية واللبتوسبير. يتم استخدام 100 إلى 200 ميكرولتر لنشر البكتيريا على لوحين HAN يحتويان على سبيكتينومايسين. في هذه المرحلة ، يتم حذف DAP ، ولن تنمو الإشريكية القولونية. يتم تحضين الصفائح عند 37 درجة مئوية و 3٪ ثاني أكسيدالكربون 2. يجب أن تكون المستعمرات واضحة بين 8 إلى 10 أيام.