التصور والتقدير الكمي للبيانات الخلوية عاليه الابعاد باستخدام سيتوسياست وأساليب التجميع المنبع FlowSOM و Cytosplore

البيانات المتولدة عن القياسات السيكية معقدة وتحتاج إلى تصور بطريقة فعالة وبسيطة. Cytofast هو الأسلوب الذي يسلط الضوء على أنماط المناعة داخل الخلايا المناعية يحدد المجموعات الفرعية الخلية التي ترتبط العلاجات السريرية أو المجموعات التجريبية. يمكن تطبيق Cytofast بعد أي طريقة البلورات مثل FlowSOM أو Cytosplore.

وسوف تسمح لك لاكتشاف مجموعة فرعية الخلية التي ترتبط العلاج السريري أو مجموعة تجريبية. مع هذه الطريقة، سوف تكون قادرا على رؤية نظرة عامة مناعية للبيانات في لمحة بطريقة كمية. تبدأ بإنشاء مجموعات مع Cytosplore أو FlowSOM.

إذا كان استخدام Cytosplore، تحميل ملفات FCS بالنقر فوق الملفات وفتح FCS الملفات. ثم حدد عامل مساعد لتحويل ArcSinh الزائد عند المطالبة وانقر على إضافة علامة عينة فريدة كقناة. حدد تشغيل HSNE لتشغيل مستوى HSNE من ثلاثة وانتظر حتى يتم إنشاء الخريطة.

على مستوى HSNE الأول، تحقق من الخلايا التي تكون موجبة لـ CD161 عن طريق تحديد الخلايا الموجبة CD161 والنقر بزر الماوس الأيمن على التكبير في التحديد. في المستوى الثاني، كرر الإجراء للوصول إلى المستوى الثالث مع أحداث إيجابية فقط CD161. بمجرد إنشاء آخر خريطة TSNE، حفظ الكتل التي تم تعريفها بواسطة Cytosplore بالنقر بزر الماوس الأيمن على الخريطة واختيار حفظ الكتل.

اختيار الدليل من ملفات الإخراج كما يطالب به Cytosplore وملاحظة هذا الموقع لأنه سيتم استخدامها في وقت لاحق لتحميل ملفات FSC في R.Use الأحرف بسيطة اسم فقط عند إعادة تسمية ملفات الإخراج التي سوف تجعل تحديد ومزيد من التعامل أسهل وحفظ حدد. تحميل الملفات إلى R مع readcytosploreFCS وظيفة المعينة. لتنظيف البيانات، قم بإزالة بعض المعلمات مثل الوقت والخلفية عن طريق التحقق من موضع العمود المرتبط بالمعلمات غير الضرورية وإزالته من المصفوفة.

بعد ذلك، إعادة ترتيب علامات بحيث يتم عرض علامات النسب أولاً متبوعاً بعلامات وظيفية. ربط ملف البيانات الوصفية بالبيانات التي تم إنشاؤها من Cytosplore عن طريق تحميل ملف تعريف جدول البيانات الذي يحتوي على معلومات سريرية. لتنفيذ نظام المجموعة بواسطة FlowSOM، قم بتحميل البيانات الأولية التي تم إليها مسبقاً ببوابات على أحداث إيجابية CD161 في R مع القراءة.

flowSet دالة. حدد العلامات البيولوجية ذات الصلة عن طريق اختيار الأعمدة المناسبة وتحويل البيانات بطريقة ArcSinh5. تطبيق عامل مساعد من خمسة باختيار cofacter = 5 في الدالة.

تجميع البيانات باستخدام الدالة FlowSOM ومقارنة FlwoSOM و Cytosplore باختيار لتجميع البيانات في 10 مجموعات فرعية نفس الإخراج الذي تم إنتاجه من قبل Cytosplore. ثم تعيين كل خلية إلى المجموعة الفرعية التي تم التعرف عليها وعينة ID.Load ملف بيانات التعريف في R التي تحتوي على تعيين المجموعة وربطه بملفات FCS باستخدام التعليمات البرمجية من مخطوطة النص. إنشاء قائمة CF استناداً إلى إطار البيانات التي تم الحصول عليها من FlowSOM.

ثم إعادة ترتيب علامات لتظهر على نحو مماثل لإخراج من تحليل Cytosplore. قبل إنشاء مخططات الحرارة، قم بإنشاء جدول العد لكل عينة باستخدام خلية الدالةالكون. لأن بعض الكتل تحتوي على خلايا أقل من غيرها، قم بتحجيم البيانات لكل كتلة عن طريق تحديد مقياس = true داخل الدالة مما يجعل من السهل رؤية التشتت بين العينات.

تصور البيانات مع خريطة الحرارة ثم تصور مع رسم مربع عن طريق توليد عدد الخلايا ولكن ليس قياس البيانات للحصول على تردد كل كتلة. وأخيراً، تصور شدة التعبير من علامات CD45 و CD11c و CD54 من خلال الإشارة إلى أسماء العلامات وإدراجها في دالة رسم MSI. تدير Cytofast العديد من المخرجات الممكنة بما في ذلك الخريطة الحرارية لجميع المجموعات المحددة في التحليل وتستند إلى تعبير العلامة.

يمثل التشعب في الأعلى التشابه الهرمي بين المجموعات المحددة. تعرض اللوحة العلوية خريطة حرارية أخرى تعرض الكمية النسبية للمجموعات الفرعية المقابلة في كل عينة. وفي الوقت نفسه، يظهر التخطيط المتعرج على اليمين التشابه بين العينات استنادًا إلى ترددات فرعية مما يدل على أن النمط الظاهري للخلايا القاتلة الطبيعية يتشكل من خلال علاج PD-L1 بعد ثلاثة أيام من الحقن.

ويمكن الحصول على خرائط الحرارة مجتمعة ل FlowSOM تليها Cytofast وCytosplore تليها Cytofast. ويمكن أيضا أن تستخدم Cytofast لعرض البيانات كميا وعرض النتائج في مؤامرة مربع. ميزة أخرى يتم تضمينها في حزمة Cytofast هي دالة رسم MSI التي تظهر مخطط كثافة الإشارة المتوسط لكل علامة لكل مجموعة.

هذه الوظيفة تسمح بالكشف عن التغيرات العالمية مثل الزيادات في التعبير عن CD54 أو CD11c في الخلايا القاتلة الطبيعية من مجموعة PD-L1 المعالجة. هذه التقنية هي طريقة سريعة لتصور البيانات وقياسها كميا ويمكن استخدامها لاكتشاف الاستجابات الخلوية الجديدة بعد العلاج. بعد هذا الأسلوب، يمكن استخدام حزمة الاختبار العمومي في R لاختبار مجموعة من المتغيرات covariates اقتران مع متغيرات الاستجابة.

وهذا سوف تظهر العلاقة بين كل مجموعة فرعية والنتيجة السريرية.