2019年2月19日
基于软件的图像分析系统为研究匍匐茎和根状茎物种的形态提供了一种替代方法。该方案可用于测量匍匐茎和根状茎的长度与直径,适用于生物量较大的样品,并可应用于多种不同物种。
该方法可解答不同作物(如草坪草、草甸和牧场)匍匐茎和根状茎生长与形态方面的关键问题。该技术的主要优势在于,即使样品生物量较大、通常仅以重量作为参数的情况下,仍可测量匍匐茎和根状茎的长度。使用土壤钻取样器采集样品。
采集地上生物量及适当深度的土壤层,具体深度取决于物种,以确保收集到匍匐茎和根状茎。或者,使用取样框确定采集的表面积,并用铁锹采集样品。用实验室标签纸标记每个样品。
为了清洗生物量样品,将样品置于一个筛孔直径为0.5至1.5毫米的大筛子中,具体孔径取决于匍匐茎或根状茎的大小。筛孔应足够小,以保留所有匍匐茎和根状茎,同时足够大,以便去除土壤颗粒。用一股水流清洗样品,水流力度应足以去除土壤颗粒,但不会损伤植物。
取出洁净的样品,将其放置在铺有纸巾的托盘中,并注意对托盘进行适当标记。使用剪刀进一步清理样品,去除根系和叶片。在此过程中,根据需要分离匍匐茎和根状茎,并记录额外信息,例如植株数量、分蘖数以及每株的匍匐茎数量。
将匍匐茎和根状茎放入已标记的纸袋中。将样品置于WinRHIZO标准扫描设备的透明塑料托盘上。使用实验室镊子手动摆放匍匐茎和根状茎,以尽量减少重叠。
较大的样本可能需要分割成子样本。将托盘放置在扫描仪表面,然后打开扫描仪并启动程序运行。若需对已保存的图像进行进一步控制,可通过选择“图像采集参数”命令,在“图像”菜单中检查图像的 dpi。
为了准确分类属于扫描器官的像素,请选择“根部背景区分”命令,检查阈值和分析结果。在“图像”菜单中选择“图像采集参数”命令,确认整个托盘表面将被扫描。现在,查看扫描图像上方图形区域中显示的按直径分布的器官分级。
通过点击图表的横轴,选择20个等宽的类别,每个类别的间隔为0.1毫米。此功能可在匍匐茎或根状茎未完全清理干净时,排除属于根系或小型器官的数据。文献报道指出,大多数草坪草种的根系直径小于0.2毫米。
运行第一个样品的扫描,并检查编辑是否允许进行良好的分析。按照软件说明保存图像。最后,根据软件选项进行分析处理,并使用样品标签对图像和分析结果进行标注。
继续扫描所有样品。为测量干重,将已扫描的样品置于已去皮的铝制托盘中,放在精密电子天平上,记录其去皮重量。对所有已扫描的样品重复此步骤。
将所有样品放入设定为105摄氏度的烘箱中,干燥24小时。第二天,取出样品,等待组织重量稳定后,连同样品的皮重一起称量所有样品。
从记录的重量中减去皮重,以获得每个样品的净重。图中展示了田间试验的示例结果,比较了四种草坪型狗牙根品种的匍匐茎和根茎长度密度。2014年7月采集的样品中,营养繁殖品种Patriot与Tifway之间,以及种子繁殖品种La Paloma与Yukon之间的匍匐茎长度密度存在显著差异。
在根茎方面,Patriot 的长度密度最高,其次是 Tifway 和实生品种。Patriot 品种在整个研究期间的匍匐茎长度密度从 2014 年 3 月到 2014 年 7 月呈增加趋势,自 2014 年 7 月至 2015 年 7 月则未发生显著变化。在 2013 年 10 月和 2014 年 3 月采集的样品中仅发现少量根茎。
2014年7月,根茎长度密度增加,并达到最高值;但在2014年10月再次下降。进行该操作时,需注意选择具有代表性的样品,分析前仔细清洗匍匐茎和根茎,并利用软件选项设置直径分级的宽度,确保分析中仅包含匍匐茎和根茎。
本文介绍了一种基于软件的图像分析系统,旨在研究匍匐茎和根状茎物种的形态学特征。该方案可用于测量具有显著生物量的样品中匍匐茎和根状茎的长度与直径。
对匍匐茎和根状茎等植物结构进行准确的形态学表征,有助于农业科学和天然产物发现中的靶点验证。数字图像分析能够实现对结构特征的高通量测量,提高表型筛选工作流程中的预测可靠性。该方法减少了对低通量人工方法的依赖,增强了早期发现阶段大规模样本研究的可扩展性。
该方法通过提供可量化的形态学输出结果,为靶点可信度评估和通路分析提供依据,适用于从早期发现到临床前研究的工作流程。