2021年8月11日
此处,我们介绍一种从4龄幼虫阶段分离活性核提取物的详细方案 秀丽隐杆线虫 并可视化转录活性在其中的活动 体外 系统
该方案填补了秀丽隐杆线虫(C.elegans)生化研究中的技术空白,拓展了其作为模式生物的应用价值。此技术既简单又可靠,能够稳定地分离出具有功能活性的秀丽隐杆线虫核提取物。首先,将同步化的L1期线虫接种于10个含有大肠杆菌OP50的150毫米线虫生长培养基平板上,在20摄氏度条件下培养48小时,直至线虫发育至L4期。
配制好低渗和高渗缓冲液后,用70%乙醇充满Balch匀浆器的研磨腔以进行清洗。随后用去离子水冲洗研磨腔,以去除残留的乙醇。将碳化钨球放入研磨腔中。
用盖子封闭 Balch 匀浆器筒的两端,并用提供的拇指螺丝固定盖子。然后按照文本稿件中的描述,每份样品准备 5 毫升完全低渗缓冲液和高渗缓冲液。接下来,用无菌的 2 毫升注射器吸取 1 毫升完全低渗缓冲液,轻轻冲洗 Balch 匀浆器的研磨腔,使约 500 微升的完全低渗缓冲液留在腔内。
将冲洗后的匀浆器置于冰上,冷却30分钟。用M9缓冲液收集喂养充分的L4期动物至15毫升锥形管中,在1,000 × g离心3分钟。弃去上清液,并继续洗涤动物沉淀,直至上清液澄清。
随后用 3 毫升冷的低渗缓冲液洗涤动物样品,并如前所述再次离心。去除上清液中的低渗缓冲液后,向动物沉淀中加入 1 毫升完全低渗缓冲液,将动物悬液转移至一个新的无菌 2 毫升注射器中。为在冰上匀浆动物样品,轻轻推动注射器使动物样品通过装有钨球的 Balch 匀浆器研磨腔。
然后将动物样本重新收集到注射器中,重复此操作30次。经过30次匀浆循环后,从Balch匀浆器中收集尽可能多的动物悬液,并将注射器尖端朝下置于1.7毫升微量离心管中保存。取出钨珠,并用去离子水清洗研磨腔。
干燥后将球放回相应标记的试管中。然后将直径为7.9880毫米、间隙为12微米的钨球插入研磨室,并重新密封匀浆器。再次用1毫升冰冻的完全低渗缓冲液冲洗研磨室。
按所示方法研磨悬浮液25次。将动物悬浮液转移至一支洁净的1.7毫升离心管中,并将悬浮液置于冰上保存。通过离心沉淀动物体及碎片。
用移液器将40微升上清液转移至标记为输入组分的离心管中,并将该组分置于冰上保存。将剩余的上清液转移至一个新的1.7毫升离心管中,注意不要扰动沉淀,然后离心以沉淀细胞核。随后,将上清液(不要扰动已沉淀的细胞核)转移至另一个标记为胞质组分的新1.7毫升离心管中。
为洗涤细胞核沉淀,向沉淀中加入500微升完全低渗缓冲液,重悬沉淀,并在4摄氏度下以4,000 × g离心5分钟。离心结束后,将细胞核沉淀重悬于500微升新鲜的完全低渗缓冲液中,再次按上述条件离心样品。然后将沉淀溶解于40微升完全高渗缓冲液中。
将核悬液转移至新标记为“核组分”的1.7毫升离心管中,置于冰上保存。使用荧光定量试剂盒测定三个组分的蛋白质浓度。将核组分分装至含有6微克核蛋白的单次使用离心管中,于干冰与乙醇混合物中快速冷冻。
将样品储存在零下80摄氏度,直至进一步使用。代表性凝胶图像显示了使用CMV启动子DNA模板时,秀丽隐杆线虫L4幼虫核提取物的转录产物。成功分离出有活性的核蛋白后,在体外转录中产生一条132个碱基对的条带;而分离不成功则导致条带微弱或无条带出现。
请务必清楚标记完整的缓冲液。不合适的缓冲液可能损害核蛋白的功能。同时,保持匀浆器处于冰冻状态,以防止蛋白质变性。
开发这一技术使研究人员能够测量秀丽隐杆线虫(C.elegans)在应激条件下的RNA转录速率,结果表明该动物的转录速率会随环境条件的变化而改变。
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该方案填补了秀丽隐杆线虫(C. elegans)生化研究中的技术空白,拓展了其作为模式生物的应用价值。本方法能够稳定地分离出具有功能活性的秀丽隐杆线虫核提取物,并可在体外系统中实现转录活性的可视化检测。
本方案解决了利用秀丽隐杆线虫(C. elegans)进行生化检测时的一个关键技术难题,能够稳定分离出功能活性的核提取物。该方法在不损害蛋白质活性的前提下克服了线虫角质层破碎的挑战,从而拓展了秀丽隐杆线虫在靶点验证和机制研究中的应用价值。通过提供可靠的体外转录检测结果,该方法增强了基因调控研究的可预测性。
该方法适用于早期发现阶段的工作流程,可提供经过生物化学验证的核提取物,将遗传学发现与功能检测相衔接。