Moleculaire veerconstante analyse door biomembrane force probe spectroscopie

Deze video beschrijft stapsgewijze procedures voor het gebruik van Biomembrane Force Probe of BFP om de moleculaire veerconstante te meten. In krachtsonde is BFP onlangs opgedoken in het inheemse celoppervlak of in SITU Dynamic Force Spectroscopie-analyse. Het belangrijkste doel van deze techniek is het meten van single molecule binding genetica.

Deze data-analyseprocedure is een eenvoudige maar krachtige boodschap en levert mechanische informatie op, met name de dynamische kracht en ontsteking van het celmembraan dat moleculen tot expressie brengen. Tijdens de BFP-experimentcyclus kan het microbioom van de sonde met de rode bloedcel en probate, de doelcel en de moleculaire binding van de ligandreceptor tussen de sonde en het doelwit worden beschouwd als een serie verbonden hersensysteem. Op basis van de wet van Hooke is de reciproke van de totale veerconstante van een reeksgeschakeld veersysteem gelijk aan de som van de inverse veerconstante van elke afzonderlijke component, zoals de vergelijking laat zien.

De veerconstante van rode bloedcellen wordt berekend op basis van gebeurtenissenbeweging, die afhankelijk is van de radiaal van de sondemicropipette in de opening. De rode bloedcel, het cirkelvormige contactgebied tussen de rode bloedcel en de probate en de micropipet aspiraterende druk. De BFP-weggegevens worden verkregen door een zelfgemaakt virtueel instrument voor linkse weergave, dat de beweging van de doelmicropipet regelt door een PA-vertaler.

Een volledige PFP-aanraakcyclus bestaat uit vijf fasen. Approach.Impinge.Contact. Intrekken en dissociëren. In het begin wordt de Robusto APICS-positie aangeduid als X is gelijk aan 0 in zwarte deshine.

Het doelwit wordt vervolgens aangedreven door een stuk of vertaler om de robusto te impeneren en te comprimeren om negatieve probate beweging te veroorzaken. Je notult het als X kleiner dan nul in rode streepjeslijn. In de retract-fase gaat de rode busto-apex van de X kleiner dan nul-positie terug naar de X gelijk aan nulpositie, aangeduid als de compressiefase.

Als er een binding wordt gevormd tussen het ligandreceptormolecuulcomplex, zou de rode bloedcel verder verschillen van andere positieve richtingen. Deze X-periode groter dan nul wordt de trekfase van de terugtrekkingsfase genoemd. De terugtrekkingsfase is het meest kritieke deel om de veerconstante van het molecuul van binding te bepalen.

Verzamel kracht versus tijd weggegevens met behulp van het BSP-data-acquisitieplatform. Elke experiment registreert meestal 50 tot 200 aanraakcycli, Open de PFP-gegevensanalysesoftware. Klik op het gele mappictogram en selecteer het bijbehorende rijgegevensbestand door erop te dubbelklikken.

We staan op het programma. Klik vervolgens op de pijlknoppen omhoog en omlaag om tussen gebeurtenissen te schakelen. De uitsluitingscriteria voor uitschieters gebruiken om ongeldige gebeurtenissen uit te schermen.

Selecteer het exporterende gegevenstype dat wordt gedwongen om tijd op te maken en kies het juiste tijdsbereik. Klik op de knop Plotgegevens exporteren. De geëxporteerde gegevens worden standaard opgeslagen als tekstbestand.

Dit tekstbestand bevat twee kolommen met gegevens. Het is de eerste kolom die de tijd daddies vertegenwoordigt en de tweede kolom die de overeenkomstige kracht op elk tijdstip vertegenwoordigt. Plot de kracht versus tijd curve met behulp van spreadsheets software om de geforceerde versus verplaatsing curve te verkrijgen.

Vermenigvuldig de tijdswaarde van elk gegevenspunt met de PSO-beweging van Willow Steel. Nul het eerste gegevenspunt door de kleinste verplaatsingswaarde van elk gegevenspunt af te trekken. Deze horizontale transformatie heeft geen invloed op de daaropvolgende berekening van de veerconstante.

In de kracht versus verplaatsingscurve verschilden twee verschillende actorgroepen als de nieuwe krachthelling kan worden geïdentificeerd. Elk vertegenwoordigt de compressiefase en de 10-stijlfase. Pas een regressielijn toe aan elke gegevensgroep.

De lijn met steilere helling vertegenwoordigt de totale veerconstante bij een compressorfase aangeduid als K1. En de lijn die het kleinst was, vertegenwoordigt de lijn in deze 10-stijlfase, aangeduid als K2.As die ik heb genoemd, de totale veerconstante is de reciproke van de zoon van de serieveerconstante van elk onderdeel. Tijdens de drukfase van de beat-to-cell-modus wordt de moleculaire binding niet uitgerekt, daarom wordt de moleculaire bindingsveerconstante niet in aanmerking genomen. De veerconstante van de doelcel wordt beschreven als de weergegeven vergelijking waarbij K1 de totale veerconstante tijdens de compressorfase vertegenwoordigt.

In de 10-stijlfase van de beat to sell-modus is de totale veerconstante de zon van de uverse veerconstante van de moleculaire binding van rode bloedcellen. En de doelcel, gebruik de weergegeven vergelijking om de molecuulbindingsveerconstante te berekenen, die K2 de totale veerconstante vertegenwoordigt. Je leest de 10 stop fase.

In de beat to beat-modus, aangezien B-vervorming verwaarloosbaar is, benadert de term die de inverse van de doelcelveerconstante beschrijft nul, daarom is de totale veerconstante in de compressorfase gelijk aan de veerconstante van rode bloedcellen die als de volgende vergelijking wordt weergegeven. In de trekfase kan de veerconstante van de moleculaire binding worden berekend door het effect van de rode bloedcel af te trekken als de volgende vergelijking. Verzamel veerconstanten van de zijwind integrerende houding B, Beta 3-complex, de K562-cel en de Febrifugine-integrerende houding B Beta drie complex, bereken het gemiddelde en de standaarddeviatie van de afgeleide veerconstanten op pick een Newton- of nanometerschaal.

Nu zou u een beter begrip moeten hebben van wat de vereisten zijn voor het meten en de veerconstante uit de VFD-gegevens. De verschillen tussen de beat to cell-modus en de beat-to-beat-modus moeten worden opgemerkt. Verschillende molecuul presenterende dienst zal verschillende afweer hebben voor de maat van de veerconstante.

Kortom, deze stapsgewijze procedure beschrijft hoe moleculaire veerconstanteanalyse kan worden uitgevoerd met behulp van BFP. We voorzien dat er in de toekomst inspanningen zullen worden geleverd om de BFP-gegevensverzameling en DFS-analyse te automatiseren en te integreren in één computerrustprogramma. Het maken van de gehele BFP operatie data analyse gebruiksvriendelijker en high throughout.