Görüntü Analizi için Saat Tarama Protokolü: ImageJ Eklentileri

Bu saat tarama protokollerinin genel amacı, seçilen ilgi bölgelerinin içindeki, sınırı boyunca ve/veya dışındaki ortalama piksel yoğunluğunun hızlı bir şekilde karakterize edilmesini sağlamaktır. Bu yöntem, temel soruları yanıtlamaya yardımcı olabilir ve görüntü analistlerine belirli ilgi alanlarındaki ortalama piksel yoğunluğu hakkında bilgi verebilir. Buradaki saat tarama tekniğinin ana avantajları, tek veya birden fazla ilgi bölgesinde yörüngeden ortalama piksel yoğunluğunu hızlı bir şekilde karakterize etmek için kullanılabilmesidir.

Standart saat taraması analizi için, ilgili bir görüntü dosyasını açmak için uygun ImageJ programındaki Dosya menüsü altında Aç'ı seçin. Örneğin, burada, ilgilenilen bir protein için etiketlenmiş nöronlara sahip bir doku bölümü analiz edilecektir. Uygun bir çizim aracı seçin ve ilgilendiğiniz bölgeyi ana hatlarıyla belirtin.

Standart saat tarama protokolünü, açılır seçenek penceresini açmak için Dosya menüsünden Eklentiler ve Saat Taraması'nı seçin. Anahattın otomatik olarak eklendiği ilgi alanı yöneticisi penceresi de açılacaktır. Eklenti seçenek penceresinde, ilgilenilen bölgenin merkezindeki x ve y koordinatlarını uygun şekilde değiştirmek için kaydırma çubuklarını kullanın.

Nesnenin dışındaki arka plan bölgesinin ne kadarının tarama tarafından kapsanması gerektiğine bağlı olarak, tarama sınırlarını ayarlamak için tarama sınırı kaydırma çubuğunu kullanın. Deneysel olarak uygun olan gerçek yarıçapı, arka planı çıkar, kutupsal dönüşümü ve/veya standart sapma onay kutularıyla çiz'i seçin. Ardından, eklentiyi çalıştırmak için Tamam'ı tıklayın.

Analiz tamamlandıktan sonra, daha fazla analiz için sayısal verilere erişmek için list komutunu kullanın. Birden çok bölgenin saat taraması analizi için, birden çok ilgi alanı içeren bir görüntü dosyası açın. Örneğin, burada, az önce gösterildiği gibi, aynı doku bölümü içinde yakalanan bir çerçeve paneli analiz edilecektir.

Analiz Et'i, ardından Araçlar'ı ve ardından İlgi Alanı Yöneticisi'ni tıklatın ve her bir ilgi alanının ana hatlarını çizmek için uygun çizim aracını kullanın. Segmentlere ayrılmış çizgi aracı, asimetrik ilgi alanlarını seçmek ve arka plan etiketlemesini dışlamak için kullanışlıdır. İlgilenilen her bölgeyi seçili olduğu şekilde yöneticiye eklemek için İlgi Alanı Yöneticisi penceresinde Ekle'ye tıklayın.

Eklentiler menüsünde, protokol seçenekleri açılır penceresini açmak ve tarama sınırını gerektiği gibi sıfırlamak için Çoklu Saat Taraması'nı seçin. Çizimi standart sapma ile kontrol edin ve/veya deneysel olarak uygun olan arka plan kutularını çıkarın. Ardından, iki çıktı grafiği penceresi oluşturacak olan protokolü çalıştırmak için Tamam'a tıklayın.

Bir görüntü yığınının saat taraması analizi için, ilgilendiğiniz bir görüntü yığınını açın. Burada, hücre içi elektrot stimülasyonundan önce ve sonra görüntülenen kalsiyuma duyarlı bir floresan ile etiketlenmiş izole bir dorsal kök ganglionunun bir görüntü yığını analiz edilecektir. Görüntü yığını içinde ilgilenilen bölgeyi ana hatlarıyla belirtin.

Seçilen görüntü yığınını, az önce gösterildiği gibi ilgi alanı yöneticisine ekleyin ve protokol seçenekleri açılır penceresini açmak için Çoklu Saat Taraması'nı seçin. Tarama sınırını gerektiği gibi sıfırlayın ve çizimi standart sapma ile kontrol edin ve/veya deneysel olarak uygun olduğu şekilde arka plan kutularını çıkarın. Ardından, protokolü çalıştırmak için Tamam'a tıklayın ve iki çıkış grafiği penceresi oluşturun.

Floresan olarak işaretlenmiş nöronların bir doku bölümünün bu temsili analizinde, ilgilenilen protein için parlak sinyal aracılığıyla bir ilgi bölgesi çizildi ve ilgilenilen bölgenin merkezinden ana hatlarıyla belirtilen tarama sınırına kadar radyal piksel yoğunluğu taramalarını toplamak için standart bir saat tarama analizi yapıldı. Radyal taramalar, tarama yönündeki ilgi alanı yarıçapına göre normalleştirildi. İlgilenilen proteinin çoğunun hücrenin plazma zarında ölçüldüğünü ortaya koyan entegre bir radyo piksel yoğunluğu profili üretmek için bir ortalama.

Bu analiz için standart sapmalı çizim seçildiğinden, dikey standart sapma çizgileri, tarama kaynağından belirli bir mesafedeki tek tek radyal tarama profillerinin piksel yoğunlukları arasındaki pikselleri gösterdi. Bu analizde, az önce gösterildiği gibi, nöron dokusu örneği içindeki birden fazla ilgi alanı tarandı ve taranan her nesne için ilgi alanı yöneticisine eklendikleri sırayla entegre bir piksel yoğunluğu profili oluşturuldu. Ayrıca, seçilen her ilgi alanı için ortalama bir piksel yoğunluğu profili.

Bu nedenle, bu standart sapma çubukları, tek tek radyal taramalar yerine tek tek nesnelerin integral taramaları arasındaki değişkenliği temsil eder. Burada, hücre içi elektrot yoluyla stimülasyondan önce ve sonra farklı zamanlarda yakalanan izole bir dorsal kök ganglion nöronunun görüntü yığını analizi yapıldı. Analizin sonunda, yığın içindeki farklı görüntülerde ilgilenilen nesnenin tek tek örneklerinin tam bir piksel yoğunluğu profili ve nesnenin tüm örnekleri için ortalama bir piksel yoğunluğu profili görüntülendi.

Ayrıca, saat taranan bir görüntü yığınının standart sapma analizi, görüntü yığını boyunca integral taramalar arasındaki veri değişkenliğini gösterir. Bu videoyu izledikten sonra, saat tarama eklentilerini kullanarak piksel yoğunluklarını nasıl ölçeceğinizi iyi anlamış olmalısınız. Bu eklentileri geliştirmekteki amacımız, bu tür görüntü analizlerini her araştırmacı için ücretsiz olarak kullanılabilir hale getirmekti.

Saat tarama protokolünün biyolojik, kimyasal ve fiziksel görüntüleme uygulamaları dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere birçok araştırma alanı için kullanılacağına inanıyoruz. Bu saat tarama eklentilerini geliştirmeye ve çalıştırmaya devam ettikçe, bu araçların nasıl geliştirileceğine dair ilgili taraflardan gelen her türlü geri bildirimi ve öneriyi takdir edeceğiz.