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在适宜的培养条件下,革兰氏阴性细菌会向培养上清液中释放携带货物的外膜囊泡(OMVs)。这些囊泡大小不均,呈微小的球形结构,可介导细胞间通讯。
为了分离不同大小的OMV亚群,取一个底部带有适当滤膜以支撑基质的空排阻色谱柱。
使用由化学惰性、具有特定孔径的球形珠粒组成的凝胶过滤介质装填层析柱,确保孔径大小能够有效排除大尺寸的外膜囊泡(OMVs)进入珠粒内部。用适当的缓冲液平衡层析柱,防止珠粒干燥,以实现最佳纯化效果。
将含有不同大小亚群的外膜囊泡(OMVs)、蛋白质聚集体和核酸的细菌培养上清液加在柱的顶部。让样品在重力作用下自然流过。
当样品流经层析柱时,较大的外膜囊泡(OMV)因无法进入凝胶珠的孔隙,只能通过凝胶珠之间的间隙流动,从而首先被洗脱出来。与此同时,较小的外膜囊泡可进入基质孔隙,经过更长的路径,随后被洗脱。
由于体积较小,蛋白质聚集体和核酸会进入基质中的各种孔隙,导致它们在柱中保留时间最长,并作为最后的组分被洗脱出来。分别收集不同的OMV洗脱液,并储存以供后续分析。
首先,使用玻璃棒混匀一管凝胶过滤介质,将足以填满层析柱并额外多出约50%的体积倒入玻璃瓶中。静置使凝胶珠沉降,倾去上清液。用洗脱缓冲液重悬凝胶珠,制成终浓度约为70%凝胶和30%缓冲液的溶液,并在真空条件下对溶液进行脱气处理。
将层析柱垂直固定在铁架台上,先用洗脱缓冲液充满层析柱以润湿柱壁,然后排出缓冲液至仅剩约1厘米高。接着,小心地用移液器将凝胶珠加入层析柱中,同时持续排出多余缓冲液,防止凝胶珠沉降,直至凝胶柱床高度距柱上样储液区底部约2厘米为止。
上样前,在真空条件下对洗脱缓冲液进行脱气处理。用约两倍柱体积的洗脱缓冲液冲洗层析柱。当缓冲液流至凝胶层顶端时,小心地将2毫升浓度为100至200纳摩尔每升的外膜囊泡样品加在凝胶层上方,避免扰动凝胶表面,并让样品进入凝胶。
缓慢将洗脱缓冲液加入柱子中,注意不要扰动凝胶层,并在柱子下方放置一个 50 毫升的离心管。为防止柱子干燥,需同时向柱子顶部添加洗脱缓冲液。
收集20毫升洗脱液后,将一排1.5毫升离心管置于层析柱下方,每管收集1毫升洗脱液,共收集96个组分。在收集样品的同时,持续向层析柱中添加洗脱缓冲液。清洗层析柱时,先让1个柱体积的0.1摩尔氢氧化钠溶液流经层析柱,随后再用2个柱体积的洗脱缓冲液冲洗。