$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
取一张含有目标和非目标组蛋白修饰肽或翻译后修饰(PTMs)的微阵列载玻片。
肽被固定 通过 在链霉亲和素功能化的玻片上特定位置偶联生物素。
这些斑点还含有固定的生物素偶联绿色荧光染料,有助于斑点的识别。
加入封闭缓冲液,以防止抗体的非特异性结合。
移去缓冲液,离心以干燥载玻片。
在蜡印机内,用蜡围绕阵列进行边界处理。
用杂交缓冲液平衡芯片。
使用针对目标 PTM 的特异性一抗进行孵育。
加入与一抗结合的红色荧光染料标记的二抗。
去除未结合的抗体,并离心使切片干燥。
使用微阵列扫描仪对玻片进行成像。绿色荧光有助于识别点样位置,而红色荧光表明PTM抗体相互作用,显示抗体的特异性。
对目标 PTM 的识别表明抗体具有特异性,而对非目标 PTM 的识别则表明抗体存在交叉反应性。
根据源板图,将每种肽特征物 1 至 2 微升加入一个或多个 384 孔低容量板中指定的孔内。用含 1% 牛血清白蛋白及每微升 5 微克荧光素标记的生物素的 1× 蛋白质微阵列打印缓冲液将每种特征物稀释十倍。随后,在室温下以 500 × g 离心板子 2 分钟。接下来,清空微阵列打印机的废液容器。用无菌蒸馏水填充加湿器容器中的清洗液。在微阵列打印机软件中输入芯片载片参数。
将洗涤程序设置为单次浸入,洗涤时间1秒,洗涤后将点样针重新浸入5次,湿度设置为60%。然后将包被链霉亲和素的玻片插入基质压板中,将压板装入压板升降器中。将源板插入板架,再将板架装入源板升降器中。运行打印程序。
然后,从仪器中取出基板压盘。将打印好的芯片在1×蛋白质微阵列封闭缓冲液中室温振荡封闭30分钟。接着,在室温、pH 7.6的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中洗涤芯片10分钟。使用新鲜的PBS重复洗涤一次。将芯片在室温下离心30秒以干燥。
接下来,将微阵列石蜡印迹仪预热至 85 摄氏度,持续 30 分钟,或直至石蜡完全融化。然后,将载玻片有印刷面朝下插入支架中,并将支架与印迹仪模具对齐。使模具与载玻片接触,保持两秒钟。随后,迅速将载玻片从支架中取出,检查石蜡边界,确认微阵列已正确封闭。将分隔后的载玻片储存在 4 摄氏度的干燥、避光环境中。
开始杂交步骤时,将分区的芯片载玻片放入塑料培养皿中,并用杂交缓冲液覆盖载玻片。在4摄氏度下低速振荡平衡30分钟。然后在室温下使用基因芯片载玻片离心机离心干燥载玻片。接着,向阵列中至少两个孔各加入5微升组蛋白PTM抗体溶液,在4摄氏度下孵育1小时。
孵育结束后,移除抗体溶液,用预冷的PBS在4摄氏度下洗涤芯片3次,每次5分钟。接着,在避光条件下,将芯片置于荧光染料标记的二抗溶液中,于4摄氏度孵育30分钟。随后,同前法用预冷的PBS洗涤玻片3次。
将芯片浸入室温的0.1×PBS中,以去除多余的盐分,然后在室温下短暂离心以干燥载玻片。使用微阵列扫描仪以至少25微米的分辨率对载玻片进行成像。