2018年2月17日
本文演示了由美国阿贡国家实验室开发的X射线荧光拟合软件MAPS在荧光显微数据定量分析中的应用。所获得的定量数据有助于理解感兴趣样品中的元素分布及化学计量比。
基于同步辐射的X射线荧光是一种重要的技术,可用于观察来自生物学、化学和材料科学等多个领域样品中的元素偏析、化学计量关系及团簇行为。这些研究获得的信息在经过适当的定量处理以将原始荧光计数转换为元素面质量之前,仅为定性结果。本视频将演示如何使用美国阿贡国家实验室开发的定量程序,为二维X射线荧光图谱生成数值信息。
要使用 MAPS 程序,首先需要从互联网下载 IDL 软件。目前可以通过访问 IDL 官方网站并创建一个账户来完成。接着,选择“我的账户”,然后点击“下载”,页面将显示所有可用的程序。
向下滚动并选择最新版本的 IDL。然后可从阿贡国家实验室网站下载 MAPS 软件。下载并解压 zip 压缩包后,应包含四个文件。化合物。
dat、henke.xdr、maps 和 xrf_library.csv。除 maps 外的三个文件应复制并粘贴到名为 lib 的 IDL 子文件夹中。
对于 Windows 计算机,该程序很可能位于 Program Files 目录下的 Exelis 文件夹中。通常情况下,从桌面运行拟合较为方便,但必须确保文件夹名称和路径中不包含任何空格或特殊字符,否则 MAPS 在尝试运行拟合时将产生错误。如果桌面路径中包含空格,请将文件夹放置在其他位置。
例如,直接放在 C 盘根目录下。为了方便演示,我将把拟合文件夹和 MAPS.sav 图标放在桌面上,以便快速访问。
在此文件夹中放置文件 maps_fit_parameters_override.txt 和 maps_settings.txt。这些文件的示例可在支持文档中找到。
接下来创建一个名为 mda 的文件夹,并将选定的高分辨率图谱文件粘贴进去,该文件将用于初始拟合。还应添加标准拟合所需的文件,这些文件的数量取决于扇区所使用的探测器单元数量,可能为一个或四个文件。这些文件用于表示标准样品。
如果使用了AXO标准,则文件应命名为axo_std.mca;否则,如果使用了NIST或其他任何标准,则文件名可以任意,但必须以mca结尾,因为这些文件将在后续步骤中被选中。对于四象限探测器,标准文件和fit_parameter文件应按如下方式命名,从mca0到mca3以及txt0到txt3,并包含一个以txt结尾的fit_parameters文件。
接下来,检查地图设置文件,确认其使用了正确数量的探测器单元。在本例的拟合中,使用了一个探测器单元。在完成拟合文件夹的准备后,打开 MAPS 软件,并将目录更改为桌面上刚刚创建的文件夹。
然后单击“确定”并进入配置界面。配置窗口包含多种用于设置拟合参数的功能。首先,选择与测量所用光束线相对应的光束线。
如果测量是在阿贡国家实验室进行的,则应直接选择对应的光束线。否则,相关文档中会包含有关如何选择的附加信息。接下来,选择将要使用的 mda 文件,然后输入测量所用的入射能量。
选择开始处理并等待程序完成。完成后,转到文件,然后选择第一个选项。打开XRF图像平均值或单个元素。
程序应已创建一系列新文件夹,因此请选择 img 文件夹,拟合文件或 h5 文件将位于此文件夹中。选择与该图谱对应的文件,然后将左侧第二个下拉菜单更改为归一化选项。在此情况下,数据将以上游离子室(USIC)进行归一化。
选择查看方式中的多元素视图,将生成各个元素通道的图像。此时单位为微克每平方厘米,但数值尚不能代表拟合后的实际含量。
进行拟合操作时,需将数据视为来自该图谱中每个像素点的所有光谱之和,可通过进入“查看”菜单,选择“绘制积分光谱”来查看。接下来,进入“生成输出”菜单,选择“导出原始积分光谱序列(长格式)”以保存图像。关闭窗口后,进入“工具”菜单,选择“光谱工具”,加载光谱。
找到刚刚导出到输出文件夹的文件。通常按修改日期对输出文件夹进行排序是查找文件的最快方法,因为每次新的拟合都会更新文件夹中的文件。导出的光谱文件将命名为 intspec,后接光束线名称和扫描编号,扩展名为 txt。
打开谱图后,接着打开 maps_fit_parameters_override 文件。首先检查探测器元素的数量是否正确。然后在“待拟合元素”行中,包含样品中预期存在的所有元素。
请注意,L系元素和M系元素应相应地包含后缀_L或_M。此处已知样品中含有铜,但为演示不完整拟合的情况,将不包含铜。向下滚动,输入相干散射能量的入射能量。
然后在接下来的两行中,输入程序所使用的最大和最小能量范围作为边界。通常情况下,正负 2 至正负 5 keV 的范围已足够。再往下,需确认拟合的最大和最小能量范围应包含所关注元素的能量。
此外,检查线探测器单元的编号是否正确,以对应锗或硅探测器。在文件底部,可以更改拟合中所用探测器通道的名称。有关如何更改这些名称的更多信息,本文中已进行了更详细的描述。
完成修改后,保存文档。然后选择“analysis”(分析)、“fit spectrum”(拟合光谱),此时将弹出一个窗口。在窗口顶部,可以设置拟合的能量范围以及拟合所用的迭代次数。
更改范围后,选择底部四个按钮中的第三个,程序将开始拟合。在谱图工具窗口中,有一系列下拉菜单可用于可视化不同的曲线。在下拉菜单中,将其中一个设置为“拟合”,其余选项均设置为“无”。
在左下角,选择“添加元素”可让用户在光谱中搜索缺失的峰。通过点击加号并逐一查看,可以看出拟合中缺失的峰似乎是铜的 Kα 单峰。对于某些峰,尤其是图像左侧的峰,拟合似乎包含了正确的元素,但其谱线强度与光谱的实际强度相比仍存在明显偏差。
通过增加迭代次数可以改善拟合效果。通常至少需要 50 次迭代才能产生显著差异。现在返回到 fit_parameters 文件,添加铜元素,保存后重新运行拟合,结果显示该峰已被很好地拟合。
在搜索完所有剩余缺失元素后,拟合结果看起来良好。在某些情况下,仍存在一些峰未能完全匹配谱线。例如,在四 keV 处的两个峰对应于铟的 Lg1 至 Lg4 谱线,虽然拟合的元素正确,但拟合结果对峰强度的估值高于实际测量所得值。
这种情况最常发生在 L 线元素上。由于 K 线元素在文献中有已列出的峰强度比,而 L 线的峰高比则对入射能量更为敏感。为了改善这些谱线的拟合效果,首先需要在 fit_parameters 文件中为分支比族调整添加一行。
这些数值表示相对于文献中L1、L2和L3谱线系的相对强度,分别在谱图工具中以黄色、粉色和蓝色线条显示。通常情况下,这些数值可保持为1或与文献值相等,而每条单独谱线的比率将被调整。
在对铟进行分支比调整之前,请注意,L gamma 谱线的分支比均被设置为1。通过观察积分谱可知,文献值过高。通过估算每条能量处绿色线与白线之间的百分比差异,随后调整分支比,保存并重新运行拟合,可以明显改善绿色线与白色谱线之间的拟合效果。
这个过程通常需要尝试几次才能完成,但这是确保拟合准确性的必要步骤。在确定能够产生最佳拟合效果的 fit_parameters 后,再以 10 或 50 K 次迭代重新运行一次拟合。这是因为每次拟合都会更新平均结果的 maps_fit_parameters_override 文件,而该文件将被实际用于后续的拟合过程。
完成最终拟合后,关闭 spec 工具窗口。然后在 maps_fit_parameters 文件中添加 _input,并将生成的平均文件重命名为 maps_fit_parameters_override.txt。完成此操作后,返回配置窗口并选择光束线。
然后勾选“使用拟合”,并将所有需要拟合的 mda 文件复制粘贴到 mda 文件夹中。使用“选择 mda 文件”功能,逐一选中所有需要拟合的文件。入射能量将由拟合过程自动填入。
在窗口右侧,使用加号和减号,逐项点击并勾选包含在 fit_parameters 文件中的元素。某些元素未包含在此列表中,例如铟(indium)就不包括在内。
若需包含铟元素,请框选一个不参与拟合的其他元素区域。然后在ROI名称类别中,将名称更改为所需元素的名称。接下来,使用任意荧光数据库(例如Hephaestus应用程序),查找该元素主能量线对应的能量值。
在此情况下,选择铟的 Lα1 线。继续向下滚动元素列表,直至末尾,并依次选择 S_I、S_E、S_A、TFY 和背景。在左上角,选择“保存设置”以配置文件形式保存拟合参数,供将来使用。
此时,如果拟使用 NIST 标准进行拟合,请选择对应 NIST 标准编号 NBS 1832 或 1833 的按钮,然后从上级文件夹中选择该标准的文件名。完成此操作后,即可开始拟合。
因此请选择“开始处理”以启动。一旦拟合完成,可按照之前的方法,通过进入文件、打开XRF图像、平均值或单个元素,然后进入查看、多元素视图来可视化结果。
使用右下角的选定元素探测器,可以更改正在分析的通道。由此会显示每平方厘米微克数量级的数值,该数值与样品预期值相当。用于估算预期值的计算方法在文稿中有所说明。
例如,此处展示的是硅太阳能电池中主要元素铜、铟和镓的定量数据。由于所使用的入射能量,测量对硒峰不敏感或无法检测到硒峰,因此已将其排除。
通过这些数据,现在可以将样品中各种元素的分布相互关联,进而得出关于单个太阳能电池中不同阳离子在器件内的分布情况及其表现出的不均匀程度的结论。此外,通过进入“查看”菜单并选择“绘制积分谱图”,可以再次查看每个拟合图谱的拟合光谱。在此应能观察到数据的光谱以白色显示,而拟合结果以彩色显示。
这可用于检查所有数据文件的拟合情况,以确保该过程已正确应用于每幅图谱。最后,要导出数据,请进入“生成输出”并选择“导出”,生成地图的组合ASCII文件。这将创建一个Excel文件,其中包含所显示的所有元素的定量荧光数据。
如需更改或添加元素,请使用“选择元素探测器”选项。数据随后可在输出文件夹中找到。本视频已逐步讲解如何使用由阿贡国家实验室开发的MAPS拟合软件对X射线荧光数据进行定量分析。
尽管该方法在多种情况下都非常有用,但仍存在许多特殊情况和挑战,需要额外考虑。这些情况在下文中有更详细的描述,且目前正持续改进相关程序,以进一步提高X射线荧光光谱拟合的准确性。然而,该程序能够将定性的高分辨率二维荧光图谱转化为定量的空间分辨元素含量,从而显著提升了从这些测量中可获得的信息量。
我们希望本次演示有助于您更好地理解X射线荧光显微数据定量分析的过程。感谢观看。
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本研究展示了使用MAPS软件对荧光显微镜数据进行定量分析的方法。所得的定量数据有助于理解样品中元素的分布及化学计量比。
定量分析X射线荧光(XRF)数据可将定性的元素分布图转化为具有空间分辨的定量浓度数据,从而实现对材料成分和异质性的精确评估。该技术通过提供生物及材料体系中元素分布、化学计量比和聚集行为的机制性见解,支持药物发现中的靶点验证。MAPS软件可实现可重复、高灵敏度的分析,为早期发现和临床前研发阶段的决策提供依据。
MAPS 工作流程通过实现定量元素分析,为生物学机制和材料行为提供信息,从而整合到从早期靶点验证、先导化合物发现直至临床前研究的整个发现过程。