2018年10月2日
本方案描述了一种从C. arabica L. 细胞悬浮液中高效提取和定量咖啡因的方法,以及通过检测编码咖啡因合成酶的基因表达水平来评估该酶酶活性的实验流程。
该方法有助于解答分析化学、生物化学和生物技术领域中的关键问题,例如,咖啡因生物合成过程中会发生哪些变化。该技术的主要优势在于,可应用于产生咖啡因的离体植物模型。
首先,向冻干的细胞中加入10毫升丙酮,密封烧瓶后,使用涡旋振荡器混合30秒。然后,在室温下以100 rpm的速度用旋转仪混合样品5小时。之后,用25微升丙酮重新悬浮样品。
首先,取1 µL先前制备的咖啡因提取物点样于硅胶板上。然后,使用10 mL流动相(环己烷-丙酮)在层析缸中展开薄层层析板。使用便携式紫外灯在短波紫外光下观察咖啡因条带。
此后,通过在 273 纳米处进行密度测定来定量咖啡因水平。使用滤纸对先前制备的细胞悬液进行真空过滤。然后,使用瓷研钵在液氮和RNA提取试剂存在下研磨细胞样品,直至匀浆化。
接下来,将500微升样品转移至无菌的微量离心管中。然后加入300微升氯仿-异戊醇和300微升平衡酚。使用涡旋振荡器混匀样品,并在4摄氏度下以20,000G离心15分钟。
此后,将上层相的 300 微升转移至洁净的微量离心管中。然后加入 200 微升异丙醇,并在负 20 摄氏度下孵育 1 小时。向沉淀中加入 1 毫升乙醇。
然后,在12,000G条件下离心10分钟,并倾去液相。接着,在室温下干燥样品1.5小时。随后,用25微升经DEPC处理的水重新悬浮RNA提取物。
首先,将两微克总RNA提取物加入无菌的微量离心管中。然后,加入一微升10X反应缓冲液和一微升DNase。用经DEPC处理的水将反应体系终体积补至10微升。
然后,混匀样品并在2,000G下离心1分钟。接着,将样品在37摄氏度下孵育30分钟。之后,加入1微升50微摩尔的乙二胺四乙酸二钠以终止反应。
将样品在 65 摄氏度下孵育 10 分钟。然后,取 100 纳克 RNA 加样至琼脂糖凝胶,进行电泳。使用凝胶成像系统观察 RNA 的完整性。
首先,将 2.5 µg 总 RNA 加入微量离心管中。然后加入 1 µL 寡聚脱氧胸苷引物,并用无核酸酶水补至终体积为 13 µL。混匀样品后,在 2,000 ×g 离心 1 分钟。
将样品在 65 摄氏度孵育五分钟,随后在 4 摄氏度孵育两分钟。接着,向样品中加入 4 µL 的 5X 反应缓冲液、2 µL 的 dNTP 混合物以及 1 µL 的逆转录酶。
然后,轻轻混匀样品,并在2,000G条件下离心1分钟。之后,将样品在45摄氏度孵育50分钟,再在70摄氏度孵育10分钟。向PCR微型离心管中加入7.5微升2X Taq DNA聚合酶和0.1微摩尔的RAX。
然后,分别加入0.75微升的正向引物和反向引物,以扩增CCS1基因。接着,加入600纳克的cDNA模板。按照文本方案中的描述,使用实时PCR进行扩增反应。
然后,使用PCR软件分析数据。称取一克细胞材料,并用铝箔包裹。将样品研磨后,转移至玻璃小瓶中,加入2.5毫升提取缓冲液。
接下来,在 4 摄氏度条件下,以 20,000G 离心样品 20 分钟。将 500 微升等分试样转移至冻存管中。使用牛血清白蛋白作为标准品,通过双辛可宁酸法在分光光度计上于 562 纳米处测定样品的蛋白浓度。
首先,根据文本方案在微量离心管中配制反应混合液。然后,用 100 毫摩尔/升 Tris-HCl 将总体积调至 200 微升。请注意,在使用放射性物质配制反应混合液时,为确保自身安全,必须严格遵守适当的防护措施。
将微量离心管置于冰上,加入含有七至九毫克蛋白质的可溶性组分。然后涡旋混合物,并在30°C下孵育30分钟。随后,在11,000G下离心5分钟。
然后,小心回收 900 微升体积的样品,并将样品转移至闪烁瓶中。接着,在室温下于通风橱中将氯仿完全蒸发至干燥。向瓶中加入 5 毫升闪烁液。
最后,使用闪烁计数器分析掺入咖啡因的放射活性。在本实验方案中,通过薄层色谱光密度法分析咖啡因的吸光度模式,采用可见光光谱,在最大吸收波长273纳米处进行读数。薄层色谱板上咖啡因的分离曲线显示其Rf值介于0.34至0.39之间。
来自悬浮细胞的RNA显示出28S、18S和5S核糖体RNA亚基的清晰分离,表明样品质量较高。最后,通过qPCR分析获得的熔解曲线显示咖啡因合成酶基因具有单一扩增产物。该技术建立后,为生物技术和生物化学领域的研究人员探索咖啡、茶和可可的次生代谢组织培养铺平了道路。
请注意,操作放射性物质和分子病理学实验可能具有极高危险性,进行本实验时必须采取预防措施,例如佩戴手套、护目镜以及使用放射性材料专用设备。
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本方案描述了一种从阿拉比卡咖啡(C. arabica L.)细胞悬浮液中高效提取和定量咖啡因的方法,并评估了咖啡因合成酶的酶活性。该方法有助于理解植物模型中咖啡因的生物合成过程。
该方案可实现对植物细胞悬浮液中咖啡因生物合成的定量评估,有助于生物碱途径工程中的靶点验证。通过关联酶活性、转录水平与代谢物产出,为代谢工程项目的机制研究提供风险降低支持。该方法可为天然产物发现流程中咖啡因相关靶点的优先排序提供预测性依据。
该方法通过提供咖啡因生物合成过程中酶活性和基因表达的定量输出,融入了从靶点验证到先导化合物鉴定的发现全过程。