2019年1月7日
本方案描述了利用冷冻电子显微镜测定离子通道结构的技术,包括用于在哺乳动物细胞中高效表达基因且操作简便、毒性最低的杆状病毒系统,蛋白质提取、纯化及质量检测,样品载网的制备与筛选,以及数据收集与处理。
本方案使我们能够解析人源TRPC3的结构,TRPC3属于一类重要但研究尚不充分的离子通道家族。该技术的主要优势在于其高效性,可广泛应用于多种蛋白质的表达与纯化,适用于结构与功能研究。该方法可提供高效的蛋白质表达与纯化系统,用于蛋白质生物化学与生物物理学研究,并可推广至多种离子通道及其他膜蛋白的研究。
首先,通过观察病毒生产培养物样品中病毒的GFP荧光来检测相对病毒表达水平。在足够大小的带挡板底部的锥形培养瓶中,制备适量体积的HEK293哺乳动物细胞悬浮培养液,细胞浓度为每毫升350万至380万个细胞,培养基为添加了1%无菌FBS的表达培养基。加入体积比为8%的P2代病毒原液,并在37°C、135 RPM条件下于摇床中孵育。
感染后12至18小时,加入10毫摩尔的丁酸钠,于30摄氏度孵育至蛋白表达达到最佳所需时间。随后,在2,880 × g离心20分钟以收集细胞。每升收获的细胞用约100毫升TBS洗涤并重悬。
再次在2,880 × g下离心20分钟,并收集细胞沉淀。同时在不同时间点收集少量(1毫升)的细胞沉淀样品,在4°C条件下加入不同的去垢剂和/或添加剂,振荡溶解2小时。将这些少量全细胞溶解样品在4°C下以235,000 × g超速离心10分钟,以澄清溶液。
然后,将样品以30微升为一份在尺寸排阻色谱柱上进行分析,以确定最佳表达时间和最佳溶解条件。每升收获的细胞用100毫升缓冲液重悬沉淀并解冻。细胞解冻后,用移液器吹打或搅拌,以确保溶液均匀。
将细胞置于冰浴中的烧杯内,在4°C条件下搅拌溶解2小时。随后,在4°C下以235,000 ×g超速离心1小时,去除细胞碎片。取30 µL上清液样品,通过HPLC在SCC柱上进样,以测定蛋白含量,并通过GFB信号输出观察目标蛋白。
将含有可溶性蛋白的钴亲和树脂结合上清液上样至重力柱中,并收集穿流组分。取30微升穿流组分样品在SCC柱上进行检测,以确认蛋白是否结合到树脂上。随后,用10个柱体积的缓冲液洗涤树脂。
取30微升洗涤液样品在SCC柱上运行,以检测是否存在蛋白损失。用缓冲液洗脱树脂结合的人TRPC3蛋白。取90微升洗脱液样品,按1:100稀释后在SSC柱上运行,以确认蛋白已被洗脱,并验证在与目标蛋白大小相应的位置是否存在GFP信号。
按1:20的摩尔比加入凝血酶,并向洗脱样品中加入10毫摩尔的EDTA。在4摄氏度下孵育三小时。孵育结束后,将洗脱液转移至15毫升离心过滤管中。
在4°C条件下,以2,800 × g离心5分钟,逐步将洗脱液浓缩至500微升或更少。每次离心间用移液器轻轻吹打蛋白溶液,重新悬浮蛋白,防止过度浓缩。将浓缩后的样品加入SSC柱中,并用缓冲液洗脱。
进行快速蛋白质液相色谱,收集每份300微升的组分。随后,根据紫外吸收信号所显示的结果,合并含有TRPC3四聚体的峰组分。再次浓缩至最终浓度至少为5毫克/毫升。
人源TRPC3在临界胶束浓度为0.01至20微摩尔的一系列去垢剂中进行全细胞增溶,并在含有DDM/CHS的缓冲液中进行检测。尽管DDM/CHS对人源TRPC3的增溶效果最佳,但其洗脱峰位置过大,无法对应四聚体形式的人源TRPC3。全细胞增溶后,去除细胞裂解碎片,将增溶后的蛋白上样至SSC柱,并在含DDM/CHS去垢剂的缓冲液中进行HPLC分析,以在不同条件下比较人源TRPC3相对于TRPM4对照的绝对增溶度和洗脱峰体积。
所有不同去垢剂溶解的TRPC3样品均在约11.9毫升处出现洗脱峰,该位置可能过大,因为人源TRPC3的四聚体形式分子量小于阳性人源对照TRPM4。随后测试了两种含有DDM/CHS和皂苷的不同溶解与运行缓冲液。在含有皂苷的缓冲液中跑胶的蛋白样品,其洗脱峰位置相对于阳性对照更为合理,且峰高最高。
尽管使用25毫升细胞进行的小规模纯化显示出多个宽峰,但负染二维分类结果显示该蛋白具有单一人源TRPC3通道四聚体的特征。随后根据人源TRPC3的生理特性筛选添加剂。EDTA在稳定人源TRPC3处于完整四聚体峰位置方面表现出显著作用,显著增加了冷冻电镜显微照片中颗粒的数量,并降低了背景噪声。
最终结果的质量取决于在HPLC上对FSCC谱图进行良好的故障排查,以及快速完成所有纯化步骤,最好在一天内完成。在此过程完成后,可进行结构测定、抗体生成以及功能研究,如结合实验或电生理学分析。
该技术已被并可进一步适用于研究其他离子通道和蛋白质家族,以及制备可用于结构解析以外应用的纯化蛋白质。应采取适当的预防措施以管理细胞培养相关的生物危害,例如在超净工作台内操作、穿戴防护服,并妥善处理废弃物。
查看完整文字稿并访问数千部科学视频
本方案描述了利用冷冻电子显微镜测定离子通道结构的技术,重点介绍基因在哺乳动物细胞中的高效表达。内容包括蛋白质提取、纯化和质量检测方法,以及样品载网制备和数据采集。
确定离子通道(如TRPC3)的结构有助于降低心血管、神经退行性和神经系统疾病治疗靶点的机制性风险。本方案提供了一种可扩展的哺乳动物膜蛋白表达与纯化系统,支持靶点验证和先导化合物的发现。通过实现高分辨率的结构解析,该方法提高了对离子通道调节剂早期发现决策的预测可靠性。
该方法适用于从靶点验证到先导化合物发现,再到临床前特征分析的整个发现流程,尤其适用于以离子通道为重点的研究项目。