优化乳腺活检与乳房切除样本采集流程以用于生物样本库、个体化医学及科研应用

本研究的目标是改进用于生物样本库的癌症样本采集方法，以便通过高质量的RNA测序和类器官培养，实现对菲律宾人群乳腺癌组织的精准个体化治疗。近期进展包括在最近发表的一篇论文中，利用患者来源的类器官和RNA测序技术预测乳腺癌的治疗反应，特别是针对伴有淋巴血管侵犯且与耐药性相关的病例。我们采用超声引导下穿刺活检、RNA测序估算肿瘤细胞比例以及三维类器官培养技术，对乳腺癌组织进行精确分析。

主要挑战包括从小型活检样本中获取高质量的RNA，以及类器官保存过程中的质量问题。因此，在从乳腺癌研究开始后，我们将进一步在更大的菲律宾队列中探索基因表达，并利用类器官测试以下癌症的治疗方法：甲状腺癌、卵巢癌、胰腺癌，以及叶状肿瘤等罕见癌症。首先，在门诊诊所、手术室或其他无菌环境中，于超声引导下设置14号核心针活检枪。

对于每个穿刺样本，从肿瘤中心处采集长约2厘米的乳腺组织作为肿瘤组织样本，同时在距肿瘤1厘米处采集相邻的正常组织。每位患者需采集两种类型的标本：正常组织和肿瘤组织。将每份样本交给研究助理，放入含有PBS溶液的培养皿中。

将九份肿瘤组织样本分为六份用于RNA分析的组织芯和三份用于生物样本库保存的组织芯。使用无菌刀片沿纵向或横向切割每份组织芯。将三份正常组织芯置于培养皿中。

将芯样切成两半并分配用于分析。根据优先级将样品分装到各管中。将一半的芯样放入指定的2毫升冻存管中，每管加入1.25毫升RNA稳定溶液。

将另一部分组织固定在含有10%中性缓冲福尔马林的标本瓶中。填写并提交外科病理学表格及固定后的标本至病理科。乳房切除术后，在记录完成后立即将标本放入洁净的标本袋中，并立即送往实验室病理科，无需添加福尔马林，以减少冷缺血时间。

在大体检查期间获取至少一立方厘米的肿瘤组织块，并将其切成两半。将新鲜的一半组织块均匀分为三份，分别用于RNA测序、生物样本库保存和类器官培养。立即将用于RNA测序的组织放入预先冷却并预先标记、且已加入2.5毫升RNA稳定溶液的5毫升冻存管中。

用于生物样本库时，使用含有相同溶液的5毫升冻存管。用于类器官培养时，使用15毫升锥形管，预先加入5毫升组织保存液和0.01毫升Primocin。将所有肿瘤组织块的三分之一移入一个锥形管中。

获取至少一立方厘米的正常组织块，并将其切成两半，分别用于RNA生物样本库保存和常规组织病理学检查。将组织块转移至预先冷却并预先标记的冻存管中，每管容量为5毫升，内含2.5毫升RNA稳定溶液，用于RNA测序和生物样本库保存。随后用封口膜密封所有冻存管。

在 4 摄氏度下保存 24 小时。然后转移至 -20 摄氏度保存 2 至 4 小时。最后，在 -80 摄氏度下保存。

用封口膜密封冻存管盖。将密封好的冻存管放入试管架中，并用吸水纸和气泡膜包裹。将包好的试管架放入带有温度记录仪的可密封袋中。

将冰袋放置在聚苯乙烯箱底部，然后将袋子放在冰袋上，再在袋子上方放置另一层冰袋。

确保将试管夹在冰袋之间，以保证样本在运输过程中保持低温。将封好的聚苯乙烯盒放入纸板运输箱中，并在密封袋中放入装箱单。密封运输箱并贴上标签。

在将样本移交快递前，记录离库时的冻存管数量和离库时间。在测序文库制备步骤中，有两份样本因RIN值和浓度不同而失败，最终分析中已将其排除。所有样本的测序质量得分均良好，其中超过90%的碱基识别准确率至少达到99.9%。明场成像显示，经新辅助治疗后的三期乳腺癌乳房切除组织成功形成了类器官，低倍和高倍镜下均可见大量类球状结构。