使用下一代测序技术检测非小细胞肺癌中的可靶向基因变异

我的研究旨在发现癌症中的基因突变，以改进诊断和治疗。首先，在实验室信息管理系统中登记样本信息，并填写基因突变检测的知情同意书。使用一次性切片刀，从非小细胞肺癌的福尔马林固定石蜡包埋样本中切取组织切片。

然后进行常规苏木精和伊红染色，以评估肿瘤细胞含量。对于核酸提取，使用切片机将福尔马林固定石蜡包埋的组织块切片，获得切片条带，并将条带放入1.5毫升微量离心管中。将该管转移至自动提取仪上指定的样本输入位置。

接下来，使用配备自动提取试剂盒的自动提取仪器。用自动磁珠法核酸提取系统替代手动移液步骤，然后在仪器上选择 C1102 程序。

选择样本脱蜡孵育时间为16小时，并将洗脱体积设定为100微升。使用分光光度法检测DNA纯度。然后采用含有序列特异性荧光染料的检测试剂盒进行荧光定量分析，以精确测定DNA浓度。

使用超声处理法制备片段化的基因组DNA时，将200纳克基因组DNA溶于50微升低浓度Tris-EDTA缓冲液中。将样品管置于预冷的样品架中，保持在8摄氏度。根据实验方案设定仪器参数，并启动DNA片段化程序。

开始自动化文库制备时，按下电源按钮以启动系统，并等待初始化完成。进入程序设置，选择运行程序，然后选择程序 BurningRock HS。将样本类型设置为高质量 DNA，输入量设为 50 纳克，预 PCR 循环数设为 12，后 PCR 循环数设为 12。然后点击运行以继续操作。

然后将预装的试剂盒插入仪器的指定插槽中，仪器将自动验证试剂的位置和状态。加载样本后，按下启动键以开始自动运行。观察系统上的LED指示灯以监测运行进度。

程序结束后，单击“确定”进行确认，系统将自动把最终文库转移至文库管中，完成文库制备。使用荧光法测定文库前产物和总文库的浓度。将测序文库稀释至1.6 皮摩尔（pmol）和1300 微升（µL），用于测序操作。

通过控制室内温度和室内湿度来调控测序环境。通过验证碱基质量高于Q 30以及簇密度通过过滤标准，完成对仪器输出数据的质量控制。优化后的检测工作流程在代表性肿瘤样本中可靠地鉴定出多种具有临床可操作性的基因组改变。

测序结果表明存在高频的EGFR p. L858R错义突变，并伴有显著的EGFR基因拷贝数扩增。观察到MET基因的中度扩增以及BRAF基因的低水平扩增。

该样本显示出中等水平的肿瘤突变负荷，且微卫星状态稳定。所有靶向基因位点（包括 ALK、BRAF、KRAS 和 ROS1）在四次重复实验中均达到了 100% 的检测率。每个突变在四次重复实验中均被稳定检出，其预期丰度值均保持在正常波动范围内。NJS 可同时检测常见、罕见及 novel 基因，为非小细胞肺癌提供全面的遗传谱型分析。

我们未来的研究将聚焦于将分子病理学与人工智能相结合，以探索肺癌的新生物标志物。