2024年9月20日
複雑なマルチオミクスデータセットの教師なし分析のための柔軟で拡張可能なJupyterラボベースのワークフローを紹介します。これは、さまざまな前処理ステップ、マルチオミクス因子分析モデルの推定、およびいくつかのダウンストリーム分析を組み合わせたものです。
当社のワークフローにより、異なる解像度の複雑なマルチオミクスデータセットを簡単に解析することができます。このアプローチでは、特定のデータ型に対して一意または共有されているバリアントの主要なパターンを抽出し、それらを集計します。結果として生じるいわゆる因子は、分子プロセスや臨床的または技術的な共変量に関連付けることができます。
私たちの分析は、MOFAモデルを複数のサンプルのマルチオミクスおよびシングルセルデータに適用した最初のものの1つです。重要なことに、これらのサンプルは心臓発作患者の臨床コホートからのものでした。これにより、転帰や病状に関連する多細胞性免疫シグネチャーを特定することができました。
そのため、シングルセルデータセットとマルチオミクスデータセットの利用可能性は高まりますが、多くの場合、これらのデータセットの特徴は個別にのみ分析されます。通常、生物学的プロセスは複数の特徴と細胞タイプ間の相互作用の結果であるため、これにより洞察が制限されます。当社のプロトコルを使用すると、ユーザーは完全なデータセットの統合分析を簡単に実行し、それらの多細胞プログラムを特定できます。
このプロトコルを追加のマルチオミクスデータセットに適用することで、他の疾患や状況に対する新たな知見が得られると考えています。これらの洞察は、将来のバイオマーカーや治療研究に情報を提供します。
本記事では、複雑なマルチオミクスデータセットの教師なし解析に向けた、柔軟で拡張可能なJupyter-labベースのワークフローを提示します。このワークフローにより、分子プロセスおよび臨床共変量に関連するバリアントの主要なパターンの抽出が可能になります。
教師なしマルチオミクス因子分析(MOFA)を創薬探索段階のワークフローに統合することで、バイオファーマチームは心血管疾患の背景にある複雑な分子パターンや多細胞プログラムを明らかにすることが可能になります。このアプローチは、高次元のオミクスデータを疾患に関連するプロセスに結びつけることで予測の信頼性を高め、早期のターゲットバリデーションやトランスレーショナルバイオマーカーの探索を支援します。このワークフローの拡張性と適応性は、ポートフォリオ全体にわたるメカニズムのリスク低減と優先順位付けに活用可能な再利用可能な能力として位置づけられます。
このMOFAベースのワークフローは、マルチオミクスデータと臨床データの統合解析を可能にすることで、初期探索、リード化合物の同定、およびトランスレーショナルリサーチを橋渡しします。