2018年6月20日
细菌细胞在空间上具有高度有序的结构。为了在生长缓慢的Myxococcus xanthus细胞中长时间追踪这种组织结构,建立了一种可在多个世代中实现高时空分辨率的荧光活细胞成像系统。利用该方法,能够确定与染色体分离和细胞分裂相关的重要蛋白质的时空动态行为。
该方法有助于解答细菌细胞生物学领域的一些关键问题,例如细胞如何复制其DNA、如何生长以及如何分裂。该技术的主要优势在于,可在显微镜下连续观察活体细菌细胞至少24小时,且该技术无需特殊设备。尽管该方法可用于研究黄色粘球菌(Myxococcus xanthus)的生长与分裂过程,但同样可轻松应用于其他生长缓慢的细菌。
首先,在无菌离心管中用500微升含抗生素的1%CTT培养基重悬一个M.xanthus菌落,并将整个悬液转移至含有5毫升1%CTT培养基的50毫升锥形瓶中。通过将1克琼脂糖与80毫升TPM缓冲液和20毫升1%CTT培养基混合,配制含有0.2%CTT的1%琼脂糖显微镜观察溶液。将该溶液放入微波炉加热,直至琼脂糖完全融化。
将约 60 毫升熔化的琼脂糖倒入培养皿中,静置冷却至室温。使用前,将琼脂糖垫在 32 摄氏度下预热至少 15 分钟。接着,将无菌玻璃盖玻片放置在中间带有孔洞的塑料或金属支架上,然后用胶带将盖玻片固定在支架上。
将10至20微升指数生长期的M.xanthus细胞加入盖玻片上。如需添加荧光微球作为细胞的定位标记,可用TPM缓冲液将微球稀释至1:100。充分振荡混匀微球悬浮液,然后取5至10微升加入细胞中。
从预先加热的大块1%琼脂糖垫中,切下一小块约与盖玻片大小相当的琼脂糖垫,将其放置在细胞上方。然后将盖玻片盖在琼脂糖垫上,以防止蒸发并保持细胞处于湿润环境中。将显微镜样品在32°C下孵育15至20分钟,使细胞附着于琼脂糖垫底部,随后进行延时显微成像记录。
为了进行延时显微成像,打开显微镜并启动显微镜控制软件。选择正确的物镜以及相应的反射镜和滤光片,以获取相差图像以及绿色荧光、红色荧光或黄色荧光蛋白的图像。在物镜镜头上滴加一滴高质量的浸油,并将预热至32摄氏度的样品底部也滴加浸油。
将带有样本的金属框放置在显微镜载物台上,使孔的一面朝向物镜,然后用载物台夹具牢固固定样本。通过沿Z方向移动载物台使其靠近物镜,从而对细胞进行聚焦。当物镜和样本上的油接触时,沿X/Y方向移动载物台。
切换到 Metamorph 软件并打开采集工具。在“设置”下拉列表中选择“相差显微”模式,并将曝光时间设置为 100 毫秒。点击“显示实时图像”,将细胞移至焦平面,并在 X/Y 方向上移动载物台,直至视野中可见多个单个细胞。
确保视野区域内至少有一个荧光微球,以便后续对采集的图像进行对齐。接着,打开显微镜控制软件中的多维采集向导,设置延时实验,使显微镜能够根据需要在多个波长和载物台位置采集图像。在主选项卡中,启用延时和多波长功能。
窗口左侧将出现其他选项卡。单击“保存”选项卡,然后选择“选择目录”,以选定计算机硬盘上的一个空文件夹来保存采集的图像;接着启用“若文件存在则递增基础名称”,以确保连续的数据集不会覆盖先前的数据。为实验命名,名称中应包含日期以及菌株名称或实验标题。
单击延时摄影选项卡以调整延时参数,然后将时间间隔设置为20分钟,将持续时间设置为24小时。时间点的数量将自动更新。现在,单击波长选项卡。
通过更改数字来选择在每个时间点为每幅图像采集的波长数量。选择“允许每个波长单独记忆硬件自动对焦位置”。点击顶部的“第一波长”选项卡。
在“照明”下拉列表中,选择“相差”。将曝光时间设为 100 毫秒,在“采集”下拉列表中选择“每个时间点”。在下拉列表中选择“从不”,以关闭自动曝光;在自动对焦的下拉列表中选择“每次采集”。
使用以下参数设置每个波长的曝光,方法如前所述。然后,为了从多个载物台位置获取图像,在“主”选项卡中启用“多位置载物台”。单击“载物台”选项卡,再单击“实时”按钮以查看视野。
移动载物台的 X/Y 方向,直到目标区域进入视野。在“载物台”选项卡中点击加号保存 X 和 Y 坐标。再次移动载物台的 X/Y 方向,直至找到新的目标区域,并通过点击加号再次保存坐标。
继续操作直至保存所需数量的区域。通过点击已保存的不同X和Y位置,再次检查细胞是否处于焦点,并点击AFC保持以启动硬件自动对焦,从而在实验过程中保持保存的Z位置恒定。在显微镜控制软件的多维采集向导中,单击“采集”以开始延时记录。
在时间序列记录的前几个时间点后,检查细胞是否仍处于焦点中,以最大限度地提高图像质量,并在需要时重新对焦。为了生成时间序列视频并进行图像对齐,请启动图像分析和处理软件。通过点击“Review Multi-Dimensional Data”、“Select Base File”、“Select Directory”,然后打开包含多维数据的文件夹,将图像作为堆栈打开。
检查数据集并点击“查看”。数据集将从第一个时间点开始直至结束,以单张图像形式显示。激活用于创建图像栈的波长,然后选择所有需要包含在图像栈中的图像,点击“加载图像”。
对所有波长重复此步骤,并保存完成的图像栈。激活需要进行漂移校正的图像栈。通过“应用程序”中的“自动对齐”工具打开对齐功能。
选择“Stack”作为图像来源,并选择“First Plane/Time Point”作为参考平面,然后通过“Source Stack”按钮选择堆栈,点击“Apply”。自动对齐完成后,保存对齐后的堆栈。若要以 MOV 或 AVI 格式生成视频,请通过“Stack”菜单中的“Make Movie”功能打开相应选项。
使用“Source Stack”按钮选择延时录像,然后选择输出格式、帧率、帧数,然后点击保存。在此项针对运动型DK1622野生型细胞的延时实验中,每隔五分钟采集一次相差图像,持续24小时。结果显示,细胞具有运动能力,且主要以群体形式移动。
在使用非运动性 Delta-mgIA 细胞进行相差活细胞成像时,观察了单个细胞在微菌落形成过程中的生长与分裂。当每五分钟采集一次图像并持续 24 小时,可在单细胞分辨率下定量得出细胞分裂间隔时间为 235 ± 50 分钟。为了探究在长时间追踪 YFP 标记蛋白时细胞是否正常生长,对表达 ParB-YFP 的橙色粘球菌(M.xanthus)细胞进行了追踪。
ParB-YFP 最初在细胞亚极区形成单个簇状结构。在细胞分裂前或分裂后不久,该簇状结构发生复制,其中一个保留在旧的细胞极,另一个则易位至新的细胞极。在本实验中,表达 FtsZ-gfp 的非运动性细胞在细胞中部显示出 FtsZ-gfp 的强烈聚集,该聚集位置决定了细胞分裂的位点。
FtsZ-gfp 在细胞中部形成簇,主要出现在较长的细胞中。细胞分裂两小时后,FtsZ-gfp 在子代细胞的细胞中部聚集。一旦掌握该技术,便可常规应用于黄色粘球菌以及其他任何生长缓慢的细菌。
在为某种细菌建立该实验流程时,重要的是调整琼脂平板中培养基的成分,以满足该细菌特定的生长需求。对于任何细菌,都需确定最佳成像条件,例如曝光时间、光照强度和成像频率,以避免光毒性。此外,对于任何荧光标记的蛋白质,还需调整成像条件,以避免光毒性和光漂白。
本研究介绍了一种对生长缓慢的黄色粘球菌细胞进行荧光活细胞成像的方法,可在多个细胞世代中实现高时空分辨率的观察。该技术能够用于观测染色体分离和细胞分裂过程中关键蛋白质的动态行为。
监测生长缓慢的细菌细胞周期在抗菌靶标验证中面临挑战,原因在于长时间成像过程中存在的荧光漂白和光毒性问题。本方法实现了对橙色粘球菌(Myxococcus xanthus)染色体分离和分裂动态的实时观察,为降低抗菌靶标研发风险提供了可扩展的模型。该方法通过将蛋白质动态与多代细胞表型相关联,从而在早期药物发现中提供可预测的可靠性。
该方法适用于从靶点假设验证到先导化合物优化的整个发现流程,可在进入临床前研究之前,利用活细胞验证抗菌作用机制。