2023年8月25日
本方案描述了一种用于甾醇转运蛋白ABCG5/G8结晶的实验设置。将ABCG5/G8重组到双层脂质盘(bicelles)中,用于悬滴法结晶。该方案无需特殊材料或底物,因此可在任何实验室中便捷地采用和调整,以通过X射线晶体学方法测定蛋白质结构。
您好,我们团队研究的是一类跨细胞膜的蛋白质,正在探索其与医学和生物学之间的关系。具体而言,我们关注一种需要利用ATP驱动其功能的特定蛋白质,这类蛋白质的一部分被称为ATP结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporter)。我们尤其致力于研究它们的基本结构与功能关系,并利用这些知识来深入理解多种慢性疾病,特别是心血管疾病。
由于膜蛋白的纯化过程复杂,且其在天然温度下的稳定性较差,获得三维蛋白质晶体是该领域的主要挑战,同时也限制了药物发现的应用。我们团队已建立了用于膜转运蛋白结构研究的冷冻电镜(cryo-EM)和X射线晶体学方法。此前,我们的实验室还解析了首个人体ABCG5/G8必需异源二聚体在无配体(APO)状态及胆固醇结合状态下的晶体结构。
我们的研究结果可能为小分子药物发现或药物再利用带来突破。获得蛋白质的三维晶体后,还可进行浸泡实验,以实现蛋白质与配体复合物的共结晶。我们实验室的目标是阐明ATP依赖性脂质转运蛋白在脂质识别与转位过程中的分子机制。
我们还致力于建立研究ABC转运蛋白分子动力学和结构特征的药物开发新方法。首先通过还原甲基化对混合的蛋白质组分进行化学修饰。具体操作为:取纯化的蛋白质,加入20毫摩尔的二甲基胺硼烷,随后加入40毫摩尔的甲醛。
将混合物置于振荡摇床中,在4°C下孵育两小时。然后,向混合物中加入额外的10毫摩尔二甲基胺硼烷。接着,在4°C下继续孵育混合物过夜,时间为12至18小时。
加入 pH 为 7.5 的 100 毫摩尔 Tris 盐酸盐以终止反应。使用适当的洗涤缓冲液和洗脱缓冲液将甲基化蛋白上样至镍 NTA 柱。首先,用 10 倍柱体积的洗涤缓冲液洗涤 2 毫升镍 NTA 柱。
然后用洗脱缓冲液洗脱蛋白质。洗脱后,将蛋白质洗脱液通过已用适当缓冲液预平衡的PD-10脱盐柱。向脱盐后的蛋白质中加入用异丙醇或乙醇配制的胆固醇。
在4°C下孵育混合物过夜。次日早晨,在4°C条件下以150,000 ×g超速离心10分钟。将收集的上清液加入截留分子量为100 kDa的离心浓缩管中,浓缩至上清液终浓度为30至50 mg/mL。
再次使用高速台式冷冻离心机离心浓缩后的蛋白质,并弃去沉淀。将收集的上清液置于冰上,于4 °C保存,随后进行结晶实验。在一个月内,通过分析型凝胶过滤色谱分析储存在4 °C的烷基化蛋白质。
一周后显示出轻微的蛋白质损失。首先配制10% B-细胞储存液,其中包含脂质和去垢剂。具体操作为:取预先干燥的脂质(由5摩尔百分比的胆固醇和95摩尔百分比的DMPC混合而成),加入去离子水中的CHAPSO去垢剂溶液。
使用水浴超声仪,在冰浴条件下持续超声处理脂质-去垢剂混合物,直至溶液澄清。然后,借助0.2微米离心滤膜,去除未溶解的组分。接下来,在冰上操作,将所得B细胞储备溶液与预先制备的蛋白质样品按1:4的体积比混合。
将蛋白B细胞混合物置于冰上孵育30分钟。在48孔板中进行结晶时,取0.5或1微升蛋白B细胞混合物,与等体积的结晶储备液混合。然后采用悬滴蒸汽扩散法,在48孔板中设置结晶实验,并将结晶装置在20摄氏度下孵育。
次日,检查结晶板,确保盖玻片密封良好。每天至少使用配备偏光镜的体视显微镜观察一次晶体生长情况。最后,将蛋白质晶体浸泡于 0.2 摩尔的丙二酸钠溶液中,并用液氮在 50 或 100 微米的冷冻环中进行快速冷冻。
适合进行数据收集的成熟晶体通常在一到两周内出现,一般尺寸为50微米×100微米×2微米。
本方案概述了一种利用bicelle进行悬滴结晶以获得固醇转运蛋白ABCG5/G8晶体的方法。该方法设计简便,可适用于多种实验室条件,有助于通过X射线晶体学确定蛋白质结构。
在类脂双层环境中的ABCG5/G8高分辨率结构解析,解决了膜蛋白药物发现中的一个关键瓶颈。该方法可提高靶点验证的预测可信度,并为以转运蛋白为重点的研发组合提供机制层面的风险评估支持。ABCG转运蛋白的可靠结晶能够实现基于结构的配体设计,并加速早期筛选决策。
这种基于bicelle的结晶方法可整合到从早期靶点验证到先导化合物鉴定及临床前研究的整个发现流程中。