2020年12月5日
本文介绍一种简化的方法,用于高效构建可同时表达CRISPR酶和相应单链向导RNA(sgRNA)的质粒。将该sgRNA/CRISPR载体与一种可检测双链断裂修复的双荧光素酶报告载体共转染哺乳动物细胞,可评估基因敲除效率。
本方案描述了高效sgRNA载体构建与优化的关键步骤。我们对候选sgRNA靶点的相对时间进行了预加速及推断。本方案的主要优势在于,无需编辑内源性基因,即可分析每条sgRNA的DNA编码效应。
这种预筛选方法也可通过双链断裂应用于其他基因编辑技术。首先将冻干的寡核苷酸用双蒸水稀释至终浓度为10微摩尔。将正向和反向寡核苷酸以1:1的比例在薄壁PCR管中混合,无需添加任何额外缓冲液。
将混合物在 95 摄氏度孵育 5 分钟,然后将温度降至 72 摄氏度,继续孵育 10 分钟。从 PCR 仪中取出寡核苷酸混合物,并在室温下冷却。用 BbsI 消化 pX330-xCas9 载体时,在 50 µL 体积中将载体、酶和消化缓冲液混合,于 37 摄氏度孵育反应体系 2 小时。
完成细胞转化后,从LB平板上挑选5到10个细菌菌落,分别用每个菌落接种含有60毫克氨苄青霉素的1毫升LB培养基,置于1.5毫升离心管中。然后将离心管在摇床中振荡培养2至3小时。按照文稿中所述方法进行PCR筛选重组质粒,随后在10伏/厘米的电泳条件下,将PCR产物在2%琼脂糖凝胶上电泳分离。
在鉴定出阳性质粒后,将其与报告载体共同转染适当的细胞系。裂解细胞时,移除培养细胞的生长培养基。用 PBS 轻轻洗涤培养容器表面,并向每个培养孔中加入 100 µL 裂解缓冲液(PLB),以完全覆盖细胞单层。
将培养板在室温下孵育20分钟,然后将裂解液转移至离心管或小瓶中,以进行后续操作或保存。为进行双荧光素酶检测,需设置化学发光仪,提供2秒的预读延迟,随后进行10秒的测量周期。然后,向适当数量的化学发光仪检测管中加入100 µL荧光素酶检测试剂。
小心地将 20 µL 细胞裂解液加入到发光仪检测管中,并用移液器吹打两到三次以混匀。将检测管放入发光仪中并开始读数。读数完成后,从发光仪中取出样品管。
加入100 µL终止试剂,短暂涡旋混匀。将样品放回化学发光仪,启动读数。记录海肾荧光素酶活性,以萤火虫荧光素酶活性为标准化依据,具体为屏幕上显示比值的倒数。
实验结束后丢弃反应管。本方法用于构建针对绵羊 DKK2 基因第1外显子的三个 sgRNA 载体。sgRNA 和 xCas9 表达载体的构建方法是:预先消化载体骨架,随后通过寡核苷酸对退火形成一系列短的双链 DNA 片段,并将这些片段连接到载体中。
通过特异性引物对引导的PCR方法筛选了七个细菌菌落,并检测到了阳性菌落。利用双荧光素酶报告基因检测系统,同时检测了pX330-xCas9 T1、T2和T3的基因靶向能力。最后的sgRNA载体显示出最高的检测信号,随后被用于绵羊基因编辑研究。
按照本实验方案,可进行T7EI检测或核糖核酸酶检测。这些额外步骤能够更准确地评估内源基因的编辑效果。
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本方案描述了一种简化的方法,用于构建表达CRISPR酶及其相关的单链引导RNA(sgRNAs)的质粒。该方法可通过与双荧光素酶报告载体共转染,评估基因敲除效率。
高效的sgRNA载体构建和快速敲除效率评估对于加速早期发现流程中基于CRISPR的靶点验证至关重要。双荧光素酶报告系统可实现对候选sgRNA的定量、内源性前筛,从而在大规模基因编辑前减少时间和资源消耗。该工作流程通过优先筛选出具有最高编辑潜力的sgRNA用于下游应用,支持项目组合的优化决策。
该方法整合了早期发现与先导物识别的界面,可在内源性基因编辑及后续功能研究之前实现高效的sgRNA筛选。