2022年2月18日
本方案介绍了如何使用微生物微滴培养系统(MMC)进行自动化的微生物培养和适应性进化研究。MMC 能够自动、连续地培养和传代微生物,并在线监测其生长情况,具有较高的通量和良好的平行性,可减少人力和试剂消耗。
该方法有助于解决传统微生物培养方法中存在的问题,提供了一个低成本、操作简便且结果可靠的实验平台,可用于自动化的微生物培养与适应性进化研究。该技术可实现操作自动化,进一步减少人力消耗。
同时,该技术具有良好的培养性能,结果可靠且操作简便。该技术主要应用于微生物学研究领域,如生长曲线测定、适应性实验室进化以及单因素多水平分析。开始实验准备时,将内径为0.41毫米、外径为0.71毫米的注射针头连接至快速接头A和试剂瓶。
然后在121摄氏度下对所有设备进行高压灭菌15分钟。安装微流控芯片时,打开操作室的门并抬起光纤探头。将电场孔与针头对齐后,轻轻地将芯片放置在芯片基座上,然后将两个定位柱插入定位孔中,并放下光纤探头。
接下来,根据论文中所述的位置编号,将芯片上的快速连接器A连接到微生物微滴培养系统(MMC)的相应端口。操作完成后,关闭操作室的门。用培养基将培养的埃希氏菌(Escherichia coli)MG1655菌悬液稀释至OD600为0.05至0.1,以获得10毫升的初始菌液。
初始化MMC时,请点击“初始化”选项卡。当初始化界面出现后,将培养温度设置为37摄氏度,光电信号值设置为0.6。初始化过程大约需要20分钟。
随后,将一个已灭菌的试剂瓶放置于洁净工作台上并拧紧瓶盖。使用10毫升无菌注射器,将3至5毫升的MMC油从注射器针头注入试剂瓶的侧管中。然后缓慢倾斜并旋转试剂瓶,使油充分浸润瓶内壁。
向瓶中注入5毫升初始细菌溶液后,再注入5至7毫升MMC油以填满试剂瓶。拔出试剂瓶上的独立快接接头A,并将快接接头A插入瓶上的快接接头B,完成样品注入操作。操作完成后,打开操作室的门,将试剂瓶放入金属浴中。
拔出芯片的 C2 连接器和试剂瓶的快接接头 A。将试剂瓶侧管连接器连接至 C2 连接器,顶部管路连接器连接至 O2 连接器。然后关闭操作舱门。
选择生长曲线测量功能,在参数设置界面点击“生长曲线”,输入数值 15。然后打开 OD 检测开关,并将波长设置为 600 纳米。点击“开始”选项卡以启动液滴生成。
该过程需要15分钟才能完成。当主界面上弹出提示消息的窗口时,打开操作室的门,取出试剂瓶,并连接C2和O2接头。关闭门后,单击弹出窗口中的“确定”按钮,系统将自动培养液滴并检测OD值。
当生长曲线进入稳定期时,单击“数据导出”按钮以导出OD数据。选择数据保存路径,并以CVS格式导出培养期间记录的OD值。为绘制生长曲线,可使用Excel或Origin 9.0等绘图软件。按照前述方法,将初始菌液、新鲜培养基和MMC油分别注入已灭菌的试剂瓶中,用于制备新鲜培养基中的初始菌液。
要选择适应性进化功能,请在软件中点击 ALE。在参数设置界面中,打开 OD 检测开关,然后设置文中所述的所有参数,并点击“开始”标签以启动液滴生成。该过程大约需要 25 分钟。
在每次传代培养期间,观察液滴的最大OD值是否显著增加。若OD值增加且满足实验要求,点击数据导出按钮以导出OD数据。如需从MMC中提取目标液滴,请点击筛选标签,选择液滴提取功能。
然后选择“收集”选项,并点击目标液滴的编号。完成后,点击“确定”。等待弹出窗口提示消息。随后,将CF快速连接头插入微型离心管中进行收集,然后点击“确定”。一到两分钟后,当软件界面弹出新窗口并提示消息时,将CF快速连接头重新插入,然后点击“确定”,使MMC继续运行。
当下一个目标液滴到达液滴识别位点时,按前述方法收集。使用2.5 µL移液器取出液滴,并将其转移至90 mm固体培养板上,随后用边长为3 cm的玻璃涂布棒均匀涂布,然后将平板置于37 °C恒温培养箱中培养72小时。之后,挑取3至5个独立的细菌菌落,分别接种于含有10 mL新鲜培养基的50 mL摇瓶中,在37 °C、200 rpm条件下于摇床培养箱中振荡培养48至72小时。
孵育结束后,按照相关标准规程将培养的菌液保存于甘油管中。代表性分析显示了整个适应性进化过程中50个液滴的生长曲线。观察发现,依赖甲醇的必需大肠杆菌菌株(MeSV2.2)表现出初始生长缓慢,随后进入快速生长阶段。
单独绘制了第六个液滴在整个适应性进化过程中的生长曲线。第一代的最大OD600值为0.37,在最后一次传代培养周期中增加至0.58,表明第六个液滴中的菌株已实现了明显的适应性进化。此外,比较了第六个液滴菌株与初始菌株的生长曲线。
与初始菌株相比,液滴六号菌株在稳定期表现出更高的最大比生长速率和细胞浓度。最重要的是确保仪器芯片与试剂瓶的连接正确,这是液滴操作能够正常进行的前提。该方法为微生物培养提供了新的思路,同时也为菌株的适应性进化提供了高效且低成本的平台。
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本方案描述了用于自动化微生物培养和适应性进化的微生物微滴培养系统(MMC)。该系统提供了一个低成本、用户友好的平台,在提升培养性能的同时,减少了人力和试剂消耗。
微生物微滴培养(MMC)系统通过实现自动化、高通量的生长监测和适应性进化,克服了传统微生物培养中的关键局限性,同时减少了人力和试剂消耗。该平台支持早期发现工作流程,在此类流程中,可重复且定量的微生物表型对于靶点验证和先导物筛选至关重要。该系统整合了液滴生成、在线OD监测和传代培养,提高了数据的可靠性与并行处理能力,从而增强了菌株工程研究中的预测可信度。
MMC 系统适用于早期发现的连续流程,可在先导化合物识别及临床前验证之前,支持以假设为驱动的菌株表征和适应性进化研究。